通過火車，便可以進出矩陣。
在這裏，尼奧遇見了一對夫妻和他們的女兒。他們三個，都是程序。
而且，父親十分愛自己的女兒。
聽到一個程序說“愛”這個字，不僅是尼奧愣了片刻，連觀眾都是十分不解。
機器，也懂愛？
“這是人類的情感。”尼奧解釋道。
“不，這隻是一個詞。”父親搖搖頭，“重要的是這個詞所蘊含的聯係。看得出來，你也愛著別人。能告訴我為了維持那種聯係，你願意付出什麼嗎？”
“一切！”尼奧毫不猶豫地回道。
“我也是。”父親笑道。
這話一出，許多觀眾都是麵色一滯。
一個程序，為了自己和女兒之間的愛，可以付出一切？
愛...愛.....一個程序也懂得愛了嗎....
“愛不是情感，僅僅隻是一個詞？重要的是和愛人之間的聯係？”
“這話從一個程序嘴裏說出來，太難以置信了。”
“愛的確隻是一個詞而已，我們經常提及，但....也隻是說說而已，做到....太難。不是每個人能為了愛而付出一切的。”
“話說，我竟然不如一個程序？”
“不對啊，總感覺這段話和電影的主題有聯係。”
.......
之後，墨菲斯和安妮找到法國人，從他手裏把尼奧帶回了現實世界。
到了現在，黑客帝國全篇故事已經進入白熱化階段了。
雨果扮演的史密斯幾乎把矩陣內所有人都複製成了自己，其中，還包括了先知。並且，史密斯還通過占據先知的身體，獲得了她預知未來的能力。
當然，這並不是說所有人就死亡了，隻不過就像給成一個程序弄一個外殼一樣，現在史密斯就是那個外殼。
現在，史密斯幾乎成為了終極大BOSS，在矩陣內擁有了毀天滅地的能力。
並且，一旦矩陣被他攻破，他還能借此入侵到現實世界中，到時候，整個機器人王國都將被他侵占。
人類，也將被他摧毀地連渣渣都不剩。
這些是矩陣內，而矩陣外的真實世界中，機器人大軍履行著自己第六次摧毀錫安的職責，已經攻打到了錫安的大門口。
人類的飛船，戰鬥機甲軍隊，也都嚴陣以待。
大戰，一觸即發。
而此刻的主角卻是在飛船內遇到了麻煩.....
第二部中史密斯留下的後手起了作用，他通過入侵覺醒者來到了現實世界，並且出其不意偷襲了主角。
雖然尼奧最後滅掉了史密斯這個分身，但自己的眼睛也瞎了。
被一根拳頭粗的電線把眼珠給燒焦了。
不過，尼奧雖然看不清具象化的事物，但是能看清楚電子數據化的事物。
在他的視野裏，一切的電子機械的脈絡都發著光芒，清晰無比地呈現著。
這時候，那些曾經猜測現實世界也隻是矩陣一部分的觀眾都捏緊了拳頭。
“尼奧沒了雙眼也能看到機械的脈絡，這尼瑪？”
“難道，尼奧依然還活在夢中嗎？”
“上帝啊，太不可思議了。”
“雙眼失明，絲毫不影響我追捕敵人，因為我能聞到他們身上的臭味。尼奧這算什麼，能看到機械的脈絡？”
.......
之後，機器人大軍終於來到錫安，和人類大軍展開了戰鬥。
不過，幾十萬的哨兵啊，人類能戰鬥的戰士都沒這麼多。
所以，即便特效再好，戰鬥再激烈，觀眾們的心思也沒放在這兒。
因為這是機器人早就謀劃好的第六次毀滅啊，因為這是一場壓倒性的戰鬥，人類壓根兒就打不過啊。
觀眾們的心思，全都係在了尼奧的身上。無論好或壞，現在隻有他才能拯救世界了。
鏡頭一轉，來到了尼奧的身上。
此時的他決定回到機器世界的源頭，同機器人做一個交易。
因為史密斯的崛起，不僅威脅到了矩陣，也威脅到了現實世界的機器人。但是，除了尼奧之外，沒有人能夠解決他。
到了現在，尼奧終於明白了自己的使命是什麼了.......
一番艱辛的旅途之後，飛船終於抵達了機械城。不過降落時出現了意外，一同而來的安妮付出了生命的代價。
女主，死了。
這一刻，華夏許多觀眾都在心裏吐槽韓秋。
奶奶的，還真是韓半仙的風格啊，不是死男主，就是死女主。
就像V獲得了勝利，但也為此失去了生命。