故事發生在萬物初生，盤古開天辟地之後，大地一片荒涼，猛獸割地為據，昆蟲挖山覆土，以致民不聊生，怨聲載道。後來人們開始三五成群，集眾而居，形成初期的原始部落。共同捕殺澤地野獸，河塘怪魚，飛天禽玀，團結使他們漸漸成為大地的主宰者。
然而各部落勢力日益擴大，矛盾因而並生，部落之間戰事連連，勢單力薄的部落開始相互結盟，立下盟約，共同進退。從此部落勢力之間得到平衡，各據一方，不相往來。
太平盛世中的生活水平漸漸得到提高，人民安逸度日。就在這時，他們眼見身邊的人一天一天老死，意識到生命的短暫，開始懂得居安思危，想方設法得到長生不死之術，霎時間出現了史無前例的求生熱潮，各種稀奇古怪的靈丹妙藥，神秘詭異的巫術蠱術，千變萬化的法術幻化風行一時。
因此，人類逐漸分裂成三大種族：一種練氣求仙，修成正果，是為神也；一種問道尋越，走火入魔，是為魔也；最後一種依然平庸安逸，享受短暫人生，是為世人也。
可是，三界雖稱神人魔，但終究還是人的體質，逃不出壽命的界限，隻是神人練氣，魔人巫術詭異，以至壽命較長罷了。
此時，三界初定，神界、人界、魔界各執己見，各自為政，共享太平。魔界老祖渾沌便用他的魔法將三界劃分開來，從此三界各自生活在不同地方。
天下合久必分，分久必合。魔界老祖渾沌妄自尊大，自以為武功高強，法力無邊，遂要求人間歸順魔界，神界原始老祖伏羲自然不同意，說“三界本為人，理應順應民心，各分天下。”魔界不可得，老羞成怒，從此神魔兩界誓不兩立，激戰百年。
期間，人間百姓崇尚和平，清淨無為，誤聽兩界爭奪，人心惶惶，作舍道旁，不知歸心何處。
兩界相爭多年，元氣大傷，此時人間部落聯盟首領黃帝偏向神界，願助神界一臂之力，借兵對抗魔界。
部落聯盟兵部總帥蚩尤卻突然發動九黎部落投奔魔界，黃帝無何奈何，隻好跟蚩尤在涿鹿大戰數十年，終於戰勝蚩尤九黎部落，可是眼下魔界兵力越盛，已無力回天，神界伏羲跟人界黃帝亦隻好做垂死掙紮。
抗戰數年後，人界的黃帝陽壽已盡，已登極樂。傳位於堯，堯帝乃修真練氣之才，得神農傾囊相授練化之術，在群臣的輔助下研發出各種法術，暫時勉強能克製魔界的壯大勢力，可惜堯帝也非神人，同樣老死去。
然而傳位於舜（第一世佛祖），舜帝一生忠廉禮孝，深得群臣擁護，君臣承繼上代帝王遺誌，竟出乎意料地研發出長生不死之術－休祿術。
可舜帝堅信身體發膚受於父母，既然雙親已亡，自己也應當命赴黃泉，盡孝之道，遂將此術視為禁術，舜帝自然沒有修練過此術，亦亡，傳位於禹。
禹帝亦繼承曆代帝王遺誌，一心為民抵抗天災人禍，從神界散仙中偶得封印卷軸秘訣，配合堯帝練化之術，竟能盡封世間萬物。
神界伏羲得知此消息，邀請禹帝共商破敵之計，神界伏羲說：“昔日世間早已太平，奈何我等尋仙問道，破壞了自然規律，以至天災人禍，戰事連連。我等理應為此負起所有責任。聽聞帝禹練有神功，能將萬物盡封，未知帝禹能否幫我等一個忙？”
禹帝自然應諾，不料神界伏羲說：“望帝禹將神魔二界、仙術法術等一並封印，讓世間周而複始。”禹帝被神界眾神的悲壯行為感到萬分感慨，含淚應允。
最後禹帝啟動封印卷軸，將神魔二界和所有超自然法術一並封於九鼎之內，從此，世間恢複和平，天災亦消。世人感激禹帝的功績，部落歸依，民心歸傍，推舉禹帝成為華夏第一國君，夏朝因而建立。
然而夏朝末年，八方諸侯的背叛，四藩作亂，是天道所致，還是......