第一章小精靈世界早宇宙當中，有許多的星球，而接下來發生的故事所講述的是一位生活在寵物小精靈星球的十歲少年為了成為頂級訓練家而旅行的故事。
寵物小精靈世界當中生活著各種各樣的精靈。空中水中陸地上有一百二百三百等等具體有多少沒有人知道但是精靈們無處不在。
而且有許多的職業：訓練家協調家醫生飼養員等一些好的人物，當然也有一些以捕捉獵殺為生的獵捕者。
在一個名為景風鎮的地方生活著一位叫端木風的少年。今年十歲，而這個地方隻要到十歲就可以領取屬於自己的精靈。所以今天很在就醒了，現在正跑著去幸村博士的研究所。
幸村博士是一位非常有名的神奇寶貝研究員，在他的幫助下出現了一位世界級的訓練家端木強。
端木強參加了各個地區的聯賽及許多形式的冠軍，最終取得了冠軍並且現在是神奇寶貝聯盟的三大支柱之一。
端木風的爸爸正是端木強，而母親則是世界頂級的協調訓練家愛麗絲，人們都稱她為“完美女神”，不僅因為她的協調技術，更是因為她的美貌和善心。
在一個簡陋但是周圍環境非常的美麗的房子前端木風停了下來並且上前去敲門。
“噢，是小風呀！快進來”門被打開出來一位五六十歲的中年長者看著端木風慈祥的說，並且讓開了一個位置讓端木風進來。
“幸村爺爺早”小風邊向長者問好邊進了屋子。由於小風經常來這裏所以小風稱幸村為爺爺。（接下來稱端木風為小風）
“小風，你今天也挺早嗎！”幸村笑著說。
“是呀！由於今天就可以有自己的精靈了，所以比較興奮。”小風高興的說。
“嗬嗬，你從小就和精靈們在一起玩怎麼還是這樣呀！”幸村笑著打趣。
“那可不一樣，那些精靈都是我父母的，而現在，我就要有我自己的了。”小風興奮的說。
由於其他的人還沒有來，所以小風又和幸村聊了一會兒，大概過去了半個小時，其他的三人都來了。
第二章開始這次的新人訓練家一共有四位三男一女。小龍是一位比較內向的少年，是小風的小夥伴之一，對神奇寶貝有很深的研究，小風稱他為“小博士”。小火是一位非常冷酷的少年，總是板著一張臉，但是他的臉是帥氣的，有非常強的指揮作戰能力。小鳳是唯一的一位女孩，長得非常可愛，為人善良並且可以做一手好飯，特別是神奇寶貝食物。
“人都到齊了吧！”幸村看著人們都來了於是說，“那就來選你們的夥伴吧！”於是幸村帶著四人來到了一個一儀器的旁邊。而在機器旁放著四個精靈球。
“首先是水係的傑尼龜。”從精靈球裏出來的是一個烏龜形狀的寵物，長得非常可愛“接下來是草係的菊草葉，這是我用妙蛙種子和成都的博士換的。”是一隻頭上有一片葉子的寵物。
“然後是火係的小火雞，也我用火恐龍和芳園地區的博士換的。”一隻全身紅色隻是有一雙小腳並沒有雙手的像一隻小雞似的精靈。
“最後是普通係的伊布！”一隻棕色毛絨絨的有一隻尾巴的非常可愛的精靈。
“好了，這就是你們索要選的精靈了，現在選你們的精靈吧！”幸村在簡紹完之後轉向小風四人。
小火在幸村說完之後便拿起了精靈球把傑尼龜給收了進來冷冷地說：“我就選傑尼龜了。”