1889年1月3日，尼采在都靈的阿爾貝爾托廣場散步，看見一個馬車夫，一手拽住韁繩，一手用鞭狠狠地抽向馬背。可憐的馬，在車轅裏苦苦掙紮。馬車夫又打又罵，馬搖著頭痛苦地嘶鳴著。尼采從遠處跑過來，淚流滿麵地抱住馬的脖子，結果摔倒在地，昏了過去。房東費諾把尼采送回房問後不久，他就出現精神錯亂。第二天，他給加斯特發出了一封信，信寫在一張小紙片上，而且，字寫得很大也很潦草：
“我的音樂大師加斯特：
給我唱一支新歌：世界光輝燦爛，所有的天空喜氣洋洋。被釘在十字架上的人。”
之後，尼采所寫的信中，署名就相當混亂，“尼采一凱撒”“狄奧尼索斯”“釘在十字架上的人”等。
8日，奧弗貝克趕到都靈，將尼采送到巴塞爾的精神病院。醫生診斷為精神錯亂症和漸進性麻痹，當時的診斷書上是這樣寫的：“瞳孔有差別，右大左小，反應很遲鈍。斜視，集中於一點。高度近視。舌苔厚，無偏視，肌肉無震顫！麵神經分布很少障礙……膝反射增高……無正確的疾病知覺，自我感覺極好，感到高興。據稱八天以來有病，常患劇烈頭痛。這種病也發作過幾次，其時病人自我感覺很好，感到高興，最喜歡在街上擁抱所有的人，同他們親吻，最喜歡從圍牆上向高處爬。”13日，尼采的母親從南堡趕來，看著兒子躺在病床上發呆，禁不住潸然淚下。這位苦命的女人，25歲守寡，拉扯著一對兒女，到如今已是風燭殘年，依然不能讓她歇心。女兒37歲才成家，卻跟著丈夫到巴拉圭，過著一種動蕩的日子。兒子本有美好前程，到如今，家沒成不說，還落下這麼個病，怎不讓她傷心呢！眼看著尼采的病情一天天加重，17日，母親又將尼采轉院到德國耶拉，住進了耶拉大學賓四文格大夫的精神病所，直到第二年3月，尼采才搬進母親在耶拉臨時找到的房子裏。
尼采在住院初期，情緒很不穩定，經常大吼大叫，有一次竟然卡住母親的喉管，差點把她掐死。後來情況有所好轉，他也比過去安靜多了。1893年後，尼采幾乎不能走路，他要麼坐在輪椅上茫然無語，要麼倚靠在床上或沙發上。1894年10月15日，好友多伊森為尼采祝賀50歲誕辰時，看到的是這樣一幅情景：“我清晨就去了，因為我不久以後就得動身。他母親把他帶進來，我向他問好，對他說他今年50歲，同時遞給他一束鮮花。對這一切他毫不理解。隻有鮮花引起他片刻的興趣，然後也把它放到了一邊。”
1897年4月20日，母親弗蘭西斯卡撇下一對兒女，懷著深深的眷戀和不安，離開了親人。妹妹伊麗莎白承擔起照顧尼采的重任。她把尼采接到了魏瑪，在尼采以前的女友馮·莎麗絲幫助下，他們住進了西爾伯格別墅，生活條件有了很大的改觀。漸漸地，這個地方成了德國文化人積聚的地方。1897年8月7日，凱斯勒伯爵慕名拜訪尼采兄妹，在這裏他看到的是這樣一個尼采：“他睡在一張沙發上，強壯有力的頭一動不動，似乎它對脖子來說實在太重了，半個頭向右側墜下。他前額飽滿，散亂的深棕色頭發，同樣散亂而隆起的髭須；眼睛下麵，寬而深棕色的眼眶深陷在廠一毛下；在他暗淡無神的、肌肉鬆弛的臉上，還有由思維和意誌所挖掘出的橫紋，不過似乎看不大出來了，漸漸地趨於平坦了，表現出無限的倦意，他雙手蠟黃，血管是綠紫色，還有些腫脹，和一具屍體相差無幾。靠著沙發有一張桌子和一個高靠背椅，以免笨重的身體由於活動不靈而跌落下來。他因悶熱的空氣而疲憊不堪。他的妹妹一再愛撫他，親昵地叫著‘親愛的，親愛的人兒’，還是喚不醒他。如此看來，他不像是個病人或一個精神病患者，而是更像個死人。”