盡管我國畜牧業仍處於快速增長期，但在現實中，我國的現代畜牧業發展正陷入戰略困境。這種困境主要體現在以下四個方麵：
（一）品種選擇困境
改革開放以來，我國廣泛引進國外蛋雞、肉雞、生豬、奶牛等優良畜禽品種，現在這些品種已經成為我國畜牧產業主流種類，在提高中國畜產品數量水平方麵的確貢獻很大。然而，這些品種資源已經由國際為數極少的跨國公司所高度控製，由於多種原因，在引進這些品種的同時也給中國帶來了許多新型疫病，使中國畜牧業防疫體係更多地依賴於國外動物保健技術支持。與此同時，我國特有的畜禽品種資源保護與開發水平大大落後於中國畜牧業快速發展需求，畜牧科技體製依然未擺脫計劃體製束縛，使我國利用畜禽多樣化、差異化形成畜牧業戰略競爭優勢難以實施。
（二）微觀組織成長困境
以規模化鮮活品為主的現代畜牧業與以穀物為主的傳統農業相比，有許多層麵的本質區別。從生物生態學來看，現代畜牧業要求必須遠離人群，集中實施防疫等生物安全措施，同時必須與種植業、食品物流產業有機配合；從經營管理學來看，現代畜牧業要達到勞動生產率與資本效率的有機均衡，因此，現代畜牧產業活動的複雜性遠遠超過傳統種植業，可是，我國人多地少，畜牧業勞動者總體素質不高，農民家庭資金積累不多，若以畜產品消費者需求、動物福利、有機養殖等現代畜牧業要求來看，目前以農民家庭庭院養殖、部分地區養殖小區型微觀組織，是難以支持我國畜牧業持續增長和競爭的，農村以外的人員與組織若要投入現代畜牧產業，經常會遇到正式注冊、養殖業用地、融資、加入合作組織、環保協調等持續經營障礙，我國畜牧業微觀經營組織總體仍處於無序成長階段。而在發達國家，畜牧業在產業內大型公司的激烈競爭下已可以實現相對均衡生產和穩定供應市場。
（三）宏觀指導困境
自從中央提出建設社會主義新農村這一戰略方針以來，許多地方政府紛紛提出了自己的支持性配套政策，其中現代畜牧業幾乎是每一個地區的發展重點，這些政策大多從資源的角度、招商引資的角度設計了發展畜牧業的鼓勵方向，但是，現代畜牧業是高度市場化、高度專業化、高度協作化的產業，以短缺經濟時代的生產者優先理念設計的政策，是難以有效指導市場經濟時代的畜牧產業發展的。由於缺乏明確的、科學的、合理分工的區域畜牧業發展規劃，這就使真正有實力和意願的投資者無所適從，延緩了中國畜牧產業快速轉型和升級進程，也失去了產業規劃的應有意義。
（四）公共服務能力的困境
毋庸置疑，當前我國已形成相對完整的畜牧業管理體製，但也必須承認，與現代畜牧產業的要求相比較，畜牧產業的公共服務能力還不夠強。尤其是在中西廣大農村地區，由於縣鄉政府財力有限，加上鄉鎮綜合配套改革，原來許多麵向畜牧業服務的基層畜牧獸醫技術服務中心（站）等，機構遭到撤並，人員技術知識老化，年輕後續人員、儀器設備嚴重匱乏，日常必需辦公經費難以保障，無法為變化快速的養殖業提供令人滿意的畜牧公共服務。同時，一批有實力提供相應畜牧公共服務能力的畜牧行業內企業的有關設備、設施能力閑置，使得畜禽疫情的預防、及時發現、隔離、控製、滅除等難以真正統一行動，畜禽產品的質量追蹤工作難以真正落實，也說明了現有畜牧業公共服務體製亟須創新。