提起劉裕的成名之戰，莫過於兩場戰鬥，其一為孫恩盧循之反，其二為桓玄征討戰鬥。今天我們要講的即是這兩場戰鬥的始末。上一講我主要是講了孫恩的起家和王凝之的死，如果說桓玄之戰是為了皇位，那麼孫恩之亂那純屬是找死，因為他隻是借用五鬥米道外衣的農民起義，而且他所信仰的五鬥米道和清朝的義和團運動信仰的迷信思想幾乎是一個道理。
元興元年（402）三月，義軍登陸後攻臨海，被太守辛景擊敗，傷亡慘重，孫恩遂投海自盡。義軍餘眾數千人推孫恩妹夫盧循為首領。時占據江、荊二州的桓玄已攻進建康掌握了東晉軍政大權，為安撫浙東，以盧循為永嘉太守。循雖受令，暗中仍繼續擴展勢力。五月，盧循自臨海入東陽（今浙江金華），被劉裕擊敗，奔往永嘉（今溫州）。二年，義軍又先後敗於東陽、永嘉，大帥張士道戰死。盧循遂率眾由海道南撤，於三年十月，相繼攻克番禺（今廣州）、始興（今廣東韶關西南），自稱平南將軍，攝廣州事。此時，劉裕已平桓玄之亂，正忙於鞏固既得權力，無力征討，於義熙元年（405）四月任命盧循為廣州刺史、盧循姐夫徐道覆為始興相。循與道覆為積蓄力量，一麵受朝廷官職，一麵潛遣人至南康山（即大庾嶺，在始興東400裏）伐木，於本郡賤價出售，藏船材於民，以便待機再起。
六年二月，盧循和徐道覆趁劉裕率兵北伐南燕而建康兵力空虛之際，在始興會合，贖回船材，旬日製造成艦；爾後兵分兩路北上。盧循率西路沿湘水連克桂陽、零陵諸郡，直指荊州州治江陵（今屬湖北荊沙）；徐道覆率東路順贛水而下，於三月，在豫章（今南昌）大敗晉軍，殺死鎮南將軍何無忌。繼之與從巴陵（今湖南嶽陽）東下的盧循合兵，於桑洛洲（今江西九江東北長江中）大敗豫州刺史劉毅。盧循聞劉裕已返建康，欲退還尋陽（今九江西南），攻取江陵，占據江、荊二州以對抗晉廷。徐道覆力主乘勝徑進。盧循猶豫數日，勉強從其言，繼續東進。時義軍十餘萬，而建康兵力不過數千，不少朝臣欲奉晉安帝北渡長江避難。徐道覆主張乘勢焚舟上岸，與劉裕死戰，盧循遲疑不決。劉裕迅速調集兵力，周密布防。義軍兵臨建康近兩月，屢遭挫敗，兵疲糧乏，遂於七月初還尋陽。十月，徐道覆率軍3萬攻江陵不利，損失萬餘人，退回湓口（今九江境）。十二月，盧循、徐道覆率軍數萬，與劉裕軍先後戰於大雷（今安徽望江）、左裏（今江西都昌西北左蠡山下），皆敗。盧循徑還番禺，徐道覆退保始興。七年二月，晉將孟懷玉攻破始興，徐道覆戰死。盧循率餘部至番禺，但該城已為劉裕部將孫處由海道襲取，遂於四月退至交州（今越南北寧省仙遊東），與晉交州刺史杜慧度激戰，遭火攻致敗，投水自殺。至此，起義徹底失敗。此次起義前後曆時十一年半，沉重打擊了東晉封建王朝，但由於作戰指導上優柔寡斷，幾次錯過有利戰機，失去主動，終於導致全軍覆沒。