誅襄平伯佟養甲。養甲有密表北去，李成棟搜得之。上不欲顯其罪，於初十日命往梧州代祭興陵，李元允遣健兒殺之於江中。
國姓朱成功自海上遣官陳士京入朝；封成功為延平王。
十二月，李成棟帥師再出南安，陛辭；麵奏：『南雄以下事，諸臣任之；庾關以外事，臣獨任之』。又疏言『朝廷功賞不宜濫。文武職，各宜分。言官直氣，宜獎進；內臣、衛臣，不宜幹預內閣機務』。蓋有所指也；馬吉翔銜之。成棟出，以其子元允留行在，掌錦衣衛事，與聞朝政。時，粵東以反正敘官者滿朝列；惟從蘇觀生擁立唐藩者，禁錮不用。然其中亦有賢者，皆從此廢，謂之紹武一案。元允，本姓賈，河南人；成棟養為己子。因與袁彭年交善，彭年益引其同鄉丁時魁、蒙正發及陝西劉湘客與同決事。會給事中金堡服闋，自湖南赴行在，湘客令元允折節與交；交日密，朝士中不無異同，漸有黨人之目。
永曆三年己醜正月元旦，雨；免朝。上在肇慶。督師何騰蛟疏至，奏湖南千裏一空。前恢複諸城，一旦盡棄；引罪自劾。蓋督師初據忠貞營塘報稱：『於十月二十一日自常德發兵，二十二日恢取益陽。於十一月初一日分兵三路；一取湘潭、一取湘陰、一取衡山，殺衡山縣令。於本月初二日過寧鄉，初三日巳時抵湘潭，於十一月十一日直抵長沙矣』。隨聞常德、寶慶一帶因忠貞營闌入，皆燒營棄城東走，湖南為之魚爛；故再有是疏。忠貞營者，闖賊後營李赤心十三部也；隆武時受撫，賜號忠貞營也。散入施州衛擄糧，巡撫堵允錫向同督師騰蛟入營撫，與有舊。而馬進忠者，亦降寇，素號混十萬；既降，封武昌伯，隸督師麾下。元年秋，常德陷，進忠退保永定；於二年八月與北兵戰於麻河大捷，斬首七千餘級，恢複常德，封鄂國公。是時，堵允錫已加製輔銜；與馬進忠有隙。允錫陰入夔，檄赤心從夔門徑抵常德，欲令進忠讓城屯其老營。未至常德百餘裏，允錫先至，與進忠椎牛歃血盟誓，同獎王室。進忠心知其謀，終盟無一語。盟訖及入城，即命起營，盡驅百姓無老弱悉出城，因縱火燒城中屋，不遺一椽，遂空其城而去，直走武岡。寶慶守將王進才聞之，亦棄寶慶走。各郡鎮帥，莫不聞風驚潰。忠貞所至，得空城；旋亦棄之而去，東趨長沙。督師騰蛟駐衡州，奏入，朝議令讓衡州與忠貞屯駐老營；即促其從衡出茶陵，往援江省，諸帥皆由寶慶進取長沙。詔未至，督師已檄進忠由益陽抄出長沙，下截北來援兵，期諸將盡入長沙城下；身往忠貞營邀之入衡。聞其兵已東，隨尾之趨湘潭。湘潭，空城也。督師標兵六千人聞往迎，恐為忠貞所襲；皆不肯隨，僅從隸三十人以往。於是進忠等業奉檄前發，聞督師輕身往，遣部將宣威伯楊某追護之。未至，而忠貞營亦不守湘潭。時北兵乍退，長沙孤懸，湖外城崩三丈；我軍壁長、湘聞者烽火相望。北將徐勇計且不守，一日以輕騎數百出城偵探；徑至湘潭，聞知城守無兵，僅督師一人在焉。遂入城，帥諸將羅拜勸降。勇，故督師標將降北者也；督師大罵，遂擁之而去。既去，楊始至城，已為北兵所守。急入城求督，凡師七出七入不得；最後出至橋，遇伏兵，矢中其吭，遂自擲於橋下以死。北兵尋亦大至，馬進忠等聞之皆退，而忠貞營潰走臨武藍山，由懷集、賀縣入粵西。沿途肆掠，衡、永、柳、桂皆為蹂躪矣。督師遂死於長沙。死之日，城外內兵民皆為之舉哀。蓋正月事也。滇帥胡一青等亦棄永州而還，凡已收複各郡縣，從此複陷。報至，行在震動。上輟朝哀臨，予祭九壇，贈騰蛟中湘王。
十三日，吏科給事中丁時魁等帥科道十六人入朝，免冠、繳印內閣而出；閣臣朱天麟罷。初，金堡赴行在將有建白，過桂林以示留守；留守令至肇慶，湘客酌之。疏參八款，李成棟、陳邦傅、龐天壽、馬吉翔皆在所參，湘客削去其二，去李而用陳、去龐而用馬。封上，一時風采赫然；補兵科給事中。當成棟未反正時，邦傅潛通降啟，心鄙之；及是，爵位相等，甚恥與噲等為伍。得堡疏，大喜；故元允交益密，實不知成棟初亦在參中也。是時，袁彭年掌都察院事，劉湘客以詹事兼副都禦史，丁時魁掌吏科、蒙正發戶科、金堡兵科；五人者，日終聚會，國是由其主張。諸不得誌者，目為「五虎」；以元允為黨魁雲。吉翔陰鷙被參，略不為意；邦傅憤甚，上疏言：『堡謂臣無將無兵，濫冒封爵；請即遣堡為臣監紀，以觀臣十萬鐵騎』；且言『堡昔為臨清知州，降賊受官逃回。今自湖南來，為北人間諜』雲。時閣臣在直者，嚴起恒與朱天麟。天麟得邦傅疏，抵幾大笑曰：『金道隱善罵人，今亦被人罵倒耶』（道隱，堡字也）！遂擬旨：『金堡辛苦何來？朕所未悉；所請監紀，著會議』。其謂「辛苦何來」，暗用杜子美「辛苦賊中來」語耳。於是時魁等入閣大噪，曰：『堡論邦傅，請監紀即令監紀；堡又論郝永忠，若永忠請其首，亦即與之耶』？遂相率趨殿陛下，免冠走出。上聞大驚，諭諸臣照舊供職。天鱗亦上疏自陳，即日引退。
二十八日，召起舊輔臣黃士俊、何吾騶赴行在。吾騶自閩逃回，李成棟破廣州，即薙發出降，與成棟相與甚歡。令修「粵東誌」，阿諛新朝，為粵人所嗤。李元允素執禮門下，故力薦，出資固在士俊前。及至，用為首輔。物議不平。台省無有言者，行人司方祚亨、太仆寺丞張尚、都察院經曆林有聲相繼伏闕，皆奪職去。已吾騶與司禮監夏國祥交通，為金堡所參，不安其位；未幾，亦引疾去。士俊為首輔，同起恒入直。起恒每事持平，多不慊五人意。又與龐天壽、馬吉翔皆從龍相與久，兩人亦與起恒無忤。時魁等輒指為邦黨，起恒亦不以為意。
三月初七日，惠國公李成棟凶問至，並聞南昌以正月陷。成棟於正月再出嶺攻贛州，駐兵信豐。是時南昌已破。金、王俱沒，贛州勢益壯，吾兵益寡。三月，北兵自南昌溯流投贛，直趨信豐。諸將爭欲拔營歸，成棟不可。會天久雨，其夜成棟坐城樓上，召諸將議事；則去者已大半矣。成棟莫能禦，慷慨欷歔，命巨觥痛飲，誓死城上。左右挽之上馬渡河，河大漲，馬力弱，又已大醉，人馬俱沉。三日後，人見有擐甲、抱鞍植立水中者，始知成棟死也。中軍杜永和挈其印先歸，餘將皆全軍而還。報至，舉朝震驚。李元允入見，上對之哭極哀。封元允為南陽伯，掛車騎將軍印。元允力辭，仍以錦衣衛提督禁旅。追贈惠國為寧夏王，諡「忠武」，予祭九壇。同時贈昌國金聲桓為豫章王，諡「忠烈」。
杜永和等既回廣州，上手敕遣戎政侍郎劉遠生慰勞之。以遠生為諸將同鄉，素所親信，欲因是用之總督軍務。永和已重賂，謂將共推為留後，居然坐軍府開印行總督事矣。永和雖稱總督，諸將實不用命；惟賄是求，不複有出嶺之誌。
方忠貞潰入粵西時，堵允錫追之不及；隨兵千餘人，從鎮峽關入粵。駐關防守者，保昌侯曹誌建也；有宗室朱謀列在其營，謂誌建曰：『此必忠貞欲襲關，堵乃前導，將謀為內應耳』。誌建信之。又語堵曰：『曹公甚疑君，奈何』。堵不謂然，遂解甲安寢。誌建發兵圍之，盡殲其眾；堵父子逸出，複遣騎追百餘裏。有何貢生某留宿寨上，既去，曹知之，破其寨，殺掠一空。堵晝伏夜行，狼狽達梧州。上遣閣臣嚴起恒、詹事劉湘客至梧州安插忠貞，而忠貞已越梧而南，由潯入橫矣；會允錫至，遂載還行在。允錫入，遂與吉翔合，欲激忠貞東來，與東諸侯構釁。李元允知之，大言曰：『吾輩做囗子時，渠不來複廣東。今反正，乃來爭廣東乎？且皇上在此，他來何為』！允錫計沮，忠貞於懷集、賀縣、富川一帶劫掠甚慘。上又命兵部侍郎程峋前往宣諭，中道遇害；其家人赴法司訴（係封川守塘官張祥指使；祥，元允部將也。元允恐峋召忠貞入行在，故有是使），廷論莫能決。
陳邦傅獻女於高必正結好，慫〈臾上心下〉必正提兵入桂。留守知之，疏請以粵西全省糧餉分給諸勳，使無侵擾；邦傅計不行。允錫移留守式耜書雲：『上有密敕：「東人握君掌上；一朝不戒，生劫入舟，朕不複有中土之望，惟卿與瞿先生圖之！」』式耜大驚，謂此決非上意。乃曆書四年朝政並諸勳人品邪正始末，與允錫別白言之：『毋掛東激西，以興同室之鬥』。上聞，特發手敕取允錫原書並所奉密敕，務窮究其事。式耜恐別生事端，以「業付之火」為對；力解釋之，乃罷。堵允錫初恃馬吉翔援擬入朝，即用輔政。及是，上頗不悅。丁時魁、金堡複論其喪師失地之罪，楚人怨之尤深；遂不見用。
是月，雲南孫可望遣官楊畏知、龔彝至行在請封。畏知，陝西人；崇禎庚午解元，原任畢節道。與可望戰，被執；可望親解其縛，遂以為巡撫，重禮之。彝，雲南人；崇禎甲戌進士，原任兵部職方司主事。初，張獻忠僭號，四川有養子四人，皆封王：長孫可望為平東、次李定國為安西、次劉文秀為撫南、次艾奇能定北。獻忠敗死，可望帥其眾，奔貴州入雲南。值臨安蒙自土司沙定洲亂，黔國公沐天波走永昌；可望討平定洲，複省城。迎天波還，去其偽號，稱將軍；遂據有雲南。可望長，稍通文墨，位固第一。奇能為貴州鎮帥皮熊炮擊死，其將馮雙禮主其營事；可望以術籠致之，遂兼兩部，寢欲自大。而定國、文秀素與比肩，不聽約束，故可望乞封朝廷。謂『封爵出自天朝者為真王，而向所稱報乃假竊也』；思得借此駕馭兩雄，使受己節製，本意不過仍「平東」舊號而已。給事中金堡引祖製無異姓封王例，連上七疏；朝廷重違其言。有宗室朱儀〈雨上永下〉參堡把持誤國，疏亦數上。畏知曰：『朱君謬矣，給事言是也。給事引祖製以爭，使黔知朝廷有人；皇上破例特封之，使滇知為朝廷特恩，不更感恩乎』？貴陽鎮帥皮熊、遵義鎮帥王祥皆疏言：『可望名雖向正，事非革心；朝廷無為所愚』！廷議久不決。畏知又曰：『彼意不過欲駕出兩雄上耳。今既不與王爵，則晉以上公，而爵兩雄以侯；使等級有異，彼意亦愜矣』。於是定議：封可望景國公，賜名朝宗；定國、文秀皆封列侯。差大理卿趙煜為冊封使，同畏知、彝賷敕往。自三月入肇，至八月始離行在。滇之請封者，正使畏知、副使彝外，有武弁二員潘嗣榮、焦某；祗令護送兩使，不見朝也。堵允錫知朝議不允滇請，陰欲結滇；約二弁至七裏岩，設席歃血與盟。次日，邀朝士飲，金堡麵詰之；且責曰：『滇與忠貞，國仇也；厥罪滔天。公大臣，偏欲與此輩交結，何意』。允錫失色；徐曰：『某辛苦萬狀，如君言，全無功矣』。堡應曰：『勞則有矣，功則謂何』？二弁亦在間壁，盡聞堡語。允錫大恨，數日遂引疾去，次於梧州。趙煜過梧，竊聞二弁語，不敢行；知允錫給有空頭敕，乃就與謀，矯詔封為平遼王，換給敕印以往。潯帥陳邦傅中軍胡執恭詗知之，與邦傅謀；亦以所給空頭敕矯詔先往。忠貞據有忠州、橫州，勢與潯逼；邦傅思結強援於滇，竟與執恭矯詔封可望秦王，先期入滇。或雲邦傅、執恭，皆承吉翔之密指也。執恭遂由間道，以四年正月先至滇。可望大喜，謄黃布告，受賀三日。而畏知等以平遼王敕印至，可望不受；雲已受封秦王矣。畏知曰：『彼偽封也』。因命執恭與麵質，執恭曰：『彼亦偽封也；行在所封景國公敕印具在』。可望大怒，遂辭敕使，下畏知及執恭於獄，別遣官到行在請旨。