第二卷 畏兀兒與回回
第一章 高昌畏兀兒
一、歸附蒙古的畏兀兒亦都護
蒙元時代稱回鶻為畏兀兒，與現代的民族名稱維吾爾為同名異譯。當時高昌畏兀兒君主的稱號為"亦都護"，或譯"亦都兀惕"，意思是神聖的陛下（聖上），或雲為幸福之主，也有學者認為此名稱借自漢語"都護"一詞。13世紀初，高昌亦都護為巴而術阿而忒的斤。
自從12世紀30年代高昌回鶻成為西遼的附庸以後，曆時70多年。西遼派駐高昌監國的少監等官壓製亦都護，欺淩畏兀兒人民，強征貢賦，搜括民財，引起廣大畏兀兒群眾嚴重的不滿，與亦都護之間的矛盾日益激化。
1209年（元太祖四年）春，巴而術阿而忒的斤聞成吉思汗崛起的威名，於是殺西遼少監等官，準備轉而歸附蒙古。時值成吉思汗派遣使臣按力不也和奴答拜至高昌。亦都護大喜，便派官員別吉思和阿鄰帖木兒二人去朝覲成吉思汗，表示"自今而後，願率部眾為臣仆"。
1211年（元太祖六年），巴而術阿而忒的斤至怯綠連河（今蒙古國克魯倫河）朝覲成吉思汗。成吉思汗認他為自己的第五個兒子，並將女兒阿勒阿勒屯許配給他，《元史》稱此女為"公主也立安敦"。巴而術阿而忒的斤曾幾次參加蒙古軍出征。1218年（元太祖十三年）他率畏兀兒士兵300人從蒙古大將哲別攻滅乃蠻部王子屈出律。1219年（元太祖十四年），蒙古軍開始西征花刺子模等國，巴而術阿而忒的斤率部萬人至海押立（位於今哈薩克斯坦共和國科帕耳城西）和成吉思汗會合。後來他參加攻克訛答刺（位於今哈薩克斯坦共和國土爾克斯坦南帖木兒車站東北）、鑊沙地區（今培吉克斯坦共和國瓦赫什河中下遊平原）和你沙卜裏（今伊朗東北部內沙布爾）等地的戰役。他率領的畏兀兒軍經常擔任先頭部隊，"紀律嚴明，所向克捷"。1226年（元太祖二十一年）巴而術阿而忒的斤又率部從成吉思汗征西夏。在上述曆次戰役中，功勳卓著。不久，巴而術阿而忒的斤病逝。
他死後，長子怯失邁失嗣位。蒙古大汗窩闊台將阿刺真公主嫁給入朝的亦都護怯失邁失。怯失邁失在位時間不長。死後，巴而術阿而忒的斤之次子玉古倫赤的斤繼位。時值窩闊台皇後脫列哥那攝政，她任命玉古倫赤的斤為新的亦都護。
玉古倫赤的斤死後，子馬木刺的斤嗣位。1258年（元憲宗八年）夏四月，蒙哥汗南下伐宋進抵六盤山，馬木刺的斤率畏兀兒軍萬人從征。
1259年春正月，進攻合州（今四川省合川縣）。七月，蒙哥汗在釣魚山（位於今合川縣東）中流矢死，撤軍。馬木刺的斤參戰有功，在回火州（今新疆維吾爾自治區吐魯香市高昌故城）後病逝。
1266年（元至元三年）元世祖忽必烈命馬木刺的斤之子火赤哈兒的斤嗣位為亦都護。1269年窩闊台嫡孫海都召開西北蒙古諸王大會，形成割據之勢。1272年海都扶植都哇為察合台汗，聯合反對忽必烈。1275年（至元十二年）都哇等領兵12萬包圍火州，逼迫畏兀兒亦都護投降。火赤哈兒的斤答複說："吾聞忠臣不事二主，吾生以此城為家，死以此城為墓，終不能從爾也。"都哇圍火州半年，攻城不下。射箭書給火赤哈兒，提出要娶亦都護的女兒為妻，作為撤兵的條件。由於城中糧食將盡，為救百姓性命，火赤哈兒將女兒也立亦黑迷失別吉從城上吊放到城外。都哇得女，解圍而去。
事後，火赤哈兒的斤到北京朝覲元世祖忽必烈。忽必烈嘉獎他守火州的功勞，重賞之，並妻之以（已故）定宗皇帝貴由之女巴巴哈兒公主：又賜鈔10萬錠，賑濟畏兀兒百姓。火赤哈兒回到畏兀兒地區，屯田於哈密力（今新疆哈密市）。海都、都哇的軍隊突然襲擊他。火赤哈兒寡不敵眾，力戰而死。
當時火赤哈兒的兒子紐林的斤還很年輕。他到北京朝覲皇帝，請兵為父報仇。元世祖賜給他數以萬計的錢財，並將太宗皇帝窩闊台的孫女不魯罕公主嫁之為妻。後來這位公主去世，皇帝又將其妹八卜叉公主嫁給她。元世祖命紐林的斤在河西等候，於是他就留在永昌（今甘肅省永昌縣），在那裏建立幕府。從此以後，曆代亦都護基本上以永昌為"治所"，而"遙領"原高昌王國境內的畏兀兒人民。
1286年（至元二十三年），吐蕃脫思麻（又作朵麥，即安多東部，今青海省東部、甘肅省西南部藏族地區）發生叛亂，皇帝任命紐林的斤為榮祿大夫平章政事，率領本部畏兀兒軍兵萬人，前往鎮守吐蕃宣慰司（轄今青海省東部及附近甘肅、四川兩省接壤地區）。紐林為官清正，"威德明信"，使這一帶的藏族人民過上了安定的生活。
紐林的斤鎮守的地區與其在甘肅永昌的駐地鄰近，所以他仍負責管理本民族事務。1296年（元元貞二年）三月，元成宗鐵穆耳"詔駙馬亦都護括流散畏吾而戶"，即招撫收容流亡的畏兀兒人。
紐林在吐蕃宣慰司鎮守20多年，至元武宗（1307-1311）時才召他回永昌，專任以畏兀兒亦都護之職，並賜給他"亦都護"金印。1311年（元至大四年）元仁宗愛育黎拔力八達即位不久，即以亦都護紐林的斤為高昌王。當年五月"置高昌王傅"，又賜給他"高昌王"印，並規定"其王印行諸內郡，亦都護印行諸畏兀兒之境"。及八卜叉公主病逝，元皇室又將元世祖孫安西王阿難答之女兀刺真公主嫁給紐林的斤為妻。紐林的斤曾領兵回火州，恢複畏兀兒城（今新疆吐魯番市高昌故城），1318年（元延祐五年）死於永昌。
紐林的斤的長子帖木兒補化、次子篯吉，為八卜叉公主所生。帖木兒補化在元大德年間（1297-1307）娶元太宗之子闊端的孫女朵兒隻思蠻公主為妻。50000016_630_8至大（1308-1311）中，隨父入覲，在宮中擔任宿衛。後來在東朝為皇太後辦事，任中奉大夫，領"大都護"事。以後又以資善大夫官銜出任鞏昌（治今甘肅省隴西縣）等處都總元帥達魯花赤。不久其父死，奔喪回永昌，請求將高昌王的爵位讓與叔父欽察台。欽察台力辭。於是帖木兒補化繼位為畏兀兒亦都護、高昌王。
元至治中（1321-1323），帖木兒補化領甘肅諸軍，仍管本部畏兀兒族人民。元泰定中（1324-1327）奉命調任，與威順王等分鎮襄陽，任湖廣行省平章政事之職。1328年（元天曆元年），元文宗圖帖睦爾將帖木兒補化召至京師，幫助解決帝位之爭。帖木兒補化因功任上柱國、錄軍國重事、知樞密院事之職；翌年正月，又以舊官勳封拜為中書左丞相；三月，加太子詹事；十月，拜禦史大夫。因他從畏兀兒亦都護升任為元朝的宰相，"位極人臣"，於是，他讓王位於其弟篯吉，由篯吉擔任高昌王、畏兀兒亦都護。。
在元代，高昌畏兀兒王國曾享有若幹"自治"權利。亦都護對本國人民仍征收一定數量的賦稅。如元初畏兀兒人布魯海牙，曆任燕南諸路廉訪使、順德等路宣慰使等職，皇帝賜給他綾絹5000匹及絲絮等，其弟益特思海牙即向他"求四之一納其國賦"。50000016_630_10畏兀兒人之間的訴訟，由當地本民族的副頭目審訊；畏兀兒人與其它民族之間的紛爭，由元朝的地方官和畏兀兒族中的頭目共同裁決。但從總體上來看，當時畏兀兒地區仍歸元朝政府統一管轄，在其境內設官、置驛、屯戍、收稅、行交鈔等。
1278年（元至元十五年）"授八撒察裏虎符，掌別失八裏（原高昌畏兀兒王國夏都，今新疆吉木薩爾縣北破城子）畏兀城子裏軍站事"。1279年五月，"命畏吾（兀）界內計畝輸稅"。1280年正月，"命萬戶綦公直戍別失八裏"。三月，在畏兀兒境內置交鈔提舉司；1283年又在"畏兀兒地"設交鈔庫。1280年十二月，元朝在別失八裏設立北庭都護府。1281年二月，取消原來的畏兀兒"斷事官"，將其職能劃歸北庭都護府，提升北庭都護的官階為從二品。同年，"自太和嶺（位於今山西省朔縣東南）至別失八裏置新站三十"。年夏四月，"立別十八裏、和州等處宣慰司"。和州即火州，原是高昌畏兀兒都城所在地，是時亦由元朝的宣慰司直接管轄。1286年十月、十一月，元朝先後兩次派兵共1400人至別失八裏屯田，並在當地設置元帥府總管其事。
二、畏兀兒人對元朝的貢獻
高昌畏兀兒在成吉思汗時代是我國西北文化最高的古代民族之一，最先主動歸附蒙古，因此受到成吉思汗及其子孫的信任和重用。於是，畏兀兒人"有一技一藝者畢效於（元）朝"。許多畏兀兒知識分子跟隨蒙古統治者進入內地以後，又迅速吸收漢文化，進一步提高了文化知識、學術水平和政治才能，成為輔佐元朝的一支重要力量。
首先，畏兀兒人塔塔統阿用回鶻（畏兀兒）文的字母拚寫蒙古語言，為蒙古族創製了最早的蒙古文。這一書寫係統被稱為回鶻式蒙古文，是現行蒙古文的前身。元太祖命塔塔統阿將這種文字教給太子和諸王。塔塔統阿還傳授蒙古人在出納銀錢和糧食，以及委任人員等一切事項上使用印章作為憑證。為此，成吉思汗委任他掌璽之職。這是蒙古族使用印章之始。
從成吉思汗時起，有若幹位畏兀兒知識分子擔任過蒙元皇室的教師。例如，成吉思汗的"皇弟斡真求師傅，帝命嶽璘帖穆爾往，訓導諸王子以孝弟敦睦、仁厚不殺為先"。成吉思汗曾"令諸皇子受學"於哈刺亦哈赤北魯。庫爾古司教成吉思汗長子術赤之子學畏兀兒文。元太宗窩闊台之子合失曾"受書"於昔班。忙兀的斤教過元世祖忽必烈學習畏兀兒字。大乘都為忽必烈孫安西王阿難答之師。
元朝任用大量畏兀兒人擔任中央和地方各級官員，見於《新元史》記載的約有60人。在元朝存在的88年中，擔任過宰相的畏兀兒人多達20餘人。元朝的宰相包括中書令、右丞相、左丞相、平章政事、右丞、左丞、參知政事七種官銜。據《元史》和《新元史》有關列傳記載，擔任過這些職務的畏兀兒人有：廉希憲（中書平章政事）、阿合馬（中書平章政事）、阿裏海牙（平章政事）、昔班（中書右丞）、格桑（尚書右丞相）、亦黑迷失（平章政事）、畏兀兒薩理（中書右丞）、阿魯渾薩理（中書平章政事）、八丹（中書右丞）、哈刺哈孫（中書右丞）、臘真（中書省平章政事）、察乃（中書省平章政事）、撒馬篤（中書省參知政事，自八丹至撒馬篤一門四世五宰相）、帖木兒補花（中書左丞相，高昌王，亦都護）、雪雪的斤（中書丞相，高昌王，亦都護）、阿禮海牙（平章政事）、大慈都（中書平章政事）、完澤（中書平章政事）、沙刺班（中書平章政事）、道童（參知政事）、察罕帖木兒（中書平章政事）、擴廓帖木兒（左丞相）。
元代畏兀兒人在學術和文化藝術諸方麵作出了許多貢獻。在史學方麵，廉惠山海牙"預修遼、金、宋三史"。修《宋史》時，嶽柱與全普俺（庵）撒裏為提調官，撤馬篤為行省提調官。廉惠山海牙為名列首位的《遼史》纂修官，偰哲篤為修該史的提調官之一。沙刺班為名列首位的《金史》纂修官。
佛學方麵，阿台薩理"精佛氏學"，一家三代相傳。其子乞台薩理通經、律、論，1275年（元至元十二年）被任命為"釋教都總統"，同知總製院事。其孫阿魯渾薩理"受業於國師八哈思巴"，通其學。阿魯渾薩理會多種民族語言，並且通曉漢文化中的經、史、百家、陰陽、曆法、圖緯、方技之學，是一位很淵博的學者。
在元代的重要翻譯家中，也有畏兀兒人士。例如，安藏兼通儒、佛兩學。他譯出《尚書》、《貞觀政要》的有關部分供元世祖參考。忽必烈又命他將漢文的《尚書》、《資治通鑒》、《難經》、《本草》等譯成蒙古文本。必蘭納識裏通"諸國語"，譯"諸梵經典"。他譯的經，有的從漢文譯出，有的從藏文譯出，大部分從梵文譯出。迦魯納答思用畏兀兒字譯西天（印度）、西番（西藏）佛經。元世祖將他譯的經刻版印刷，賜給諸王和大臣。
元代出了位畏兀兒族農學家魯明善。他是迦魯納答思之子，又名鐵柱，著《農桑衣食撮要》一書（初刊於1314年）。該書按十二月令分敘每個月的農事活動，以及進行每項農事活動的方法和注意事項。此書是元代兩大農業書籍之一。
貫雲石（1286-1324），是元代最著名的散曲作家之一。他原名小雲石海涯，號酸齋，《元史》中有他的傳記。他曾任翰林侍讀學士，後以病辭官，變姓名，易服飾，在杭州賣藥。他用漢文著有《貫酸齋詩文集》和《孝經直解》。貫雲石與徐再思（甜齋）齊名，後人將他們兩人的作品合輯成《酸甜樂府》。有人認為明代戲曲中的海鹽腔出自貫雲石。貫雲石的作品傳至現代尚存散曲"小令"88首、"套數"10套，詩38首，詞2首，文3篇和《孝經直解》。《孝經直解》1308年（元至大元年）刊印，日本保存有原刻本。
1986年，新疆人民出版社出版了《貫雲石作品輯注》，其中包括所有現存的貫雲石著作。
元代精通漢文的文學家尚有偰玉立，著有《世玉集》；偰百僚，著有《進思齋逸稿》。偰氏一門九進士，"世科之盛，當時所希有"。
藝術方麵。高昌畏兀兒王的世子伯顏不花的斤，擅長草書和繪畫，尤工畫龍，邊魯善畫花鳥。廉希貢、喜山、隱也都失理等人工書法。唐仁祖精通音律。閭閭僧人擅長彈二十弦箜篌，以銅絲為弦。樂工們都不會使用他的這種樂器。
第二章 亦力把裏和葉爾羌汗國
一、別失八裏--亦力把裏
高昌畏兀兒亦都護帖木兒補花在元至治年間（1321-1323），領甘肅諸軍，"仍治其部"。元泰定中（1324-1327），元泰定帝也孫鐵木兒將他調往湖北襄陽，任湖廣行省平章政事。"自此，畏兀兒之地入於察合台後王"。在1330年（元至順元年）修的《經世大典圖》和《元史·西北地附錄》中，高昌"畏兀兒地"，已經列在察合台五世孫篤來帖木兒（？-1331，都哇子，怯伯弟）轄區之內。
當時，察合台後王封地（察合台汗國）大體上包括現在天山南、北兩路和中亞阿姆河以東的所有地區。其中，西起塔拉斯河流域，北包巴爾喀什湖和準噶爾盆地，東包吐魯番盆地，南包塔裏木盆地和納倫河（錫爾河上遊）沿岸，被稱為蒙兀兒斯坦（蒙古人之地），這是察合台汗國的東部地區。天山山脈和納倫河以北是蒙古部落遊牧之地，為蒙兀兒斯坦的本部地區。天山以南塔裏木盆地主要是農業地區，由察合台汗分封給朵豁刺惕部，因其地向陽，又稱"向陽區"。中亞錫爾河和阿姆河之間的河中地區一帶，則為察合台汗國的西部地區。
察合台五世孫怯伯（？-1327）為察合台汗時，將汗國中心遷往中亞河中地區，建都那黑沙不（今烏茲別克斯坦共和國卡爾希），這引起汗國東部從事遊牧的蒙古貴族紛紛反對。大概在1321年左右，察合台汗國分裂為東、西兩個部分。西察合台汗國於1370年被帖木兒王朝所滅。
東察合台汗國即蒙兀兒斯坦，明朝因其以別失八裏（今新疆維吾爾自治區吉木薩爾縣北破城子）為首府，遂稱之為別失八裏。《明史》記載："別失八裏，西域大國也。南接於闐，北連瓦刺，西抵撒馬兒罕，東抵火州"。方位與東察合台汗國大致相符。
別失八裏的第一代君主是也先不花。第二代是禿黑魯·帖木兒。他生於1329年或下一年，於1346年至1348年間登上王位，他是第一位在今新疆地區信仰並推行伊斯蘭教的蒙古汗王。禿黑魯·帖木兒死於1362年或1363年。其幼子黑的兒火者（？-1402）於1389年（明洪武二十二年）或稍前，由朵豁刺惕部首領忽歹達擁立為別失八裏王。
從黑的兒火者開始，別失八裏與明朝進行聯係，以後雙方建立了很親密的關係。1391年（洪武二十四年）七月，黑的兒火者遣使向明朝貢馬和海青鳥。黑的兒火者死於1402年或次年，子沙迷查幹繼位。
1404年（永樂二年），沙迷查幹遣使向明朝貢玉璞和名馬。時蒙古可汗鬼力赤毒死明朝冊封的哈密忠順王安克帖木兒。沙迷查幹率軍討伐鬼力赤。明成祖朱棣嘉獎沙迷查幹的這一正義行動，贈予綵幣，令其與新任的忠順王脫脫和睦相處。1406、1407年，沙迷查幹連續向明朝進貢四次，並提出：撒馬兒罕（當時被帖木兒王朝占領）本來是察合台汗國的故地，要求派兵前去收複。明成祖派使臣三名去勸沙迷查幹：要審時度勢，量力而行，不要輕舉妄動。1408年（明永樂六年），使臣回來說沙迷查幹已死，由其弟馬哈麻繼位。明成祖又派使臣去祭奠沙迷查幹，並送禮物給新王表示祝賀。
1410年（永樂八年），馬哈麻隆重款待明朝派往撒馬兒罕的過境使者。為此，明成祖專門派使臣向他贈送禮物，表示感謝。1411年，瓦刺派使者向明朝報告：馬哈麻將襲擊他們，明成祖派使臣前往勸阻之。1414年，馬哈麻之母及弟相繼逝世。明成祖遣使前去慰問。1415年，馬哈麻逝世，由其侄納黑失隻罕繼位。明朝又派使臣去祭奠死者，並祝賀新王。1417年，納黑失隻罕要求用馬匹向明朝交換嫁女兒用的妝奩。明成祖贈送1000疋綺、帛，給其女作嫁妝。這充分表明，別失八裏和明朝之間存在著十分友好的關係。
1418年（永樂十六年），別失八裏的貢使向明朝報告：納黑失隻罕被其堂弟歪思所殺。歪思自立為汗，遷都亦力把裏（位於今新疆伊寧市境內）。從此，別失八裏"更國號曰亦力把裏"。歪思汗向西遷都，是為避開當時進入蒙兀兒斯坦東部的瓦刺人。明成祖遣使贈給歪思汗弓、刀、甲胄、文綺、綵幣等物，並賜給其下屬的朵豁刺惕部首領忽歹達等70餘人禮物。
改稱亦力把裏的東察合台汗國仍與明朝保持密切關係。1426年（明宣德元年），明宣宗朱瞻基為了獎勵歪思汗"尊事朝廷"，專門遣使賜鈔幣。1427年至1464年間，亦力把裏頻頻向明朝貢。1428年（宣德三年）歪思汗死，子也先不花繼位。這位是也先不花第二，從1436年（明正統元年）起向明朝進貢。他死於1445年（正統十年）。據《明史》記載，1465年（明成化元年）明朝規定西域諸國的朝貢期，亦力把裏是每三年或五年貢一次，使者不得超過10人。在這以後，亦力把裏朝貢的次數就稀少了。
也先不花第二之兄羽奴思在帖木兒王朝支持下，於1456年占據亦力把裏西部地區。於是亦力把裏國分裂為東西兩個部分。羽奴思汗在位後期，遊牧的蒙古貴族反對他轉向城市生活，擁立其次子速檀·阿黑麻為汗。羽奴思的西部汗國再一分為二：速檀·阿黑麻在東，羽奴思汗在西。是時，分布在今新疆南部農業地區的朵豁刺惕部也四分五裂。《明史·西域傳》描述他們為："各自割據，不相統屬"，"地大者稱國，小者止稱地麵"。
羽奴思汗死於1487年（成化二十三年）。由長子速檀·馬哈木汗繼位。馬哈木汗在1508、1509年間被布哈拉汗國的昔班尼汗殺死。
也先不花第二死後，其子篤思忒·馬黑麻汗及其孫怯伯·速檀·烏黑闌的勢力越來越衰弱。羽奴思汗的次子速檀·阿黑麻汗乘機崛起，統治了從阿克蘇以東起，直到吐魯番的東部地區，以吐魯番為首府。1503-1504年間，阿黑麻汗逝世，長子速檀·滿速兒繼位。阿黑麻汗家族先後四次攻占明朝的哈密衛（今新疆哈密市）。滿速兒汗最終占領哈密，控製了中西陸上交通的咽喉之地，壟斷貢市之利。
速檀·阿黑麻的第三子速檀·賽德於1514年占領喀什噶爾，接著又攻占葉爾羌（今新疆莎車縣）、和田等地，統治了今新疆天山南路的西部地區，與東部地區的其兄滿速兒汗處於分庭抗禮的地位。
二、葉爾羌汗國
1514年六月，速檀·賽德登上汗位，建都葉爾羌，創立葉爾羌王朝。從此察合台後裔在新疆地區的統治，由亦力把裏時期開始向葉爾羌汗國時代過渡。
1516年，賽德汗主動與其兄滿速兒汗和解。兄弟二人在阿克蘇和庫車之間的中間地點會晤。賽德向滿速兒汗稱臣。雙方和解的結果"是使兩個地麵在二十年之間完全安享太平"。賽德汗於1533年七月死在從西藏瑪峪回葉爾羌的途中。滿速兒汗死於1545年。
賽德汗死後，子拉失德繼位。再傳至阿布都克裏木汗時，將吐魯番、哈密納入葉爾羌王朝統治之下，結束了東察合台汗國東、西兩部分長期分裂的局麵。
1644年明亡以後，葉爾羌汗國向清朝朝貢。1655年（清順治十二年），葉爾羌汗國的使臣克拜向甘肅提督張勇介紹該國的情況說：上一代葉爾羌汗為阿都喇汗，已死了很久。他有九個兒子。長子是現在葉爾羌的阿布都喇汗。次子是前任吐魯番"蘇勒檀"（王）阿布勒·阿哈默特汗。其餘諸子為哈密的巴拜汗，庫車的沙汗，阿克蘇的伊思瑪業勒，和闐的伊卜喇伊木等。由於阿布都喇汗是葉爾羌汗國君主，所以1656年（順治十三年）"哈密、吐魯番入貢，其表文均由葉爾羌阿布都喇汗署名"。
葉爾羌汗國後期，陷入嚴重的教派鬥爭之中，最後甚至導致準噶爾入侵而亡國。早在阿布都克裏木汗時期（16世紀60年代至90年代初），伊斯蘭教的"和卓"一派即開始進入葉爾羌汗國。阿布都克裏木汗之子馬黑麻汗繼位以後，黑山派和卓受到汗王的大力支持，這一教派在葉爾羌汗國內迅速發展。稍後，白山派也進入該國，要求分享黑山派的權力。兩派之間的矛盾越來越尖銳，甚至發生血腥廝殺。
1670年（清康熙九年），黑山派擁立伊思瑪業勒為葉爾羌汗。伊思瑪業勒汗鎮壓白山派。白山派首領阿帕克和卓經克什米爾逃往西藏。後來他假借達賴五世介紹的名義，前往準噶爾勾結渾台吉噶爾丹。噶爾丹於1678年（康熙十七年）進軍葉爾羌，將伊思瑪業勒汗及其家族俘獲，帶回準噶爾，另立阿帕克和卓為傀儡國王。葉爾羌汗國亡。察合台後裔在新疆長達4個半世紀的統治宣告最後結束。
在亦力把裏、葉爾羌汗國中，雖然統治集團中以蒙古人為主，但是大多數人民是維吾爾人，蒙古人民隻占少數。原先屬於察合台係統的蒙古貴族和平民，經過幾百年的潛移默化，從遊牧走向定居，從畜牧業轉為農業，從說蒙古語改說維吾爾語，宗教信仰方麵改信伊斯蘭教，生產、生活、文化、風俗等各方麵都發生了很大變化。後來他們大都畏兀兒化，最終融合於維吾爾族之中。
第三章 回回民族的形成和發展
回回民族即今回族。關於回回民族的形成問題，學術界目前尚無一致看法。有的認為形成於元代，有的認為形成於明代，也有的說形成於16世紀中葉。下麵所述，即以第三說作為依據。有關回回門宦製度問題，附帶一並闡敘。
一、回回族稱和族源
"回回"一詞，原是"回紇"、"回鶻"音轉，最早見於沈括《夢溪筆談》卷五的"凱歌"詞中。據沈括自己說，其詞原是"市井鄙俚之語"（大眾語）。徐霆《黑韃事略》雲："霆考之，韃人本無字書，然今之所用則有三種......行於回回者則用回回字，鎮海主之。回回字隻有21個字母，其餘隻就偏旁上湊成......燕京市學，多教回回字。"這裏所說的"回回字"，顯然是指"回鶻字"。成書較早的《蒙韃備錄》說："今韃之始起，並無文書......其俗既樸，則有回鶻為鄰，每於西河博易販賣於其國。迄今於文書中，自用於他國者，皆用回鶻字。"可見"回鶻"、"回回"，原是一名異譯。
但在《黑韃事略》中，"回回"一詞，有時也被用以泛指西域各國："霆在草地，見其頭目民戶，車載輜重，及老小畜產，盡室而行，數日不絕......問之則雲，此皆韃人調往征回回國......回回諸種，盡已臣服。"所述明指窩闊台時遣兵征中亞各國事。徐霆之所以將西域各國均稱為"回回"，顯然是認為他們都是"回鶻"引起的。但隨著蒙古國統治範圍的擴大，與中亞各國人民往來的頻繁，"回回"一詞的含義不久又有所變化。在蒙古國的官方文書或詔令中，一般都以其指信仰伊斯蘭教的中亞各族人，而將"回鶻"稱之為"畏兀兒"或"委兀兒"。例如1265年（元至元二年），忽必烈在一份詔諭中就說："今擬黃河以南，自潼關以東，直至蘄縣地麵內百姓、僧、道、秀才、也裏可溫、答失蠻、畏吾兒、回回......應據官中無身役人等，並不得騎坐馬匹。"又如元《至順鎮江誌》在載述其地僑居戶時說："蒙古二十九（戶），畏兀兒十四（戶），回回五十九戶，漢人三千六百七十一（戶）。"這裏所說的"回回"與"回鶻"顯然已不相幹。按當時使用情況看，其涵義已與"穆斯林"大致相當，主要是指來自中亞的各國人。
14世紀中葉，明代元而興，"回回"一詞的使用，基本上仍因襲於元。《明史·哈密傳》引馬文升奏疏中就有："哈密故有回回、畏兀兒、哈刺灰三種，北山又有小列禿、乜克力相侵逼......"許進《平番始末》："哈密之人凡三種：曰回回、曰畏兀兒、曰哈刺灰，皆務耕織。"均可為證。但又派生出"漢回"一稱，主要是指長期生活於內地的回回人。例如嚴嵩《議處甘肅夷貢疏》："緣漢回通事，實本非我族類......今後如遇回夷入貢，伴送通事，亦用中國精通回語之人，不得差委漢回，致生奸弊。"
在清代，由於存在以伊斯蘭教作為劃分民族的傾向，故又常將"回回"和維吾爾人俱稱為"回"。但為了區別，有時也稱"回回"為"漢回。或"熟回"，稱維吾爾族人為"纏回"或"生回"。因其中夾雜著民族歧視因素，故現代廣大回族人民仍依元明時習慣，自稱為"回回"。
關於回回民族來源，向有不同說法：一認為主要來源於唐代回紇，一認為來源於漢族，一認為來源於突厥與東來的波斯、阿拉伯、阿富汗人的混合體，一認為來源於東遷的波斯、阿拉伯及13世紀時信仰伊斯蘭教的中亞各國人。根據現有史料，回回民族的先世最早可以追溯至唐、宋時期到中國經商的波斯和阿拉伯商人。
眾所周知，自618年唐高祖李淵建立唐朝後，中國封建社會便實現了空前統一，政治、經濟、文化都得到了高度的發展。唐代都城長安及東南沿海各通商口岸廣州、揚州、泉州等地，商業都十分繁榮。世界各國商人，紛紛前來貿易。有的沿著絲綢之路，負笈駝載，直趨長安。有的泛舟大海，乘風破浪，往返於廣州和泉州等地。唐政府在各通商口岸設"市舶司"，委任"市舶使"，以管理進出口商務，並準許前來貿易的商人，寄居於"海濱灣泊之地，築石聯城，以長子孫"，時謂之"番客"，稱其居地為"番坊"、"番巷"或"番市"。
住在"番坊"內的商人，雖然世界各國都有，但人數最多的還是波斯和阿拉伯等地的穆斯林商人。唐朝為尊重其民族習慣和宗教信仰，並使其自己管理自己，曾任命番坊中最有德望的人為"都番長"，以處理其內部事務，還允其於聚居區內建禮拜寺以從事宗教活動。宋朱彧《萍州可談》雲："廣州番坊，海外諸國人所居住。置番長一人，管勾番坊公事，專切招邀番商。"9世紀中期到過廣州的阿拉伯商人蘇萊曼在其《遊記》中說："中國商埠為阿拉伯人麇集者曰康府。其處有回教牧師一人，教堂一所"。"各地回教商賈既多聚廣府（廣州），中國皇帝因任命回教判官一人，依回教風俗，治理回民。判官每星期必有數日專與回民共同祈禱，朗讀先聖戒訓......一切皆能依《可蘭經》（《古蘭經》）、聖訓及回教習慣行事"。這些寄籍"番商"，有的後來長期寄居於中國，娶妻生子，並接受漢族文化影響，改用漢族姓名，習儒書，以適應其生活的環境。有的仕宦於當朝，如848年（唐宣宗大中二年）以進士顯名的李彥升，據說就是原居住於廣州的阿拉伯商人。五代時又有頗具詩名的李珣兄妹，祖先也是移居於四川的波斯商人。878年（唐乾符五年）黃巢起義軍攻破廣州時，據載住在廣州的伊斯蘭教徒、基督教徒、猶太人等，前後被殺者有12萬人。數字或不免誇大，但其中穆斯林商人占多數似可肯定。
宋太祖趙匡胤建立宋朝後，政治、經濟雖遠不如唐代興盛，但因繼續實施對外開放政策，經海路到廣州、泉州、明州（寧波）、杭州等地貿易定居的波斯、阿拉伯等國商人，比唐代還多。他們從事象牙、犀角、珍珠、香料等的運輸和販賣，大都獲利甚豐，成為各地的巨富。《泉州府誌》載當時："胡賈航海踵至，其富者資巨萬，列居城南。"如巨商蒲壽庚家族，據說就是先居廣州後移居泉州的。《廣東通誌》亦雲："海舶賈蕃，以珠犀為之貨，叢委於地，號稱富庶。"為了攫取巨大利潤，有的人甚至千方百計請求到內地州郡經營。部分穆斯林手工業者、宗教職業者等也相繼前來定居，從而使前來寄居的穆斯林不斷增加，並逐漸出現"土生番客"及"五世番客"諸名目。
除商人和宗教職業者外，還有部分來自阿拉伯的士兵。據記載，755年（唐天寶十四年），安祿山反唐，唐政府派兵鎮壓，並請大食出兵援助。757年（唐至德二年），大食阿拔斯朝哈裏發遣兵參加平叛。平定後，這支部隊並未被遣回，而是滯居於沙苑（今陝西省大荔縣南洛、渭二河間），後遂發展為沙苑回民的一部分。《中國伊斯蘭教派與門宦製度史略》一書說，清代西北地區穆夫提門宦創始人馬守貞，祖先就是唐時受命參加平叛而落籍於陝西的。
以上所述諸人，在整個回回民族來源中所占比例並不大，其最主要來源還是13世紀初年以後，自中亞等地陸續遷入的各地回回人。
中亞回回人東漸，是成吉思汗及其子孫西征中亞引起的結果。從現有記載看，蒙古軍在前後數次遠征中，至少曾擄掠了十數萬人解送回中國。例如1221年春，蒙古軍在攻破撒麻耳幹（撒馬爾罕）時，成吉思汗便將其工匠3萬人分給諸子和族人送回；又從被俘的青壯年中，選擇同樣數量的人簽發為軍。不久，在奪取花刺子模都城玉龍傑赤（今中亞土庫曼境內烏爾根奇）時，又將其婦女和孩子俘為奴隸，將10萬左右工匠遣送中國北方。1223年窩闊台率軍進攻哥疾寧，當城他被攻克後，蒙古軍隊除對該城進行洗劫外，又將"工匠"、"手藝人"解送回國。此後，拔都、綽兒馬罕、旭烈兀等西征，又陸續有部分人被發遣東遷，加上部分自願投降蒙古軍的人，其數字顯然不在少數。
成吉思汗國以前，居住於蒙古地區的回回商人就不少，例如劄八兒火者、馬哈木·牙刺瓦赤、阿裏火者、哈散哈隻等，就是其中的著名者。1217年奉成吉思汗命令前往花刺子模貿易商團450人就全是回回人。隨著蒙古貴族勢力的擴大，中亞各地穆斯林商人自願東徙的也很多。他們或從事從中亞至蒙古地區的長途販運，或充當蒙古統治階級的"斡脫戶"（官商戶）為各級王公貴族放高利貸。這些人在東遷的回回人中也占有一定比例。
以上諸項回回，是爾後形成回回民族的重要基礎。
誠然，漢、維吾爾、蒙古等各族成員，也是構成回回民族的重要成分之一，但無論如何，他們都不是回回民族的主要來源（詳見下文）。
二、回回民族的初步形成
回回民族是外來的民族成分，與中國國內民族成分相互融合的產物，也是中亞伊斯蘭教文化同中國漢文化相互交彙的產物。它的形成，大約經曆了200年多年左右的時間。
13世紀時移居中國的西域各國"回回"人，他們原來並不都是同一個民族。他們之中，既有波斯和阿拉伯人，也有阿兒渾、哈刺魯等突厥語族諸人。除共同信仰伊斯蘭教外，他們相互之間並沒有多少共同之處，因此在中國最初隻能算是一個穆斯林的集合體。因當時蒙古族在中國是一個人數不多的民族，原有的文化又較落後，故"回回"人一到中國，立刻受到蒙古統治階級的信賴與重用，有些人被吸收到蒙古國家的各級政權機構中供職，有些人又受派效力於官營手工業作坊，有的則受命隨從蒙古軍囚出征戰。於是，隨著蒙古統一中國的實現，他們便逐漸流散於全國各地，或繼續從事手工業生產；或被改為"編民"從事農業耕作；或一麵屯田，一麵擔任衛戍任務，過著"屯駐牧養"的生活。從有關記載中可以看出，今甘肅北部、包括甘肅張掖一帶及河南、山東、陝西、雲南等地，都是當年回回人從事屯墾的重要區域。《元史》載，"世祖之時，海宇混一......命宗王將兵鎮邊徼襟喉之地，而河洛、山東據天下腹心，則以蒙古、探馬赤軍列大府以屯之......"所謂"探馬赤軍"，其中也應包括回回人在內。而原居住於中國北方的回回商人，也在不斷走向全國。許有壬雲："我元始征西北諸國，而西域最先內附，故其......大賈擅水陸利，天下各城巨邑，必居其津要，專其膏腴。"
元代，回回人的政治地位，一般都比漢族人優越，故回回人在全國各地做官的很多。其中任職中書省的，世祖朝有媽媽、賽典赤·贍思丁、阿合馬、阿裏、阿裏伯（別）、麥術丁、別都魯丁、賽典赤（伯顏）；成宗朝有賽典赤（伯顏）、伯顏察兒、麥術丁、阿裏、阿（合）散、阿老瓦丁、木八刺沙、忽都不丁、迷兒火者；武宗朝有怯裏木丁、法忽魯丁、阿裏、兀（烏）伯都刺、忽都不丁；泰定帝朝有倒刺沙、烏（兀）伯都刺、伯顏察兒；順帝朝有買術丁、馬某火者、陝西丁。供職於行中書省者，前後有66人，嶺北、遼陽、河南、陝西、雲南、四川、湖廣、江浙等各省，都有其廣泛分布。若再加上在各路、府、縣等供職的人，數量就更為可觀了。通常一個回回人做官，都有一大批回回百姓跟隨，也促進了回回向各地的移民。
由於回回遍布全國，故元政府為加強對回回人的管理，從中央到地方都設有"回回令史"、"回回掾史"以及"回回書寫"等官員，以協助各地官署處理回回人事務。此外，還設置"回回司天監"、"回回藥物院"、"回回炮手軍匠萬戶府"、"回回水軍萬戶府"、"回回國子監學"等機構。在這些機構中任職的回回官員數量也很多。
《明史·西域傳》載："元時回回遍天下。"周密《癸辛雜識》雲："今回回皆以中原為家。"元代到過中國的北非穆斯林旅行家伊本·白圖泰說："中國各城市都有專供穆斯林居住的地區，區內有供舉行聚禮等用的清真大寺。""穆斯林商人來到中國任何城市，可自願地寄宿在定居的某一穆斯林商人家裏或旅館裏"。
回回人隨著全國統一的實現而出現大分散、小聚居局麵。例如河西地區，包括今寧夏、張掖、酒泉一帶，回回人就很密集。因為這裏在元代既是重要的鎮戍、屯田區域、又是從西域進入中原地區的交通要道，故落籍的回回人便越來越多。忽必烈時雖曾下令簽發過這一帶的"回回軍"，但終元一代並未見減少。元代著名政治家賽典·贍思丁長子納速刺丁晚年任陝西行省平章政事，其子孫就有分別落籍寧夏和陝西的。雲南昆明、大理一帶，也是回回人分布較集中的重要區域。他們大都是蒙哥至忽必烈統治時移入的。及賽典赤·贍思丁供職雲南後，又不斷增多，後遂蔚為大族。此外，今河南、河北、山東等地，也有較集中的分布。
散居在各地的回回人，因信仰伊斯蘭教關係，他們往往自成村落，聚居於禮拜寺附近，形成大量的回回村、回回營、回回屯。在城市中，則逐步出現回回人居住的街區。從而使人口分布形成"大分散、小集中"的格局。各地回回人正是依靠著這樣的格局維持著彼此間的聯係。他們實際上仍然有"共同地域"。有些人否認回回人擁有"共同地域"，這是不符合曆史事實的。
由於回回人長期生活在一個統一的多民族國家中，又都共同信仰伊斯蘭教，隨著歲月的推移，往來更加密切，政治、經濟、文化交往也不斷得到加強，並逐步產生共同的利害關係，形成共同的心理素質。所謂"天下回回是一家"，"回回見麵三分親"，回回"行責居送，千裏不持糧"的說法，就是這種心理狀態在當時曆史條件下的反映。回回人對阿拉伯文化、波斯文化的興趣，與此也有一定聯係。
回回人初到中國，他們大都講阿拉伯語或波斯語，基本上還保持著原來國家固有的文化傳統。名字大都仍由帶有阿拉伯語或波斯語的音譯，如馬哈木·牙老瓦赤、紮馬刺丁、賽典赤贍思丁、馬合木、阿裏、伊思馬因等等，都是很好的例證。但由於居住分散，大多數人長期與漢族人民雜居共處，久而久之，其後裔便逐漸學會漢語，並"舍弓馬而誦詩書"，接受漢族儒家思想，提倡講求儒家經典，尊崇忠孝仁愛等倫理觀念，喜愛漢族的詩、詞、賦、曲。例如著名學者贍思，自幼"從儒先生問學"，"日記古經傳至千言"。及至20歲時，又就學於翰林學士承旨王思廉門下，後竟成為一位"博極群籍"的儒家碩學。又如薩都刺、薛超吾（馬九皋）、伯篤魯丁、丁野夫、丁鶴年等人，不僅精通漢族語言，且皆以詩名世。買閭和哲馬魯丁，還以力資兼善學，分別成為嘉興和鎮江路儒學教授。哈刺魯人伯顏，亦以精通儒家經典而成為當時名士。由於漢文化的熏陶，有的還改用漢姓名，按漢族習慣為自己取"字"；有的在使用原來名字的同時，又取一個漢姓。如哈隻哈心子凱霖，改漢姓"荀"，取字"和叔"；薛超吾，改漢姓"馬"，取字"昂夫"、號九皋；伯篤魯丁，改漢姓"魯"，取字"至道"；薩都刺，字"天賜"；買閭，字"兼善"；贍思，字"得之"；哲馬魯丁，字"師魯"；別裏沙，字"彥誠"。類似的例子很多，不勝枚舉。在他們看來，"居中夏聲名文物之區"，"衣被乎書詩，服行乎禮義，而氏名猶從乎舊"，實於理不合，應隨時變通自己的習俗，才能更好地與廣大漢族人民相處。誠如一位仕元官員凱霖所說，"居是土也，服食是土也，是土之人與居也，予非樂於異吾俗而求合於是也，居是而有見也，亦惟擇其是而從焉"。正說明了回回人在與廣大漢族人民的共同生活中，已在逐步中國化。王禮《麟原集》也說："西域之仕於中朝，學於南夏，樂江湖而忘鄉國者眾矣。歲久家成，日暮途遠，尚何屑屑首丘乎？"
明朝初年，明太祖朱元璋因蒙古統治階級過去曾歧視壓迫漢族人民，欲反其道而行，下令"禁胡服、胡語、胡姓名"。還規定不許自相嫁娶。詔令頒行後，立刻在全國各地掀起一場"更易姓氏"的風潮，持續二年，許多蒙古、色目仕人都紛紛要求更改姓名。後明太祖發覺這樣做對監視蒙古人和色目人的行動不利，又下令禁"更易姓氏"，並表示，"蒙古諸色人等，皆吾赤子，果有材能，一體擢用"。但更易姓氏之風非但不能遏止，反而有所擴大和發展。朱元璋宣布"禁胡服、胡語、胡姓名"的目的是為了推行民族壓迫政策，但由於在客觀上與廣大回回人對漢文化的追求相一致，因而後雖一再下令禁"更易姓氏"，卻出現有禁而不能止的怪現象。正由於這樣，爾後漢語也逐漸變成回回民族的共同語言。明末王岱輿等以漢文闡述伊斯蘭教教理，實際上就是為了適應廣大回回群眾使用漢語文的客觀要求。
不過，回回人雖以漢語作為共同語言，但在其日常用語中，仍不時夾雜著某些阿拉伯、波斯語彙的習慣用語。
回回民族的主要成分，最初雖然大多數都是外來成分，但在其形成過程中，也曾吸收了大量的漢族成分。
回回對漢族成分的吸收，主要反映在通婚上。通婚形式，從有關記述看，大多數是回男娶漢女。這一婚姻形式，早在唐、宋時期就已產生。
13世紀初年，回回人大批湧入中國時，因多數人都是被簽發東來的"回回軍"或"回回工匠"，故當其在中國定居後，便通過娶漢女為妻的辦法，將她們吸收進回回民族中。例如哈隻哈心妻荀氏、阿散妻張氏、勘馬刺丁妻蔣氏、周氏、龍氏，職馬祿丁妻馮氏，買奴妻陸氏、王氏等等，均是其例。
漢男娶回女而被吸收入回回民族的也不少。例如泉州《林李宗譜》載："元氏失馭，而色目人據閩者，唯我泉州為最熾......今雖入編戶，然其間有真色目人者，有偽色目人者，有從妻為色目人者，有從母為色目者。"所說的"色目"，實際上就是指"回回"。而所謂"偽色目人"，顯然即是指信奉伊斯蘭教的漢族人；"從妻為色目人者"，是指原是漢人，後隨妻子成為"回回"；"從母為色目者"，亦是指原是漢人，後隨母成為"回回"。據說明代著名思想家李贄二世祖林駑，就是因為"娶色目女"而習其俗成為回回的。另據雲南蒙自縣沙甸村口碑資料，該村林姓原是福建漢族人，後因隨賽典赤·贍思丁撫滇，獲寵信，受妻以女，遂改奉伊斯蘭教，成為其族屬成員。
又據《循化誌》，在西北地區，還有回民乏嗣抱養漢民為子，或漢民貪財"叛漢歸回"的。泉州《郭氏族譜》也有談及漢族人皈依伊斯蘭教而被吸收入回族之事。"迨元之時，於回免其差擾，泉之回尤盛，世人因多從回。或好兩（西）國之教，或托是以避亂，故先人之適回大抵有取矣"。
除吸收漢族外，也吸收維吾爾和蒙古等各族成員。
維吾爾族原信奉摩尼教和佛教。11-13世紀期間，又相繼改奉伊斯蘭教。元世祖忽必烈統一中國時，由於配合蒙古軍作戰，或受遣到內地當官，或奉派往戰略要地屯守，而落籍內地的人很多。這些人後來實際上大多數也成了回回。例如1285年（元至元二十二年），高昌王雪雪的斤率領維吾爾兵幹名駐鎮雲南，這部分後便成為雲南回回的一部分。又如1436年（明正統元年）和1438年（正統三年），明政府先後兩次將居於甘州和涼州的"寄居回回"，遷往江浙一帶，這些人原先也是維吾爾胰，爾後便融合於江浙地區的回回人中。
回回人吸收蒙古族成分，主要和蒙古人改奉伊斯蘭教有關。例如元成宗鐵木耳在位時，蒙古的王公、貴族及軍隊，就有為數頗多的人皈依伊斯蘭教。其中最典型的就是宗王阿難答及其部屬。據載，阿難答不僅自己篤信伊斯蘭教，遵循其一切戒律，並使依附他的15萬蒙古士兵也成為穆斯林教徒。他的兒子月魯一帖木兒為了表示對教法的忠誠，還在自己的營地上建立清真寺，經常念誦《古蘭經》，沉湎於祈禱。這些人後來也大部分融合於回回民族中。據說在今阿拉善及青海湟源等地，至今仍有虔信伊斯蘭教的蒙古人。
10-12世紀時居住於開封地區的猶太人，15世紀初年移居於山東德州的菲律賓人以及原居於青海化隆卡力崗一帶的藏民，後也相繼被吸收入回回民族之中。
通過以上事實，可以清楚看出，回回民族既不是"外來回回人"的綜合體，也不是國內任何一個民族的"分支"，而是外來回回人，融合國內漢、維、蒙等多種民族成分而逐漸形成的新的民族共同體。
三、回回民族的發展
隨著中國封建社會的向前推進，回回民族形成後，不久便走上了發展的道路。回回民族的發展，大約始於16世紀以後，主要反映在以下幾個重要方麵。
（一）人口大幅度增加，分布範圍進一步擴大，"大分散、小集中"的特征比從前表現得更加明顯。
回回民族由於吸收了大量的漢、維、蒙等各族成分，促使其人口數在16世紀後期有了明顯增長。在甘肅、雲南等回回人重要聚居區內，不僅原有的回回村屯人口較之從前更加密集，而且還出現許多新的回回村屯。例如在河西肅州、隴右的狄道、河州、鞏昌、隴南徽城、鹽道、蓮花、張家川，隴東的平（涼）固（原）以及西寧、靈州和金城（蘭州）等地，就相繼湧現出許多擁有萬戶以上的居民點，井逐步將聚居區擴展至洮州（今甘肅省臨潭縣）和河州（今甘肅省臨夏市）等地，幾及甘肅全境。《河湟諸役紀要》雲："迄明末清初，西起瓜（今甘肅省敦煌）、沙（今甘肅省安西一帶），東至環慶（今甘肅省慶陽）、北抵銀、夏，南及洮、岷，所謂甘回及東甘回之蹤跡，已無處無之。"在雲南，則由昆明：大理、保山、騰越一帶，擴充至楚雄、巍山、開遠、蒙自、曲溪、嵩明、尋甸、沾益、曲靖等地。雲南《蒙化誌槁》："回族，其先阿刺伯人。元初從世祖取雲南，遂占籍。及明洪武中，傅友德、沐英平蒙化，隨征而來者留屯田。厥後曆年既久，種族蕃盛。"
17世紀以後，由於清朝統治階級實行民族歧視和民族壓迫政策，人口發展雖一度受到影響，但截至19世紀中葉，大體上仍處於上升階段。
1747年（清乾隆十二年），陝甘總督張廣泅在敘及甘肅回族情況時說："甘省回民尤繁，河州聚處尤眾。"1781年（乾隆四十六年），陝西巡撫畢沅也指出："查陝省所屬地方，回回居住者較他省尤多，而西安府城及本屬之長安、渭南、臨潼、高陵、鹹陽及同州府屬之大荔、華州，漢中所屬之南鄭等州縣回民，多聚堡而居，人口更為稠密。西安省城內回民不下數千家......回民大半耕種、畜牧暨貿易經營......"清同治以前，寧夏靈州一帶，有回民村屯400餘處，固原城區回回人居半數以上；陝西渭河兩岸，甘肅自天水、秦安、通渭、臨洮、臨夏、張掖、酒泉，以至青海西寧、大通等地，到處盡是回回莊、回回屯。在雲南，自18世紀中葉後，又將居住點擴展至昭通、會澤諸地。北京、南京、天津、滄州、通州、武昌等城市，也有大量回民苔革，並在運河兩岸和長江中、下遊形成聚居區。
隨著人口的迅速增長，各地還普遍建立了清真寺。清真寺的建置，大大增進了回回民族內部的凝聚力；另一方麵，卻又為教坊製度的發展提供了條件。
（二）門宦製度的形成
回回人在進入中國時，原就包含著不同階層的成員。大多數的回回士兵、軍匠、工匠，他們都是被壓迫、被剝削階級，而在元朝政府中享有高官厚祿的各級官吏以及富商們，則是壓迫和剝削人民的統治階級。但因其時還沒有形成民族，故它仍然不能構成民族內部的階級差別。隨著封建經濟在全國範圍內的發展，回回民族內部凝聚力的加強，以及回回士兵和工匠向農民和手工業者的轉化，民族內部的經濟聯係也不斷加強，並逐步出現地主與佃農、富商和奴仆的分別。因地主階級和富商，大都擁有大量土地和財富，有較高的社會地位，而廣大回回農民則很少、甚至沒有土地，於是，地主富豪們便憑借自己的財富和權力，逐步操縱教權，或與宗教上層相結合，發展成為清真寺的"學董"和"鄉老"。有的甚至自己出資建寺，希望世代把持"學董"職位。清真寺組織的演變和權力的轉移，結果導致了"門宦製度"的產生。
"門宦"兩字，目前學術界一般認為其來源於漢族的"宦門"、"門閥"一詞。它不是門宦家們的自稱，而是他稱。最早見於1897年（光緒二十三年）三月河州知州楊增新的《呈請裁革回教門宦》一文。它是伊斯蘭教神秘主義與中國封建地主和儒家思想相結合而逐漸形成的教主兼地主的特殊製度。其特點是神化和崇拜教主，鼓吹教主是引領教徒進入天堂的人，促使教下絕對服從；信仰拱北，即在教主墳地建立亭屋，號召教下上墳念經，加以崇拜；教主隻能以始傳者的子孫世襲，別人無權繼承；門宦管轄清真寺，各清真寺的教長，由教主委任和管轄，教主與教長之間，屬於隸屬關係。各門宦之間彼此不相統屬，互相排斥。是更集中更擴大的教坊，是以農業為主協封建經濟發展到一定時期的產物，是高度集中的教主神權，也是回回民族內部階級進一步分化的具體體現。