會值日食告變，編修吳中行，及檢討趙用賢，刑部員外郎艾穆，主事沈思孝等，應詔陳言，均說居正忘親貪位，煬蔽聖聰，因幹天變雲雲。居正得了此信，憤怒的了不得，當下通知馮保，教他入訴神宗，概加廷杖。大宗伯馬自強，急至居正府第，密為營解。居正見了自強，略談數語，便撲的跪下，帶哭帶語道：“公饒我！公饒我！”自強正答禮不迭，忽聞掌院學士王錫爵到來，居正竟踉蹌起身，趨入喪次。錫爵徑至喪次中，晤見居正，談及吳、趙等上疏，致遭聖怒等事。居正淡淡的答道：“聖怒正不可測哩。”錫爵道：“聖怒亦無非為公。”語尚未訖，居正又跪倒地上，勃然道：“公來正好！快把我首級取去，免致得罪諫官。”一麵又舉手作刎頸狀，並道：“你何不取出刀來，快殺我！快快殺我！”好似潑婦撒賴。錫爵不防到這一著，嚇得倒退倒躲，一溜煙的逃出大門去了。馬自強亦乘勢逃去。隔了數日，吳中行、趙用賢、艾穆、沈思孝四人，同受廷杖。侍講於慎行、田一、張伭、趙誌皋，修撰習孔教、沈懋學等，具疏營救，俱被馮保擱住。進士鄒元標，複上疏力諫，亦坐杖戍。南京禦史朱鴻模，遙為諫阻，並斥為民。且詔謫吳、趙、艾、沈四人，吳中行、趙用賢即日出都，同僚相率觀望，無一人敢去送行，隻有經筵講官許文穆贈中行玉杯一隻，用賢犀杯一隻，玉杯上鐫著三語道：
斑斑者何？卞生淚。英英者何？藺生氣。追追琢琢永成器。
犀杯上鐫著六語道：
文羊一角，具理沈黝，不惜刻心，寧辭碎首？黃流在中，為君子壽。
古人說得好：“人心未泯，公論難逃。”為了居正守情，各官受譴等事，部下人士，各抱不平。夤夜裏乘人不備，竟向長安門外，掛起匿名揭帖來。揭帖上麵，無非是謗議居正，說他無父無君，跡同莽操。事為神宗所聞，又頒諭朝堂道：
奸邪小人，藐朕衝年，忌憚元輔，乃借綱常之說，肆為誣論，欲使朕孤立於上，得以任意自恣，茲已薄處，如此後再有黨奸懷邪，必從重懲，不稍寬宥，其各凜遵！
這諭下後，王錫爵、於慎行、田一、沈懋學等，先後乞病告歸。既而彗星現東南方，光長竟天，當下考察百官，趙誌皋、張伭、習孔教等，又相繼遷謫，算作厭禳星變的計劃，這正是想入非非了。越年，神宗將行大婚禮，令張居正充納采問名副使。給事中李涑，奏稱居正持喪，不宜與聞大婚事，乞改簡大臣。神宗不允，傳皇太後諭旨，令居正變服從吉，居正遂奉旨照辦。等冊後禮成，方乞歸治葬。神宗召見平台，特賜慰諭道：“朕不能舍去先生，但恐傷先生孝思，不得已暫從所請。惟念國事至重，朕無所依賴，未免懷憂。”居正叩首道：“臣為父治葬，不能不去，隻乞皇上大婚以後，應撙節愛養，留心萬幾。”說畢，伏地慟哭。慟哭何為？無非要結人主。神宗亦以為淒然，不禁墮淚道：“先生雖行，國事尚宜留意。此後倘有建白，不妨密封言事。”居正稱謝而起，進辭兩宮太後，各賜贐金，慰諭有加。
居正歸後，神家複敕大學士呂調陽等，如遇大事，不得專決，應馳驛至江陵，聽居正處分。既而由春入夏，又有旨征令還朝。居正以母老為辭，不便冒暑北行，請俟秋涼就道。神宗又遣指揮翟汝敬，馳驛敦促，更令中使護居正母，由水道啟行。居正乃遵旨登程，所經州縣，守臣多跪謁；就是撫按長吏等，亦越界送迎，身為前驅。及到京師，兩宮又慰勞備至，賞齎有加。居正母至，概照前例。惟呂調陽自慚伴食，托病乞休，起初未蒙俞允，至居正還朝，再疏告歸，乃準令致仕，解組歸田去了。還算有些氣節。
是時神宗已冊後王氏，伉儷情深，不勞細說。獨李太後以帝已大婚，不必撫視，仍返居慈寧宮，隨召居正入內，與語道：“我不便常視皇帝，先生係國家元輔，親受先帝付托，還希朝夕納誨，毋負顧命！”居正唯唯而退。嗣是居正格外黽勉，所有軍國要政，無不悉心籌劃。內引禮部尚書馬自強，及吏部侍郎申時行，參讚閣務，外任尚書方逢時，總督宣大，總兵李成梁，鎮撫遼東。方逢時與王崇古齊名，崇古內用，逢時專任邊事，悉協機宜。李成梁驍悍善戰，屢摧塞外臣寇，積功封寧遠伯，內外承平，十年無事。
居正又上肅殿箴，勸神宗量入為出，罷節浮費，複盡汰內外冗員，嚴核各省財賦。隻神宗年齡寖長，漸備六宮，令司禮監馮保，選內豎三千五百人入宮，充當使令。內有孫海、客用兩閹豎，便佞狡黠，得邀寵幸，嘉靖隆慶兩朝，非無秕政，而中官不聞橫行，良由裁抑得宜之故。至此又複開端，漸成客魏之弊。嚐導神宗夜遊別宮，小衣窄袖，走馬持刀，仿佛似鏢客一般。既而出幸西城，免不得飲酒陶情，逢場作戲。一夕，神宗被酒，命隨侍太監，按歌新聲。曲調未諧，竟惹動神宗怒意，拔出佩劍，欲斫歌豎頭顱，還是孫、客兩人，從旁解勸，方笑語道：“頭可恕，發不可恕。”遂令他脫下頭巾，將發割去。想是從曹操處學來。惟彼割己發，而此割人發，不無異點。這事被馮保聞知，便去稟訴李太後。太後大怒，自著青布袍，撤除簪珥，此是薑後脫簪珥待罪之意。令宣神宗入宮。一麵傳語居正，速即上疏極諫。神宗得著消息，不免驚慌，可奈母命難違，隻好硬著頭皮，慢慢兒的入慈寧宮。一進宮門，便聞太後大聲催促。到了望見慈容，形神服飾，與尋常大不相同，不覺心膽懼戰，連忙跪下磕頭。太後瞋目道：“你好！你好！先皇帝付你大統，叫你這般遊蕩麼！”神宗帶抖帶語道：“兒、兒知罪了，望母後寬恕！”太後哼了一聲道：“你也曉得有罪麼？”說至此，馮保已捧呈張居正諫疏，由太後略瞧一遍，語頗簡直，便擲付神宗道：“你且看來！”神宗取過一閱，方才瞧罷，但聽太後又道：“先帝彌留時，內囑你兩母教育，外囑張先生等輔導，真是煞費苦心，不料出你不肖子，膽大妄為，如再不肯改過，恐將來必玷辱祖先，我顧宗社要緊，也管不得私恩，難道必要用你做皇帝麼？”母教嚴正，不愧賢妃。又旁顧馮保道：“你去到內閣中，取霍光傳來！”保複應聲而去。不一時，返入宮內，叩頭奏道：“張相國浼奴才代奏，據言皇上英明，但教自知改過，將來必能遷善。霍光故事，臣不敢上聞！今不如草詔罪己罷了。”太後道：“張先生既這般說，就這般辦罷，你去教他擬詔來！”保又起身趨出。未幾，返呈草詔，太後叱令神宗起來，親筆謄過，頒示朝堂。可憐神宗雙膝，已跪得疼痛異常，更兼草詔中語多卑抑，不禁懊恨得很，偏是太後督著謄寫，一些兒不肯放鬆，那時隻好照本謄錄，呈與太後覽過，交馮保頒發去了。太後到了此時，禁不住流淚兩行。神宗又跪泣認悔，方得奉命退出。京中聞了這事，謠言蜂起，統說兩宮要廢去神宗，另立潞王翊鏐。見七十一回。後來杳無音信，方漸漸的息了浮言，這且休表。