根據上述病蟲害的防治原理和途徑，人們在與有害生物的長期鬥爭過程中，創造了多種多樣的防治方法，逐步認識到任何單一的防治方法，都難以達到滿意的效果。因此，要想安全、經濟、有效地控製有害生物的為害，就必須實行綜合防治。具體有以下幾大類：即植物檢疫、農業防治、生物防治、物理機械防治及化學防治。
1．植物檢疫
植物檢疫就是利用法律（如植物檢疫條例及其實施細則、江西省植物檢疫辦法等）的力量，防止危險性病、蟲、雜草隨同植物及植物產品（如種子、苗木、塊莖、塊根、植物產品的包裝材料等）傳播蔓延，保障農業安全生產和保證對外貿易順利發展所采取的一項重要措施。
嚴格禁止帶有檢疫對象的種子、苗木和農產品從疫區（即凡屬局部發生的檢疫對象，就將其一發生的地區劃為“某種植物檢疫對象的疫區”）向外調運，並要求在疫區內加強防治，逐步壓縮發生麵積，力爭最終徹底消滅。與此同時，嚴格禁止帶有檢疫對象的種子、苗木和農產品等調運入保護區（即已發生相當普遍的檢疫對象，就將尚未發生的地區劃為“防止傳入某種植物檢疫對象的保護區”），或經熏蒸等處理徹底後才準進入。疫區和保護區的劃定或撤銷，都由省或市級農業主管部門提出，報同級政府批準。
2．農業防治
農業防治是根據有害生物、作物、環境條件三者之間的關係，通過農業栽培技術措施，有目的地改變農田生態環境，使之有利於作物生長發育和有益生物的增殖，而不利於有害生物的發生為害，從而達到避免或減輕病蟲的為害，保護作物增產的目的。是一種經濟、簡便、安全、有效的防治方法。
（1）抗性品種的培育與利用。各地的生產實踐證明，利用抗性品種防治病蟲害，是最經濟而有效的方法。
（2）合理調整作物品種的布局。品種的布局與病蟲害的發生輕重有著非常密切的關係。由於作物各品種間的生育特性差異較大，反應在病蟲害的脊柱食料上，就有明顯的質和量的差別，直接影響了病蟲害的種群消長。譬如在稻區，利用水稻品種的多樣性，可有效地控製稻瘟病的發生與為害。
（3）切實加強田間管理。翻耕整地，中耕除草，合理施肥，清潔田園等
3．生物防治
生物防治就是利用有益生物及其代謝產物和基因產品等來控製有害生物發生與為害的方法。在自然狀況下，凡是有有害生物存在的地方，都會有一定數量的天敵並存，在不受幹擾的生態條件下，天敵對控製病蟲害常起著重要的作用。蟲害主要是通過以蟲治蟲、以菌治蟲和有益生物的利用，病害主要是通過物種間的競爭、抗菌、重寄生、交叉保護劑誘發抗性等作用，來抑製某些病原物的存活和活動。
（1）天敵的保護與利用。要充分利用天敵的自然控製作用，減輕藥劑防治的壓力。一是前期害蟲的防治，應針對性選擇專性較強的藥劑，嚴格按防治標準施藥，局部挑治，盡可能推遲第一次大麵積噴藥時間，促進害蟲天敵群落的及早建立與穩定發展；二是改變施藥方法，實行局部、隱蔽施藥。
（2）生物農藥的利用。利用病原微生物或其代謝產物來防治病蟲害，已越來越被廣大農民接受和重視，成功的例子也很多。如利用BT生物農藥、阿維菌素、病毒製劑等防治多種害蟲，井崗黴素、農用鏈黴素等的應用。
其他有益生物的利用如稻田養鴨治蟲、保護青蛙、益鳥等。
4．物理機械防治
物理機械防治就是應用各種物理因子、機械設備以及多種工具來防治病蟲。包括光學、電學聲學、力學、放射物理等等範疇。主要有以下幾麵。
（1）器械捕殺。如粘蟲網、粘蟲板等。
（2）誘集（殺）。利用害蟲的趨性，采用適當的方法誘集害蟲，然後進行處理殺死，如燈光誘殺等。
（3）阻隔法。根據病原有害生的活動規律，設置適當的障礙物，防止有害生物為害或組織蔓延。如果園中采取果實套袋的方法，可防止多種害蟲的為害；樹幹上塗膠，可防止下部害蟲上樹為害；樹幹刷白，既可防止凍害，減輕病害的發生，又能阻止天牛產卵；蔬菜基地利用防蟲網，既能防止壓成等害蟲的遷入，又能避免因蚜蟲而引起的病毒病的發生。