食品微生物檢驗是應用微生物學及其相關學科的理論和方法，研究如何檢測外界環境和食品中微生物及其毒素的種類、數量和特性，為食品加工中的環境衛生管理和食品生產管理及產品的質量鑒定與控製提供科學依據，以保證人畜健康、防止疾病傳播和增進人類福祉的一門應用性學科。
自然界中微生物種類多，數量大。食品在來源地、加工及運輸等過程中都可能受到各種微生物及其代謝產物的汙染，這使得食品微生物檢驗的研究對象以及研究範圍廣泛。此外，食品微生物檢驗還具有實用性及應用性強的特點，通過檢驗、控製及利用微生物，防止食品變質和杜絕食源性病害，進而保證食品衛生安全，在促進人類健康方麵起著重要的作用。
一、食品的微生物汙染源
自然界中各種微生物的普遍性，導致動物性食物、植物性食物或由它們加工成的食品不可避免地存在著微生物。了解微生物的來源，對進行食品微生物檢驗具有重要意義。食品中微生物的來源主要有以下幾個方麵。
（一）土壤中的微生物
自然界中的微生物絕大部分都存在於土壤中，土壤是食品中微生物的主要來源。土壤中的微生物種類繁多、數量大，每克土壤中含有幾千萬乃至幾千億個微生物，以細菌為最多，放線菌、黴菌次之，其他種類較少。土壤中的微生物類群和數量可隨土壤的地理位置、土壤的種類以及有機物的含量、生物種類、濕度、酸堿度等的不同而異。
土壤中除含有大量的原住微生物外，還有隨人和動物分泌物、排泄物以及汙水等進入土壤的異養菌。在這些異養菌中有一部分是病原菌。雖然它們一般在土壤中容易死亡、存活期短，但個別能形成芽孢的細菌（如炭疽芽孢杆菌）可長期存在。它們可通過汙染的食品、飲水或直接感染人或動物而引起人或動物患病。
（二）水中的微生物
水中的微生物主要來自土壤，其次還來自塵埃、人畜的排泄物、垃圾、汙水等。水因含有無機物質和有機物質，也是微生物廣泛生存的天然環境，且是汙染食品的微生物主要來源。
病原微生物可隨患病人和動物的排泄物等一起進入水中，一般常因水的自淨作用而難以長期生存，有些病原菌可在水中生存相當長的時間並成為傳染源。水中的微生物類群和數量可因水源的不同、汙染程度的差異和有機物含量以及各種理化因素的影響和自淨作用而有很大的差別。食品的生產、加工，以及設備、場地洗刷等都離不開水，因此水的衛生質量好壞直接影響食品的衛生安全。
水中的細菌菌落總數是用營養瓊脂作傾注平板培養，於36℃培養48h後計算的菌落數，是指示水體中糞便等含微生物汙染物汙染水體程度的指標。
我國飲用水衛生標準中規定生活飲用水中細菌菌落總數＜100CFU/mL，純水或淨化水的標準為＜50CFU/mL。
（三）空氣中的微生物
由於幹燥、流動、日光直射作用及缺乏營養物質，進入空氣中的大部分微生物都會死亡，隻有一些對幹燥和陽光抵抗力強，能產生芽孢的細菌以及真菌的孢子可長期存在於空氣中。大多數病原菌在空氣中存活時間短，一般僅為數小時，但在陰暗、通風不良的情況下能存活較長時間，所以空氣中基本上沒有病原微生物的存在，僅在患病的人和動物附近、醫院周圍等空氣中含有，可造成飛沫傳染。