幾位目擊者的奇怪見聞與離奇死亡都讓凱克斯堡事件愈發顯得撲朔迷離，人們不知道這背後到底隱藏著什麼。
試圖隱瞞的NASA
當地消防員詹姆斯·羅曼斯基曾說，他奉命前去滅火時看到了那個神秘物體的顏色像青銅，上麵沒有任何窗戶、門或接縫，但表麵卻刻有類似古埃及象形文字般的記號。這個說法與美軍的一係列行為讓更多的人相信美國空軍捕捉到了UFO，為了保守地外先進技術的秘密，美國一直對民眾隱瞞真相。
為了解開近40年的謎團，2003年，在美國頗有影響力的科幻頻道展開了大規模調查。派出的三個科學家小組對凱克斯堡UFO到底是墜落還是降落提出了疑問，他們在事發地點進行了全方位的勘測，結果發現那裏的土地沒有被撞的大坑或是其他撞過的痕跡，難道當時的UFO是“控製降落而非墜毀”？難道真如眾多目擊者所言——UFO的確“是緩緩劃過天際”？
科學家小組尚未明晰整樁事情，兩年後，也就是2005年12月——凱克斯堡UFO事件40周年紀念日前，美國國家航空航天局（NASA）突然意外發表聲明稱，他們當年確實在那裏發現過一些金屬殘骸，但那是進入大氣層的“蘇聯衛星殘片”。NASA為什麼在40年後突然一改40年“沒有發現任何東西”的說法，而承認凱克斯堡確實有空中墜毀物？這是出於什麼原因？一直關注此事的UFO目擊者、愛好者、調查者們紛紛將矛頭指向NASA，NASA發言人回答得很微妙：“是檔案放錯地方了”。
未能奏效的輿論高壓
這個說法不具有一絲說服力。2007年初，美國多個新聞機構和民間人士根據《信息公開法案》要求NASA公開此事件的絕密檔案。在此起彼伏的輿論壓力下，NASA不得不公開了約40頁文件，但大家隨後就發現這顯然不是完整檔案，裏麵根本沒有重要內容。當他們再次要求當局作出解釋時，NASA的態度很令人失望：“我們不管UFO的事，所以我們隻是讓專家看看當時究竟找到了什麼，是什麼東西，當專家們調查結束後，斷定它是蘇聯衛星殘骸之後，這事也就完結了。非常不幸的是，許多與此相關的文件後來放錯地方，再也找不著了。”針對這一言論，NASA內部負責空間殘骸的首席科學家尼古拉·L.約翰遜協助美國科幻頻道的調查記者雷斯利·凱恩仔細調查了1965年太空殘骸的跟蹤檔案，結果並沒有發現任何蘇聯衛星殘骸墜入美國的記錄，當天也沒有任何其他人造天體殘骸重返大氣層的記錄。
來自內部的這一“猛料”讓NASA著實吃不消，迫不得已隻得於10月26日答應重新調查檔案資料。人們密切關注著事件的推進，但NASA在作出答複後的態度很不積極，曾一度引起華盛頓法官米特·蘇利文的強烈不滿。
當NASA公共事務聯絡官史蒂夫·麥康納爾說，整整兩箱子的凱克斯堡UFO事件調查檔案“丟失了”。蘇利文毫不客氣回敬道：“宇航局在這事上一直是銅牆鐵壁，可我現在就是要求它做早就應該做的事。這其實是老實人、愛國者的勝利，因為這麼多年來，當局一直告訴這些親眼看到怪事發生的人——是你們搞錯了，根本沒有發生過什麼UFO事件。”家住凱克斯堡的民間UFO調查員斯坦恩·戈登對此也是觀點鮮明：“毫無疑問，政府完全掌握凱克斯堡事件的真相，可它就是拒絕告訴公眾。”蘇利文法官勒令NASA在2007年年底前找回當年的“失蹤”檔案。
來自華盛頓的法官與其他各界的高壓顯然還不具有足夠的震懾力，NASA將此事一直拖而未決，直至2009年凱克斯堡事件的真相仍未公開。