神宗覽疏大怒，幾欲立殺於仁，還是申時行代為解免，才將他削職為民。後來吏部尚書宋，禮部尚書於慎行等，率群臣合請立儲，俱奉旨嚴斥，一律奪俸。大學士王錫爵，素性剛直，嚐與申時行言及，以彼此同為輔臣，總須竭誠報上，儲君一日未建，國本即一日未定，擬聯合閣部諸大臣，再行力奏雲雲。時行以曾奉上旨，稍延一二年，自當決議，此時不如暫行從緩。錫爵乃勉強容忍，既而耐不過去，特疏請豫教元子，並錄用言官薑應麟等，說得非常懇切。誰知奏牘上陳，留中不報。錫爵索性申請建儲，仍不見答。自知言終不用，乃以母老乞休，竟得準奏歸林。神宗隻知有妾，錫爵不能無母。未幾，申時行等，再疏請立東宮，得旨於二十年春舉行。到了十九年冬季，工部主事張有德，請預備建儲儀注，為帝所斥，奪俸示罰。適時行因病乞假，許國與王家屏語道：“小臣尚留心國本，力請建儲，難道我輩身為大臣，可獨無一言麼？”遂倉卒具疏，竟不待與時行商及，即將他名銜首列。神宗以有旨在前，不便反訐，似乎有準請立儲的意思。看官！你想這鄭貴妃寵冠六宮，所有內外政務，那一件不得知曉！當下攜著玉盒，跪伏神宗座旁，嗚嗚咽咽的哭將起來。但說是“生兒常洵，年小沒福，情願讓位元子，把從前誓約，就此取消”。神宗明知他是有心刁難，怎奈神前密誓，口血未幹，況看他一種淚容，仿佛似帶雨海棠，欺風楊柳，就是鐵石心腸，也要被他熔化。隨即親扶玉手，令他起立，一麵代為拭淚，一麵好言勸慰，委委婉婉的說了一番，決意遵著前誓，不從閣議。可巧申時行上呈密揭，略言臣在假期，同官疏列臣名，臣實未知等語。於是神宗順風使帆，竟將許國等原疏，及時行密揭，一並頒發出來，故事閣臣密揭，悉數留中，此次神宗違例舉行，明明是諷斥許國等人，教他自行檢過。給事中羅大紘，奮上彈章，疏陳時行迎合上意，希圖固寵，陽附廷臣請立之議，陰為自處宮掖之謀。中書舍人黃正賓，亦抗疏痛詆時行，有旨削大紘籍，廷杖正賓，亦革職為民。許國、王家屏，又有臣等所言，不蒙采擇，願賜罷職等語。神宗因他跡近要挾，竟下旨斥責許國，說他身為大臣，不應與小臣為黨，勒令免官。許國一去，輿論更不直時行。時行不得已求請解職。神宗一再慰留，到了時行三次乞歸，並薦趙誌皋、張位等自代，才邀神宗允準。時行之屢疏乞休，還算知恥。時行去後，即以趙誌皋為禮部尚書，張位為吏部侍郎，並兼東閣大學士，參預機務。
至萬曆二十年，禮科給事中李獻可，以宮廷並無建儲消息，特請豫教元子，不意忙中有錯，疏中誤書弘治年號，竟被神宗察出，批斥獻可違旨侮君，貶職外調。王家屏封還禦批，具揭申救，大忤帝意。六科給事中孟養浩等，各上疏營救，神宗命錦衣衛杖孟百下，革去官職，此外一概黜退。王家屏知不可為，引疾歸田。吏部郎中顧憲成、章嘉楨等，上言家屏忠愛，不應廢置。神宗又恨他多言，奪憲成官，謫嘉楨為羅定州州判，憲成無錫人，裏中舊有東林書院，為宋楊時講道處，憲成曾與弟允成，發起修築，至被譴歸裏，即偕同誌高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟、於孔兼等，就院講學，海內聞風景附，往往諷議時政，裁量人物。朝士亦慕他清議，遙為應和，後來遂稱為東林黨，與大明一代江山，淪胥同盡。小子有詩歎道：
盛世寧無籲時，盈廷交哄總非宜。
才知王道泯偏黨，清議紛滋世愈衰。
內本未定，外變叢生，欲知當日外情，請至下回再閱。
立嫡，古禮也。無嫡則立長，此亦禮製之常經。神宗溺於鄭貴妃，乃欲舍長立幼，廷臣爭之，韙矣，但必謂儲位一定，即有以固國本，亦未必盡然。兄摯廢而弟堯立，後世嚐頌堯為聖人，不聞其有背兄之惡玷。然則擇賢而嗣，利社稷而奠人民，尤為善策，寧必拘拘於立長耶？惟典學親師，最關重大，士庶人之子，未有年逾幼學而尚未就傅者，況皇子耶？廷臣爭請立儲，致忤帝意，甚至豫教元子之請，亦遭駁斥，神宗固不為無失，而大臣之不善調護，徒爭意氣，亦未始不足疵也，至於東林講學，朝野景從，處士橫議，黨禍旋興，漢唐末造，類中此弊，明豈獨能免禍乎。