UFO否定論者往往是用現有的科學法則來否定UFO現象的。如“大氣中不可能有飛碟那樣高的速度，否則就要產生衝擊波”、“這麼大的加速度會把任何東西壓碎”、“飛碟那麼小，若是從別的星係飛來的，它的燃料放在什麼地方?”等等。他們還往往把愛因斯坦的相對論搬出來，指責不明飛行物不按科學規律行事。如果籠統地問，愛因斯坦的相對論絕對正確嗎?可能人人都會持否定態度，但在具體問題上他們又不那樣認為了。現在人們正在努力研究統一場理論和白洞問題，也有越來越多的人傾向於可瞬時完成宇宙航行的理論，起碼不需要原來認為的那麼多時間。UFO否定論者曾嘲笑說：“對於UFO研究者來說，隻要有解決不了的問題存在，那就需要修改現代科學的理論。”
英國“飛碟”研究協會曾就這個問題對所收集的“飛碟”資料中有關“飛碟”的特征加以分類、比較和研究，結果認為傳說中那種神話般的“飛碟”現象是不存在的。現在看來“飛碟”不是什麼“天外技術”的具體表現形式，可能是發生在地球上的一種自然現象。它的出現與地理條件關係密切，有可能是一種不明大氣現象。例如，某些材料中談到的一種“飛碟”呈卵形，直徑1～3米，繞主軸旋轉，接近地麵並發出大麵積電磁輻射，就屬於這一類。現在科學家利用一定手段已能證實它的存在。並把它命名為“不明大氣現象”，以便與可能存在的“飛碟”相區別。
總之，“飛碟”現象是值得探討的，它是一門值得研究的科學。
當然，科學界仍對UFO的存在產生懷疑。但“觀察事實”卻引出了“地外宇宙飛船”的假說。美國聲望很高的UFO學者J·哈依內克博士曾是一位有力的否定論者，但他接觸了大量的目擊報告和目擊者後改變了態度。他曾擔任過從大學天文係教授到天文台台長等一係列科學職務。1976年他在伊利諾州UFO研究中心對采訪記者時說：“對這樣的資料假裝不知，甚至否定目擊者的人格，這是科學家的良心所不允許的。輕視與無視決不是科學方法的一部分。”
UFO存在與否，在科學界還會有長期的爭論。有關UFO的假說
由於不明飛行物在地球上接連不斷地出現，並產生了許多神秘莫測的現象，因此，越來越多的人們對此非常關注。各國的研究工作也一直在暗中進行著。美國空軍製造廠同美國科羅拉多大學聯合成立了UFO調查委員會，委員會成立於1948年。1976年前蘇聯國防部成立了UFO研究會等國家級研究機構。他們對UFO現象提出了四種假設。
第一，自然現象學說，即把閃電、流星、飛鳥群、人造衛星、氣象觀測器等錯認為飛碟。它的代表性假設是“放電現象假設”。這種放電體形成了5萬～10萬伏特強大電壓，從暴風雨中分離出來遊蕩在大氣層中，並在發生閃電後立即消失。這種放電體就是UFO整體，晴天也會時常出現。這種假設能夠解釋有關UFO的大部分特征。但是，放電現象最長不超過十幾秒鍾，且同暴風雨密切關聯。而多數不明飛行物卻同氣象無關。放電大小隻有4～5厘米寬，UFO卻比它大幾百甚至幾千倍。所以，這種學說沒有多大的說服力。
第二，同地球上文明體有關聯的學說。提出強國秘密兵器說。如二次世界大戰的法西斯餘黨製造碟形飛行體，並進行試飛。這種假設沒有充分的證據，並且在常識上不合邏輯，所以這一學說的說服力也不大。
第三，全身投影學說。即人類無意識的內在心理原形的投影現象說。也就是說，把虛像錯認為實體。這種理論說明不了UFO的全部現象，隻能說明瞬間消失、分離與合體選擇性出現的現象。但虛像不能被捕捉在雷達中。它也無法解釋飛碟著陸的痕跡以及飛碟被照相和攝像等事實。
第四，外界起源學說。這種說法認為，飛碟是從地球以外的宇宙行星上飛來的飛行物體。他們是比人類更發達文明的生命體，像我們去月球或火星探索一樣，他們也到地球上來。這種學說按現代科學原理不可能完全說明UFO現象，但現在絕大多數人相信外界起源說。
認為UFO是外星人的飛行器者，依據有很多，歸納起來有以下幾點：
第一，外星人之所以不與地球人進行公開的正麵接觸，是由於我們地球人的文明程度比他們低得多，不能與他們直接溝通，正如地球上的人不能與猴子溝通一樣。