巨石柱圍著的是一個院子，在兩根石柱之間留有洞口，其大小可以通過較大的野獸，在每個洞口的上方，有一塊用木棍支撐的數十千克重的大石頭——“警戒石”。當猛獸從外麵碰倒支撐木棍時，石頭立即砸下來，打在野獸身上，同時發出警戒信號。
院子內側，緊對洞口的地方還安放了第二道防線，即一塊巨大的“打擊石”。當野獸闖過第一道防線時，站立棚頂的人，便牽動操縱繩，使打擊石劈頭蓋臉地砸下來。
院內的中央還建了一座二層小樓，是由圓木和一些巨石柱圍建而成的，樓板鋪在巨石柱的上麵。為了便於監視大院及其周圍，從樓板到第一圈石柱有木橋相聯。
當然，這種狩獵設施並非守株待兔地等待野獸來臨，一般是在其中放置一些引誘物，如利用野獸幼仔的叫聲作誘餌。為此，可以把捉來的幼獸拴在小院內兩塊巨石之間，讓它頭向著石陣，並不斷地叫喚。獸群在聽到幼仔的叫喚聲後，會立即包圍院子，並不顧一切拚命衝入院內。如果野獸未被砸死，樓上的獵人則投擲石塊，把被困的野獸，置於死地。
擊中野獸後，院內的人把獵物拖進小樓的二層進行加工——剝皮、取出內髒、把肉分成小塊。獸皮和肉等有用的東西放在樓上晾幹、貯藏起來，而其他無用之物則扔到樓下作為誘餌，以引誘野獸進入圈套。每次狩獵後，他們又一次迅速地把警戒石、打擊石等恢複原狀，以迎接下一次狩獵。
更多的學者卻說巨石陣純粹就是古人祭禮的宗教場所。
最早記載有巨石陣的《中世紀編年史》一書中，描繪是亞瑟王的謀臣梅林用魔法把巨石陣從愛爾蘭移到英格蘭做墓地。學者們把巨石陣的石桌視為石棺，把高大直立的石條視為重大事件和人物的紀念碑。同時在空中俯看巨石陣時，能清晰地看出巨石陣是極為秩序地排列成了蜥蜴、鷹等動物的圖案，誰又敢否認這些動物不是當時古人們心中的圖騰?
更有學者幹脆把巨石陣視為一種文化，一種古人對巨石的崇仰與尊重。古人崇尚巨石般的堅毅威猛，向往巨石般的牢固與結實，是古人以心中理想的完美壘砌。
眾說紛紜，無法有一權威的推斷。幾百年來，人們陷入了對巨石陣不斷探索的苦苦追求之中。
荒原標記
在秘魯利馬南部的畢斯柯灣，有一個人工建造的高２５０米的紅色岩壁。岩壁上雕刻著一個巨大的三叉戟或三足燭台形狀的圖案。三叉戟的每一股約有４米寬，而且是用含有像花崗岩一樣硬的雪白磷光性石塊雕成的，因此，如果不是現在被沙土的覆蓋，它將發出耀眼的光芒。
是什麼熱情驅使古印加人建造這麼巨大的石間標記呢?
一些考古學家認為，畢斯柯灣岩壁上的三叉戟是指示船隻航行的陸標。但大多數考古學家不同意這種說法。他們指出，繪製在這個海灣中的這幅三叉戟圖案，不能使所有角度上航行的船隻都能看到它；況且，在遙遠的古代，是否有遠洋航行這回事都值得懷疑。如果有些航行必須要用航標來指示的話，古印加人為什麼不利用兩座島嶼?這兩座島嶼就在三叉戟的中股延伸線的同一海麵上。他們提供了有利的自然條件，不管船隻從哪一個方向駛向海灣，從很遠的地方就可看到這些島嶼。但如果用三叉戟當航標，從北方或南方來的海員卻不能看到它。
另外一點也值得提一下，在三叉戟座落的地方，除了一片沙灘之外，沒有任何東西可吸引海員。而且，就是在史前時代，那裏的水中也是礁石嶙峋，根本就不適於船隻停泊。因此，考古學家們認為，這座在古時候光芒耀眼的三叉戟圖案，一定是作為某些會“飛”的人的航空標誌而設置的。
考古學家的推測，如果三叉戟確是航空標誌，那它不應是孤立存在的，在它的周圍一定還有另外一些東西。果然，２０世紀３０年代，在距三叉戟圖案１６０公裏外的納斯卡荒原上，考古學家又發現了許多神秘的圖案。這些圖案遍布從巴爾帕的北邊至納斯卡南邊的６０公裏狹長地帶。它們是一些幾何圖案、動物雕繪，以及排列整齊的石塊，很像一座飛機場的平麵圖。
如果乘飛機在這個荒原的上空飛行，人們可以發現許多閃閃發光的巨大線條。它們伸展幾英裏，有時平行，有時交錯，有時構成巨大的不等邊四邊形。此外，還能看到一些巨形動物的輪廓。它們都是用明亮的石塊鑲嵌出來的。其中有極長的鱷魚，卷尾的猴子……還有一些地球上從未見過的異禽怪獸。
是誰製作了這些圖案?為什麼把它們繪得如此巨大?而且隻能從一個很高的角度——例如在飛機上——才能獲得整圖案的全貌呢?這些問題引起了考古學家們的興趣。
據當地的傳說，在過去的某一個時期，一群不知來曆的智慧動物，登陸在今天納斯卡城近郊的一塊無人居住的荒原上，並為他們的宇宙飛船在那裏開辟了一座臨時機場，設備了一些著陸標記。這之後，不斷地有他們的飛船在這裏著陸和起飛。這群宇宙來客在完成了他們的使命後，又離開地球回到自己的行星上去了。當時的印加部落，曾親眼目睹了這些宇宙人的工作，並且留下了很深刻的印象。
考古學家們對這個神話般的傳說深信不疑，他們並且推測：如果納斯卡荒原是登陸點，畢斯柯灣上的三叉戟是登陸指標，那麼，在納斯卡的南邊也應有一些指標才對。
果然，在距納斯卡４０２公裏的玻利維亞英倫道鎮的岩石上，人們發現了許多巨大的指標。在智利的安陶法格斯塔省的山區及沙漠中，也陸續找到了這樣的東西。在許多地方，有直角形、箭矢狀和扶梯狀的圖形，到處都可看到。甚至可以看到整個山坡上繪著很多雕刻的長方形圖案，在同一平麵上的整個區域內，峭壁上陳列著光芒四射的圓周和棋盤形狀的橢圓形圖案。而在人跡罕到的泰拉帕卡沙漠的山坡上，有一幅很大的機器人圖案。這幅機器人圖案約有１００米高。它的形狀是長方形的，很像棋盤，兩腿直條條，纖細的脖子上是一個長方形的頭顱，上麵有１２根一樣長的天線般東西豎立著。從臂部到大腿間，有像超音速戰鬥機那種精短翅膀般三角鰭連接在身體的兩邊。這幅圖案距納斯卡荒原大約８０５公裏。