大亨元年（403年）十一月，桓玄加自己的冠冕至皇帝規格的十二旒，又加車馬儀仗及樂器，以楚王妃為王後，楚國世子為太子。十一月十八日，由卞範之寫好禪讓詔書並命臨川王司馬寶逼晉安帝抄寫。二十一日，由兼太保、司徒王謐奉璽綬，將晉安帝的帝位禪讓給桓玄，隨後遷晉安帝至永安宮，又遷太廟的晉朝諸帝神主至琅邪國。及後百官到姑孰勸進，桓玄又假意辭讓，官員又堅持勸請，桓玄於是築壇告天，於十二月三日正式登位為帝，並改元“永始”，改封晉安帝為平固王，不久遷於尋陽。
桓玄篡位以後，驕奢荒侈，遊獵無道，通宵玩樂。即使是桓偉下葬的日子，桓玄在日間哭喪但夜晚就已去遊玩了，有時甚至一日之間多次出遊。又因桓玄性格急躁，呼召時都要快速，當值官員都在省前係馬備用，這樣的朝廷已經不再是朝廷的樣子了。另桓玄又興修宮殿、建造可容納三十人的大乘輿。百姓更因而疲憊困苦，民心思變。北府舊將劉裕、何無忌與劉毅等人於是乘時舉義兵討伐桓玄。
永始元年（404年）二月二十七日，劉裕等人正式舉兵，計劃在京口（今江蘇鎮江）、廣陵（今江蘇揚州市）、曆陽和建康四地一同舉兵。其中劉裕派了周安穆向建康的劉毅兄劉邁報告，通知他作內應，然而劉邁惶恐，後更以為圖謀被揭向桓玄報告，桓玄初封劉邁為重安侯，但後又以劉邁沒有及時收捕周安穆，於是殺害劉邁和其他劉裕於建康的內應。原於曆陽舉兵的諸葛長民亦被刁逵所捕，但劉裕等終也成功奪取了京口和廣陵，鎮守兩地的桓修和桓弘皆被殺。
劉裕率義軍進軍至竹裏，桓玄加桓謙為征討都督。桓謙請求桓玄派兵攻劉裕，但桓玄畏於劉裕兵銳，打算屯兵覆舟山等待劉裕，認為對方自京口到建康後見到大軍必然驚愕，且桓玄軍堅守不出，對方求戰不得，會自動散走。不過桓謙堅持，桓玄就派了頓丘太守吳甫之及右衛將軍皇甫敷迎擊。不過二人皆在與劉裕作戰中戰死，桓玄大懼，就召見一眾會道術的人作法試圖對抗劉裕。後桓玄又命桓謙、何澹之屯東陵，卞範之屯覆舟山西，共以二萬兵抵抗劉裕。不過劉裕進至覆舟山東時故設疑兵，令敵方以為劉裕兵力眾多，桓玄得報後更派庾賾之率兵增援諸軍。然而，因為劉裕的兵眾大多是北府軍出身，故桓謙軍隊都畏懼劉裕，未有戰意，而劉裕則領兵死戰，並乘風施以火攻，終擊潰桓謙等。
請看下一講：一語成讖