在“兒童之家”，所謂的紀律並不等同於普通意義上紀律的概念。蒙台梭利認為，紀律是建立在自由的基礎之上，並充分發揮孩子的主動性，通過自由來實現的。她並不認為一個啞口無聲、默默不語的孩子就是一個遵守紀律的孩子，也不認為那些像進入夢鄉一動不動的孩子就是乖順聽話的“好孩子”。當一個孩子可以自主控製自己的行為，並根據環境的需要來遵守某種行為準則完成一件事情時，這樣才認為這個孩子是遵守紀律的人。
蒙台梭利告訴我們，首先要做的就是學會做一個被動的觀察者，而不是任意實施指令、改變環境秩序的執行者。要完全明白自己處在旁觀者的角色，並做到尊重每一位被觀察的孩子。蒙台梭利對老師的這種訓練與那些傳統意義上讓孩子“不許亂動”的教學方式有著絕然的不同，她認為“兒童之家”的教育與普通學校的教育之間具有極大的差異，因此那些剛剛接受這種特殊訓練的老師們，常常會對孩子的行為無法理解。
為了讓老師適應這種新的教學方法，她認為必須對老師進行以上的觀察訓練和教學實踐練習。一個老師開始麵對這種新的教學環境時，常常會不知所措，她有時會對孩子一些正常的行為大加幹涉，有時又會對孩子那些錯誤的舉止束手無策，就連那些看上去非常聰明的老師也會為此卻步。所有的老師，都必須經過深入的學習和徹底的改變才能夠勝任這樣的工作。
蒙台梭利認為，所有的自由都是限製在不損害他人利益的基礎之上。3歲左右的孩子，正處於一種敏感的年齡，他們的智慧就像稚嫩而迷人的花蕾，需要我們小心地進行嗬護和糾正，才可以看到他們美麗的綻放。有一些老師常常會做出一些錯誤的行為，例如，有一個老師看到有些孩子故意搶奪同伴的玩具或者行為粗野不講禮貌時，並沒有對他們進行及時的製止，而是任意放縱孩子的行為。
蒙台梭利觀察過一些老師，她們剛到“兒童之家”時，總想任意控製孩子的行為，不允許孩子自由行動。有一次，一個極有號召力的女孩把幾個夥伴召集到自己身邊，這個女孩子站在夥伴們的中間，一邊說話一邊做著不同的手勢。這時，剛好有一位老師走進教室，她用力按住這女孩的兩隻手臂，並警告女孩：“不許胡鬧，快回到自己的座位上！”這個可憐的小女孩傷心地回到了自己的座位上。其實，這件事情的整個過程蒙台梭利都在觀察，這個女孩並不像老師想象的那樣無理取鬧，她隻是在模仿大人的行為，扮演孩子們的老師，教他們如何進行祈禱，並用手在心的位置畫十字架。
蒙台梭利還舉過這樣的一個例子：一天，教室裏很多孩子在觀看一隻在水盆裏自由遊動的小金魚，隻有一個兩歲左右的小男孩充滿好奇地站在人群的外麵，他起初也想試著擠進人群，但是由於個子太矮而且不夠強大，所以無法看到水盆裏的金魚。他在不斷地走動，從他的表情就可以明白他正在尋找一種可以使自己踩在上麵的東西，最後，他終於發現了自己身邊的一把凳子。他的眼裏充滿了希望，並迅速地朝著凳子的方向走去，這時，恰好有一位老師發現了這個孩子，用兩手把男孩高高舉起，並得意的說著：“可愛的寶貝，你也看到了漂亮的小金魚！”