在法易路島經過重重關卡回到了現實世界，也不知不覺過去了許多年，如今他們早以17歲了，此時的他們早已褪去了過去青澀懵懂的樣子，正繁忙的麵對著升學畢業考試。但此時，一場席卷現實世界和數碼世界的陰謀正在悄悄逼近。
今年的暑假，好不容易大家又聚在一起，突然出現的玄內老人，告知了被選召的孩子們，數碼世界以它自身的意誌，創造了一個名為“聖徽”的產物，聖徽擁有巨大的力量，足以毀滅整個數碼世界和現實世界。而被選召的孩子們必須從他們之一選出一名最強者，去征服“聖徽”，獲得它的力量以挽救這個世界。於是，圍繞著“聖徽”，一場“聖徽戰爭”開始了！
眾人紛紛召喚出了自己舊時的數碼夥伴，但有一個人並沒有這麼做，這個人就是太一。在經曆了最好的朋友和最愛的女人的雙重背叛，以及父母離婚、母親的改嫁、妹妹的離開。這個曾經陽光的少年現在對一切都毫不在意。原本清澈的眼神如今死氣沉沉，在他看來，救世主不會由一個失敗者來擔任。
玄內老人找到了太一，告訴了他，如果他不能在規定的開戰日之前召喚出自己的搭檔，這場戰爭就無法開始，那麼一旦“聖微”的力量暴走時，一切就都結束了，太一不為所動。過了幾天之後，開戰日前夕，素娜找到了太一，請求太一參加戰鬥拯救世界，太一麵對素娜的苦苦相求強忍悲傷，召喚出了自己的搭檔Sa……亞古獸。但是不曾想到，剛召喚出了亞古獸，素娜就對太一發起了攻擊，太一無法相信發生的事實，在毫無防備的情況下，被一直躲在暗處的阿和偷襲，重傷昏迷，亞古獸也被掠走。
不知過了多久，太一從昏迷中醒來，發現是自己的妹妹嘉兒救了自己。此時的嘉兒已經是阿武的女朋友了，父母離婚後嘉兒跟父親生活在一起，而母親則改嫁給一個姓衛宮的科學家，故而兄妹分離。此時太一看著自己的妹妹百感交集，流下了男人的淚。然後嘉兒卻帶來了令他絕望的消息：因為有弟弟阿武和女友素娜以及弟妹嘉兒的支持，其他被選召的孩子們已經一致決定讓阿和成為“聖徽”的主人，他們決定以能夠究極進化的亞古獸作為祭品，使其他人的數碼寶貝也獲得究極進化的能力。而嘉兒念在骨肉同胞的情分上，救了太一一命，但是警告太一不允許他再次出現在其他人的麵前，否則不用其他人動手，天女獸的弓箭就將刺穿太一的心髒！