《黃帝內經》的書名，最早出現在西漢劉歆的《七略》中，但該書已失傳。現存文獻的最早記載，是東漢班固的《漢書·藝文誌》。其中雖然記有《黃帝內經》十八卷，但並沒有提到該書的成書年代及作者。
現在流傳的《黃帝內經》包括《素問》和《靈樞》兩部分。《素問》的書名最早見於東漢末年張仲景的《傷寒雜病論》。由於當時戰亂頻繁，《素問》流傳到唐代時已殘缺不全。唐朝太仆王冰對其進行收集整理，增補了第七卷中的“天元紀大論”等七篇。到了宋代，醫官高保衡、林億等對王冰補注整理的《素問》加以校正後刊行，定名為《重廣補注黃帝內經素問》。此版本流傳至今。《靈樞》之名最早見於王冰所作的《黃帝內經素問注》序中，在此之前，《靈樞》被稱為《九卷》、《針經》，隋唐時期，還有《九靈》、《九墟》等名稱。《靈樞》在較長時期內曾失傳，直到北宋元祐年間，從高麗傳回《黃帝針經》一部之後，中國才重新有了一部內容較完整的《針經》。南宋紹興二十五年（公元1155年），史崧把“家藏舊本《靈樞》九卷”加以校正出版，稱為《靈樞》，從而成為現存最早版本的《靈樞》。
《內經》所係統論述的髒腑經絡學說，是以研究人體五髒六腑、十二經脈、奇經八脈等的生理功能、病理變化及其相互關係為主要內容的
從《內經》中可以看到經脈的組成有：正經(手太陰肺經、手陽明大腸經、足陽明胃經、足太陰脾經、手少陰心經、手太陽小腸經、足太陽膀胱經、足少陰腎經、手厥陰心包經、手少陽三焦經、足少陽膽經、足厥陰肝經)、奇經八脈(督脈、任脈、衝脈、帶脈、陰蹺脈、陽蹺脈、陰維脈、陽維脈)以及絡脈、十二經別、十二筋經等。
然而《內經》中也無述及穴道經絡的本質。隻是當這為常識一樣，隻是教人如何識別而已，如：任脈者，起於中極之下，以上毛際，循腹裏，上關元，至咽喉，上頤，循麵入目。又任脈之氣所發者二十八穴:
喉中央二，膺中骨陷中各一，鳩尾下三寸胃脘，五寸胃脘，以下至橫骨六寸半，一，腹脈法也。下陰別一，目下各一，下唇一，交一。講的都是任脈的循行路線，而無一點原理講述。此外其他各脈皆如此。
《黃帝內經》中記事方式與《論語》差不多，也是采取一問一答的形式。如帝曰：有其年已老而有子者何也？岐伯曰：此其天壽過度，氣脈常通，而腎氣有餘也。此雖有子，男不過盡八八，女不過盡七七，而天地之精氣皆竭矣。其中有幾段很是奇怪：
黃帝曰：餘聞上古有真人者，提摯天地，把握陰陽，呼吸精氣，獨立守神，肌肉若一，故能壽敝天地，無有終時，此其道生。中古之時，有至人者，淳德全道，和於陰陽，調於四時，去世離俗，積精全神，遊行天地之間，視聽八達之外，此蓋益其壽命而強者也，亦歸於真人。其次有聖人者，處天地之和，從人風之理，適嗜欲於世俗之間，無意填之心，行不欲離於世，被服章，舉不欲觀於俗，外不勞形於事，內無思想之患，以恬輸為務，以自得為功，形體不敝，精神不散，亦可以百數。其次有賢人者，法則天地，象似日月，辯列星辰，逆從陰陽，分別四時，將從上古合同於道，亦可使益壽而有極時。
此段語意似有未盡，然而觀其前後均無隻言片語與此有關，似乎這段是給人生生插進去的。而：
黃帝曰：陰陽者，天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也，治病必求於本。故積陽為天，積陰為地。陰靜陽躁，陽生陰長，陽殺陰藏。陽化氣，陰成形。寒極生熱，熱板生寒。寒氣生濁，熱氣生清，清氣在下，則生飧泄，濁氣在上，則生腹脹。此陰陽反作，病之逆從也。故清陽為天，法阻為地。地氣上為雲，天氣下為雨，雨出地氣，雲出天氣。故清陽出上竅，濁陰出下竅；清陽發股理，濁陰走五藏；清陽實四支，濁陰歸六府。