但是，對於摩根家族來說，這次大戰不同於第一次世界大戰。由於連續的政府聽證會和對其在第一次世界大戰中發戰爭橫財的指責，J.P.摩根公司向英、法、美政府表示，它將不再從事它在第一次世界大戰時為盟國采購軍需和籌措資金的生意。
而傑克也進入老年了，他常常受到一些疾病的困擾。他開始考慮自己的後事，特別是財產的處理，他的祖先一踏上美洲的土地，就很明智地處理他們的財產，既解決自己後代的生存問題，又不違反國家的有關法律，當然也巧妙地避免了繳納更多的遺產稅。現在，在傑克的晚年，美國的遺產稅稅率非常高。1938年，對5000萬元的遺產稅的征稅額達2800萬美元，幾乎是原值的一半。到1944年稅率更高。
為此，傑克開始清理不動產，以便可以隨時變賣。其實，傑克本人對金錢有著自己特別的認識。有一次，他和老搭檔拉蒙特談起這個問題。
拉蒙特苦笑地說：“金錢是萬惡之源啊。”
傑克挺愉快地回答：“不，湯姆，金錢本身並不壞。我認為，對金錢的熱愛才是萬惡之源。”
是的，金錢並不是什麼壞東西。至少它是一種交換的媒介，假如沒有金錢，人們將怎樣進行經濟領域的活動呢？更重要的是，金錢可以做壞事，也可以做好事，關鍵在於用之有道，金錢除了滿足基本生活花費外，還可用於慈善等事業。洛克菲勒家族，通過贈給金錢，給成千上萬的人帶來了幸福。傑克的父親也曾經做過大量的慈善捐贈，傑克自己不是也一直在關注公益的事情嗎？
1940年7月16日，希特勒發出了關於製訂對英國實施登陸戰役的第16號指令，代號為“海獅計劃”，希特勒叫嚷著要“清除英國本土對德作戰的基地，並且在必要時，全部予以占領”。英國是老牌海軍強國，德國不是對手，但德國的空軍力量不論在質、還是量的方麵都勝過英國，因此，德國計劃對英國發動空中“閃電戰”，以消滅英國空軍，奪取製空權，把英國海軍趕出英吉利海峽，為入侵英國掃清道路。
從1940年8月9日開始，德國每天出動數百架次甚至上千架次飛機，對英吉利海峽的英國護航隊和英國的重要城市、港口、鐵路、橋梁、機場及其他軍事設施進行猛烈轟炸。從13日開始，空中襲擊的規模進一步升級。
僅在空襲的頭三個月裏，德國就投下10000多噸炸彈，炸死居民12600多人，受傷和無家可歸者不計其數。
作為英國的首都倫敦更是遭到法西斯德國的殘酷空襲。當驚恐萬狀的孩子們被從倫敦疏散出來時，摩根公司義不容辭地承擔了責任。
傑克拖著老邁而疲弱的身軀，親自到碼頭迎接那些英國孩子，他把這大約四百名“戰爭客人”接到自己在長島的別墅安頓下來，讓孩子們在和平環境下生存下來，並得到很好的照顧。
第二次世界大戰期間。J.P.摩根公司還從事過很多類似的救助項目，幫助過不少處於戰爭中無助的人們，為此英國政府給予特別嘉獎。
當英國遭到法西斯最猛烈的轟擊的時候，傑克從來也沒有對英國失去信心，1940年6月14日，德軍兵不血刃就占領了法國首都巴黎。6月20日，歐洲陸軍強國法國宣布投降德國。當法國宣布投降時，一個英國朋友在華爾街對傑克說，他擔心下一個投降的將是英國，傑克情緒激動地從椅子上站起來說：“親愛的朋友，你一刻也用不著灰心。
我告訴你，英國永遠也不會投降，永遠不會投降，不會！不會！永遠不會！”懷著對英國的熱愛，他在戰時盡自己最大的努力幫助這個飽受戰爭摧殘的國家的人們。
晚年的時候，傑克同羅斯福總統的關係也有了緩和。羅斯福總統一上台就製定了一係列反壟斷的法律，矛頭直接對準了摩根這樣的大壟斷公司，傑克對羅斯福總統也懷著一些怨氣。隨著時間的推移，很多事情已經過去了，傑克也意識到他一個人不可能阻止國家行為，他隻有接受，並且努力遵守國家法律。