居正送出兩人，即入宮請獨對，自保高拱無罪，請特委勳戚大臣，徹底查究。神宗乃命都督朱希孝，左都禦史葛守禮，及馮保會審王大臣。希孝係成國公朱希忠弟，接了此旨，忙與乃兄商議道：“那個奏聞皇上，弄出這個難題目，要我去做？一或失察，恐宗祀都難保了。”說著，掩麵涕泣。正是庸愚。希忠也惶急起來，相對哭著。一對飯桶，不愧難兄難弟。哭了半晌，還是希忠有點主意，令希孝去問居正。居正與語道：“不必問我，但去見吏部楊公，自有方法。”希孝當即揖別，往謁楊博，且語且泣。博笑道：“這不過借公勳戚，保全朝廷大體，我等何忍以身家陷公？”希孝嗚咽道：“欲平反此獄，總須搜查確證，方免讒言。”博又道：“這又何難！”當下與希孝密談數語。希孝才改憂為喜，謝別而回，暗中恰遣了校尉，先入獄中，訊明刀劍來由。大臣始不吐實，經校尉威嚇婉誘，方說由辛儒繳來，並將他指使改供事，略說一遍。是一個反複無常的罪犯，馮保也未免自誤。校尉複說道：“國家定製，入宮謀逆，法應滅族，奈何自願引罪？你不如吐實，或可減免。”大臣淒然道：“我實不知。辛儒說我持刀犯駕，罪坐大辟，因教我口供如此，不特免罪，且可富貴，誰知他竟是誑我呢！”說至此，大哭不止。校尉反勸慰一番，始行複命。
適高氏家人，已逮入京，希孝乃偕馮保、葛守禮三人，升廳會審。明朝故事，法司會審，須將本犯拷打一頓，叫作雜治。大臣上得法庭，馮保即命雜治，校尉走過，洗剝大臣衣服，大臣狂呼道：“已經許我富貴，為何雜治我？”校尉不理，將他搒掠過了，方推近公案跪下。希孝先命高氏家人，雜列校役中，問大臣道：“你看兩旁校役，有無認識？”大臣忍著痛，張目四瞧，並無熟人，便道：“沒有認識。”馮保即插嘴道：“你敢犯駕，究係何人主使，從實供來！”大臣瞪目道：“是你差我的。”保聞言大驚，勉強鎮定了神，複道：“你不要瞎鬧！前時為何供稱高相國？”大臣道：“是你教我說的。我曉得什麼高相國？”又證一句，直使馮保無地自容。保失色不語。希孝複問道：“你的蟒褲刀劍，從何得來？”大臣道：“是馮家仆辛儒，交給我的。”索性盡言，暢快之至。保聽著這語，幾欲逃座，兩肩亂聳，態度倉皇。還是希孝瞧不過去，替保解圍道：“休得亂道！朝廷的訊獄官，豈容你亂誣麼？”遂命校尉將大臣還押，退堂罷訊。
保踉蹌趨歸，暗想此案尷尬，倘大臣再有多言，我的性命，也要丟去，便即遣心腹入獄，用生漆調酒，勸大臣飲下，大臣不知是計，一口飲訖，從此做了啞子，不能說話。此時宮內有一殷太監，年已七十多歲，係資格最老的內侍，會與馮保同侍帝側，談及此事。殷太監啟奏道：“高拱忠臣，豈有此事！”又旁顧馮保道：“高胡子是正直人，不過與張居正有嫌，居正屢欲害他，我輩內官，何必相助！”原來高拱多須，所以稱為胡子。保聞言，神色漸沮。內監張宏，亦力言不可，於是獄事遷延。等到刑部擬罪，隻把大臣斬決，餘免幹連。一番大風浪，總算恬平，這也是高拱不該滅族，所以得此救星。拱聞此變，益發杜門謝客，不問世事。拱本河南新鄭人，嗣後出仕中州的官吏，不敢再經新鄭，往往繞道而去。統是偷生怕死的人物。至萬曆六年，拱方病歿，居正奏請複拱原官，給與祭葬如例。又似強盜發善心。惟馮保餘恨未釋，請命太後一切賜恤，減從半數。祭文中仍寓貶詞，後來追念遺功，方贈拱太師，予諡文襄。小子有詩詠高拱道：
自古同寅貴協恭，胡為器小不相容？
若非當日賢臣在，小過險遭滅頂凶。
欲知明廷後事，且俟下回續陳。
馮保一小人耳。小人行事，陰賊險狠，固不足責。張居正稱救時良相，乃與內監相毗，傾害高拱，彼無不共戴天之仇，竟思戮高氏軀，赤高氏族，何其忮刻若此耶？設非楊、葛諸大臣，力謀平反，則大獄立興，慘害甚眾。居正試反己自問，其亦安心否乎？殷、張兩內監，猶有人心，令居正聞之，能毋汗下。至於馮保訊獄，三問三供，世之設計害人者，安能盡得王大臣，使之一反噬乎？保益恚恨，且藥啞王大臣，令之不能再說。小人之心，甚於蛇蠍，良是畏也！然觀王大臣供詞，令我心快不已，為之飲一大白。