疫苗按其生產工藝又可分為：傳統疫苗和新型疫苗。用病原體滅活或減毒以保留免疫原性，去除其傳染性或毒性的方法製作的傳統疫苗有效地控製了多種傳染病，但傳統疫苗存在著很多的局限性：
（1）有些致病物不能在培養基上生長，所以很多種疾病都沒有辦法得到疫苗。
（2）病毒需要在動物細胞中培養，操作成本高。
（3）培養的病毒其生長速度和產量一般很低，使得疫苗的生產成本很高。
（4）需要對實驗室以及參加實驗的操作人員采取保護措施，以保證他們不被病毒物質汙染。
（5）疫苗中的致病物質在疫苗生產過程中有可能沒有完全殺死或充分減毒，這會導致疫苗中含有高度性致病物質，進而使得疾病在更大的範圍內傳播。
（6）減毒菌株可能發生毒力回升或突變，因此必須連續不斷地對減毒菌株進行毒性檢測，以保證該菌株不變成強致病性菌株。
（7）有些疾病（例如艾滋病）用傳統疫苗防治收效甚微。
（8）絕大多數的現行疫苗的有效期都很短，且需要冷凍保存，從而限製了它的推廣應用。
到了20世紀80年代中期，研究人員將基因工程等生物技術應用於疫苗的生產，產生了一係列的新型疫苗（如重組疫苗），這些新型疫苗的應用克服了傳統疫苗的一些缺陷，為疫苗的應用提供了更廣闊的發展前景。
二、常見疫苗
1.滅活疫苗
滅活疫苗相對於其他疫苗而言，是最傳統和最經典的疫苗。最基本的生產方法就是用滅活的病毒或病原體刺激人體免疫係統。它具有研製周期短，生產成本低，使用效果好的優點，其開發應用也有望首先獲得成功，如在SARS疫苗研製時，首先想到的就是滅活疫苗。經過我國科技人員的共同努力，SARS病原滅活疫苗現已經審批完畢。2004年1月19日，國家食品藥品監督管理局已批準該疫苗Ⅱ期臨床研究，這是世界上首先批準進入人體臨床研究的SARS病毒滅活疫苗，為人類最終戰勝SARS帶來了希望。但是滅活疫苗存在缺點，要確保疫苗中的病毒全部被殺死而又保持刺激人體免疫係統產生抗體的能力，卻是比較棘手的問題。
2.減毒活疫苗
減毒活疫苗是讓病原體在人體內存活較長一段時間，刺激人體免疫係統產生反應，但又不至於發病。當前使用的病毒疫苗多數是減毒活疫苗，如脊髓灰質炎、麻疹、風疹和腮腺炎等活疫苗及近年來開發的甲型肝炎和乙型腦炎活疫苗。活疫苗具有可誘發全身的免疫應答反應（體液免疫和細胞免疫），免疫力持久等優點。但其缺點是減毒病原體可以通過基因突變成為致病病毒，因此減毒疫苗要防止毒力恢複。
3.重組亞單位疫苗
重組亞單位疫苗是指分離提取病原體中具有免疫功能的蛋白或利用DNA重組技術使重組體表達這類蛋白、多肽或合成肽製成的疫苗。由於這類疫苗不是完整的病毒，是一部分物質，故稱亞單位疫苗。這類疫苗成分單一，效果明顯，無致病性，乙肝亞單位疫苗是這一代疫苗的典型代表。重組亞單位疫苗同樣存在由人類的免疫壓力而引起病毒基因組的變異，使其所產生的免疫保護受到很大的限製。目前，國際上已進入臨床觀察的亞單位疫苗有巨細胞病毒、EB病毒、單純皰疹病毒和人乳頭瘤病毒等。
4.核酸疫苗
傳統的疫苗主要是滅活的和減毒的致病物質，存在很大的局限性。20世紀90年代初以生物技術為基礎從基因治療領域發展起來了一種全新的疫苗——核酸疫苗，又稱DNA疫苗，是目前疫苗研究領域中的熱點。核酸疫苗是將編碼免疫原或與免疫原相關的外源基因克隆到真核質粒表達載體上，然後將重組的質粒DNA直接注射到動物體內，使外源基因在動物體內表達，產生的抗原激活機體的免疫係統，引發免疫反應，從而達到預防和治療疾病的目的。與傳統的滅活或減毒疫苗、亞單位疫苗相比，核酸疫苗以具有高效性、安全性和製備簡單、易於貯存運輸等優點，而受到全世界的普遍關注，具有廣闊的發展前景。專家認為核酸疫苗的出現開創了疫苗學的新紀元，被譽為“第三代疫苗”。