接續第二卷結尾。幾天後，空靈源來見葉羽結果葉羽去學校報到沒見到人，反而碰到了空靈光和博麗冥夢二人（真背），三人一通好打（空靈源被完虐，因為小光的力量克製她，修為比她高一大岔，還是二打一），源趕快跑，就正撞見報到回來的葉羽和陪著他的靈心幻晶（小晶在喚醒之後就可以來到現實世界了）。
葉羽費勁千辛萬苦終於將差點又掐起來的二人（小光和小源）分開，將二人的關係稍微調和了一下，結果讓他被博麗冥夢更討厭了。
第二天晚上，聖殿的人綁架了葉寒軒，實際上是要找機會見葉羽，詢問他是否要加入聖殿。葉羽拒絕了，隨後就打了起來。聖殿的人逃走了。
回來後空靈源對葉羽似乎有什麼想說的，最終不告而別。
之後小光和博麗冥夢說有事情要處理，暫時離開了地球，回到神界。但臨走前卻將控製《聖靈》的鑰匙和一個戰術導力器交給了葉羽。
又過了幾天靈心幻晶突然消失了，葉羽急忙尋找，與此同時葉塵告訴了葉羽他們家的事情。隨後整個華夏國開始尋找靈心幻晶的蹤跡。
過了幾天終於葉羽終於得到了靈心幻晶的消息，結果到了那裏卻發現聖殿的人在那裏等著，與此同時幾個奇形怪狀的魔獸攻擊了葉羽。葉羽帶來的人被全滅，葉羽才發現這些魔獸居然是聖靈裏的魔獸。與此同時全世界都出現了聖靈的魔獸。竟然是世界侵蝕。
葉羽這才知道空靈源在小光走後對聖靈做了手腳（八意永琳等人都跟著小光走了），還布局把小光她們困住，神界的事情就是空靈源幹的。
葉羽靈機一動，用控製《聖靈》的鑰匙將自己在聖靈中的屬性裝備在現實中具現出來。配合戰術導力器將聖殿的人擊潰，知道了空靈源的位置。她就在一座飛船上麵，而且靈心幻晶也在那裏。
葉羽借助KLG集團的飛船來到了空靈源的飛船中，見到了空靈源（過程大家腦補好了，原先的樹狀圖大綱裏麵有，可現在沒有了）。最後，空靈源力量失控（失控之前葉羽和空靈源打了一場，葉羽有遊戲中的屬性和小光的戰術導力器，一開始還打的勢均力敵），葉羽借助原先在人皇洞府內得到的四象五行八卦大陣讓空靈源穩定下來，同時找到了靈心幻晶，將其帶出了飛船。而空靈源卻執意不走，靈心幻晶給了她一巴掌，說出從來都沒有恨過她的話。空靈源若有所思。
最後，葉羽帶著靈心幻晶和空靈源離開了即將自曝的飛船（失控的空靈源發動了自爆），回到了地球。
回到地球後聖殿的諸多神明現身，要空靈源給個解釋。空靈源什麼話都沒說，一個人就把他們全部打得稀裏嘩啦，然後給了葉羽一封信，讓他把信轉交給小光，然後告訴了葉羽自己到底為什麼會製定出那麼恐怖的計劃的原因，將聖靈的世界侵蝕解除後不告而別。
一年後，解決完神界的事情的小光一個人回來，看到葉羽的信後不知道為什麼又是憤怒又是悲傷，然後將KLG集團的事情全部交給了葉羽和靈心幻晶，還邀請葉羽以後來神界以及照護好靈心幻晶。
又是一年過去，葉羽成功升到了九十級，完成了第三主線任務聖靈救贖的終結，聖靈終於結束了，並且向全世界通告關閉服務器。
結束了聖靈的事情後葉羽就帶著靈心幻晶和葉寒暄準備進入神界。而地球，則是邁進了一個宇宙時代。
正文完