什麼是插進榮格和弗洛伊德兩人友誼的心髒裏的東西？榮格在他的自傳中認為是弗洛伊德對性欲理論懷有宗教般的虔誠。兩人在1907年初次見麵的時候，榮格除了強烈地為弗洛伊德的科學精神和人格魅力所吸引外，再就是對他的印象有些不確定。他們於1914年正式分手後，榮格才得以逐漸地理清這種印象：
弗洛伊德已在情感上非同小可地深陷進了他那有關性的理論中去了，這是不會有錯的。當提到它時，他的聲調變得急迫起來，甚至幾乎達到焦急的程度，而他那正常的批判性和懷疑性的一切跡象也就隨之不見了。這時他臉上便會現出一種奇怪的、深受感動的表情，這到底是什麼原因我可就無從知道了。我有一種強烈的直覺，覺得性欲對於他來說已經變成了一種神秘之物。三年後（1910年）我們再次在維也納進行的一次談話證實了這一點。我仍然能夠生動地回想起弗洛伊德是怎麼跟我說的：“親愛的榮格，請您答應我永遠不放棄性欲的理論。這是一切事情中最根本的。您知道，我們得使它成為一種教條，一座不可動搖的堡壘。”（榮格，1988，pp.256~257）
也就是說，在榮格看來，弗洛伊德是把未經證明的性欲假設提到了宗教信仰的位置，而這就從根本上違背了科學精神。榮格後來認為，弗洛伊德對性欲的宗教崇拜是對他在理智上強烈地反對宗教的一種補償———他受對科學的信仰這一時代精神的影響，在理智上強烈地堅持機械唯物主義，反對唯心主義和宗教，所以作為補償，在潛意識中宗教的因素會大量聚集，使他對某種東西著迷。當然，弗洛伊德之所以把性欲而不是別的什麼東西上升到上帝的寶座，是因為他那個時代的人、特別是中產階級，大多受維多利亞時代的禁欲主義的影響，從而性壓抑確實是造成神經症的主要原因。實際上，弗洛伊德和榮格一樣，都認識到了性欲包含著靈性，具有一種本質性的意義，這從弗洛伊德對性欲的崇拜和榮格對性的象征的重要性的觀點中可以清楚地看出來。因此，兩人的巨大分歧實際上不是由性欲是否重要或性欲問題本身引起的，而是由不同的世界觀和方法論引起的：弗洛伊德堅持唯物主義世界觀，他用因果論和還原論來解釋一切潛意識現象，把潛意識現象僅僅限定在個人經驗的範圍和歸結為生物學的性欲的驅動，而榮格則反對唯物主義世界觀的機械性，他堅持要用現象學的方法來放大闡釋個人的潛意識而不僅僅是用因果論的方法來說明原因，從精神意義方麵把潛意識現象擴大到了超越個人的人類集體乃至整個大自然，等同於宗教體驗或超個人的體驗。
榮格從初次結識弗洛伊德起就表示不讚同他的性欲理論，隨著兩人的交往深入，由此引發的衝突不斷增加，並且使雙方越來越感覺到不快。1909年對兩人的關係是有決定意義的，那年的三月，榮格到維也納拜訪弗洛伊德時，就他當時正感興趣的關於未卜先知和靈學的問題求教於弗洛伊德。弗洛伊德對這些問題進行了詰難，並斥之為胡說八道。榮格幾次把溜到嘴邊的尖銳反駁又咽了回去，但是，他突然覺得自己的橫膈膜好像變成了鐵做的並在發熱，然後變成了一個灼熱的拱頂樣的東西。而就在那時，在他們身旁的書架突然發出了十分響亮的砰的一聲，把他們都嚇得跳了起來，擔心書架倒下壓倒他們。榮格隨即對弗洛伊德說：“瞧，這就叫做催化顯示現象。”榮格又十分肯定地預言，還會再響一聲。果然如此。弗洛伊德目瞪口呆。這件事充分暴露了兩人在興趣、氣質甚至世界觀方麵存在很大的差異，預示著兩人之間的意見分歧很難調和。
1909年底，榮格和弗洛伊德兩人因同時受到邀請去美國的麻省伍斯特市的克拉克大學開設講座而決定一起前往。他們相約在德國的不來梅會合。在一天的午餐時榮格談到了他在報紙上剛看到的有關德國北部某些地區有泥煤沼屍體的報道，這種屍體是史前時期的，榮格有點不清楚，把它們和該市鉛棺裏的木乃伊混同了。榮格興致勃勃，弗洛伊德卻好幾次打斷他的話，並問道：“何以您對這些屍體是如此關心呢？”弗洛伊德後來竟當場昏倒了。事後，弗洛伊德對榮格解釋說，榮格關於屍體所進行的一切交談，含有盼他早死的成分。1912年在德國的慕尼黑舉行精神分析大會期間，相似的一幕再次發生，弗洛伊德再次產生了榮格殺死自己的幻覺，並當場昏倒。
弗洛伊德對榮格的言辭作出如此過激的反應反映了他已經再也不能承受他和榮格之間的意見分歧所帶給他的巨大壓力了，因此，從他單方麵來說，他的潛意識以那種方式預見到了他和榮格的分手將是不久以後的事。就榮格來說，他雖然也越來越清楚地認識到兩人之間的觀點差異很大，但是由於他對弗洛伊德始終懷著極大的仰慕，後者在他心目的地位無人能代，他也常常因感覺到兩人分手的不可避免而沮喪和不安。
榮格1900年進入伯戈爾茨利精神病醫院，那時他還是一個年僅25歲的青年，他雖然對治療精神病患者滿懷熱情，但是卻缺乏相應的知識和經驗，隨後的9年是他的“學徒期”，期滿後他已經成為那個領域的專家。榮格於1909年決定離開伯戈爾茨利精神病醫院是因為私下裏找他看病的患者很多，而且他這樣做也是為了有更多的時間來進行自己感興趣的研究工作，這似乎已經成為他那時內心生活的迫切需要。榮格在剛走上社會的幾年裏，第一人格表現得非常積極熱情、勤奮執著，而第二人格則相對地不是那麼活躍，結果是他在事