在濕地生物多樣性保護方麵，仍然麵臨著很多挑戰。濕地麵積減少、功能退化的趨勢仍然沒有得到根本遏製；水土流失未得到有效治理，很多河流、湖泊、沼澤水體汙染和水質惡化依然嚴重；生物種類銳減，一些野生動植物種受到嚴重威脅甚至麵臨滅絕的危險；全球氣候變暖也給濕地和生物多樣性保護帶來巨大威脅和挑戰。
沒有濕地的健康，就沒有人類的安全；失去生物多樣性，就失去了人類經濟社會發展的重要基礎。當前，我們將著力做好以下重點工作：一是繼續實施全國濕地保護等重點生態工程建設，不斷完善全國濕地保護網絡體係；二是加強製度建設，切實建立起濕地保護的長效機製；三是加強科學研究、資源調查與監測，製定技術標準與專業規範，夯實濕地保護基礎；四是大力發展濕地生態文化，為濕地保護提供社會保障；五是積極履行濕地公約，加強國際合作，提高我國在濕地保護國際事務中的地位和影響。
2010年2月，胡錦濤在省部級主要領導幹部深入貫徹落實科學發展觀加快經濟發展方式轉變專題研討班的重要講話中強調指出要加快實施生態工程。這就要求我們要進一步強化對水源、土地、森林、草原、海洋、生物等自然資源的生態保護，繼續推進天然林保護、退耕還林、退牧還草、水土流失治理、濕地保護、荒漠化石漠化治理等生態工程，加強自然保護區、重要生態功能區、海岸帶等的生態保護，開展植樹造林，不斷改善生態環境。
總的來說，加快實施生態工程，需要做好以下幾個方麵：
一、必須堅持以科學發展觀為指導，貫徹以生態建設為主的林業發展戰略。要處理好人工治理與自然修複的關係，處理好興林與富民的關係，處理好區域治理與重點突破的關係，處理好鞏固與發展的關係，推動區域經濟社會全麵協調可持續發展。
二、必須堅持繼續以防沙治沙為主攻方向，統籌區域治理協調發展。要加大力度，重點推進，集中力量解決好防沙治沙這一關係全局的突出問題，優先安排治沙造林項目，加快治理速度；要統籌兼顧，加大對黃土高原水土流失的治理力度，盡快遏製水土流失擴展的趨勢，加快平原農區農田防護林體係建設完善提高步伐，建設更高標準的綠色屏障。
三、必須堅持以深化改革為根本動力，構建工程發展長效機製。隻有深化改革，才能激發工程建設的內在活力，增強後續發展動力；隻有深化改革，才能理順林業生產關係，解放和發展林業生產力。要以林權製度改革為核心，積極推進工程建設的改革創新，逐步建立起充滿活力、科學高效、更加開放的體製和推動工程建設持續健康發展的長效機製。
四、必須堅持走生態經濟型防護林體係建設的路子，促進生態與經濟協調發展。工程建設要服務農業生產、增加農民收入、繁榮農村經濟。在平原農區，要建設防護—用材兼用型的資源基地；在黃土高原和丘陵溝壑區，要大力發展生態與經濟兼優的水土保持林和水源涵養林，建設名特優新幹鮮果品基地和後備森林資源基地；在廣大沙區，要建設以沙生灌木為主的工業原料林基地、中藥材基地、灌木飼料林基地、生物質能源基地等，打造特色沙產業。