學園都市，是坐落於日本東京都西部，由“統括理事會”管理著的高度自治化的封閉實驗城區。擁有著“約二百三十萬常住人口中近八成為學生”的鮮明特征，大量的研究設施和高等院校林立其中，使其在尖端科技領域的應用化程度上足足超出了外界近三十年。
然而，在這座摒棄了幻想與迷信，堪稱完美體現人類最高科技力的超現代化都市中，卻有相當一部分人擁有著常理難以解釋的不可思議力量——也就是人們通常說的“超能力”。
於是，“針對超能力現象及其應用的研究”這種在一般人眼中可以說是異想天開甚至是荒謬絕倫的想法，被堂而皇之地擺上各大研究所的研究日程也就顯得不足為奇了。
生活在此的學生們，接受著名為“超能力開發”的課程，一種基於薛定諤量子理論的個人超能力誘發試驗，藉由各種各樣特殊乃至非人道的科學手段和心理暗示來促使試驗對象獲取針對的“PersonalReality”——隻屬於自己的真實，通過能力者大腦想象和演算來產生某種“非現實”的現象，而這，即是超能力者們神秘力量的來源所在。
與此同時，學園都市中定期進行著名為“身體檢查”的活動，測定並更新接受能力開發課程的學生們的能力等級，並按自低到高的次序被依次將其分為：
接受課程卻未獲得任何能力的無能力者：Level0；
具有能力然而對日常生活基本沒有幫助的低能力者：Level1；
相比Lv1而言稍微具有一定實用程度的異能力者：Level2；
能力能夠明顯地作用於現實的強能力者：Level3；
能在軍隊中體現其戰術價值的大能力者：Level4；
以及位於整個能力者金字塔的頂端，同時代表著學園都市最高戰力的超能力者：Level5；
除此之外，還有目前隻存在於理論中的Level6絕對能力者，能以人類之身達到近似於“神”這一概念的高度，藉以了解世界的本質、“神之存在”的可能性及意圖，這同時也是“超能力開發”項目的終極目的所在（明麵上）。
故事的舞台，就發生在這座對於大多數人具有著神秘色彩，真理與矛盾共存的學園都市裏……