一 新航路的開辟和歐洲傳教士的大批東來
1498年，當達·伽馬首航印度成功，返回葡萄牙的時候，帶回了大批東方的絲綢、瓷器、香料、象牙、寶石等珍貴物品，並將一件精美的中國瓷器獻給了葡萄牙皇後。這次遠航所獲的厚利，更加刺激了殖民者對東方的貪欲之心，一批一批的葡萄牙殖民者步達·伽馬的後塵，繞好望角東來。
1511年，葡萄牙人侵占了印度洋通往太平洋的咽喉馬六甲。從此，中國直通印度洋的海道，逐漸被阻斷了。1517年，一支葡萄牙艦隊闖入我國廣州地區，要求貿易，遭到明朝政府拒絕。於是，這些殖民者就在廣東沿海開始搶掠活動，並強占了廣東東莞縣的屯門島。明朝政府將使者佩雷斯押回廣東，驅逐出境（胡宗憲《籌海圖編》卷十三），將其翻譯“火者阿三”就地正法，並狠狠打擊了葡萄牙侵擾者，奪回了屯門島。此後，葡萄牙人仍不甘心，又轉向福建、浙江沿海地區侵奪騷擾，進行走私貿易。1553年，葡萄牙殖民者混入澳門，借口海水打濕了貨物，上岸晾曬，通過對明朝官吏的行賄，得以逐步入居、盤踞澳門。從此，澳門不僅成為葡萄牙在中國和遠東進行殖民活動的重要據點，而且成為明清之際中西交通與文化交流的主要橋梁。
繼葡萄牙人之後，西班牙人也向亞洲進行殖民擴張。1565年，他們開始征服菲律賓群島。1571年，他們正式建立了自己在菲律賓的殖民統治，並且建馬尼拉城，作為殖民統治中心。在以後的兩個半世紀當中，進行了中國——馬尼拉——拉丁美洲的大帆船貿易。1601年，荷蘭人也“駕大艦，攜巨炮”，闖到澳門一帶，要求同中國“貿易”。荷屬東印度公司成立後，加緊將觸角伸向中國。1624年，荷蘭殖民者侵占我國台灣。1626年，西班牙人也派兵在台灣雞籠登陸，占領台灣北部地區。雙方經過激烈角逐，荷蘭人將西班牙人打敗，獨霸台灣。直到1662年，鄭成功才趕走荷蘭殖民者，收複了這座寶島。
隨著新航路的開辟和殖民主義者的東來，中西交通的路線幾乎完全轉移到海道，自歐洲大西洋海岸諸港繞好望角前來中國；中西交通的主角從過去的中國、中亞、西亞和北非各國和地區，幾乎完全轉移到歐洲國家。中西文化交流的內涵，也從前一時期伊斯蘭等文明與中國文明的交流，轉變為歐洲基督教文明與中國文明的交流。
歐洲基督教各國的傳教士，在近代早期中西文化交流當中，起了特殊重要的作用。
15世紀的歐洲宗教改革運動，使中世紀統一的羅馬教會產生了分裂，幾乎半個歐洲都掙脫了羅馬教廷的統治。正當此時，地理大發現為宗教的傳播創造了條件。羅馬天主教士的目光立刻投向東方。大批傳教士融入早期殖民者的隊伍，到海外去開辟新的天地。其中，西班牙人羅耀拉組織的耶穌會是最活躍的傳教團體。
最早沿好望角新航路前來中國的耶穌會傳教士是方濟各·沙勿略。他在1541年作為羅馬教廷派往遠東的使節，從裏斯本啟程，走海路到達印度。1549年，沙勿略到日本傳教，發現日本在文化上受中國影響很深，於是決定來中國傳教，認為中國人信仰了基督教，日本人自然也會信仰基督教。1552年，沙勿略來到我國廣東的上川島。但因為當時明朝海禁很嚴，他一直未能找到機會進入內陸，不久就病死在那個小島上了。此後近30年，歐洲傳教士始終無法進入內陸。直到1578年，耶穌會派到遠東的教務巡視員範禮安仍在澳門對著中國內陸發出無可奈何的悲歎：“嗬，岩石，岩石，你何時才能裂開？”
在範禮安建議之下，耶穌會派意大利人羅明堅來到澳門。羅明堅先在澳門學習中文，然後隨前往廣州貿易的葡萄牙商人到了廣州。1582年，獲準在廣東肇慶傳教，成為進入中國內陸傳教的第一人。
不過，真正為在中國傳教的事業打下基礎的，是另一位意大利人利瑪竇（1552～1610）。利瑪竇是意大利中部馬塞拉塔城人。1571年，他在羅馬加入了耶穌會，進入耶穌會創辦的羅馬學院學習哲學和神學。1578年，從裏斯本乘船前來東方，首先抵達葡萄牙人在東方進行殖民擴張活動的大本營——印度果阿。在果阿，利瑪竇進入沙勿略創辦的修道院攻讀神學。1582年，利瑪竇來到澳門，開始學習中國的語言和文字，為進入中國內陸傳教做準備。
二 利瑪竇與徐光啟
1583年，利瑪竇到達廣東肇慶傳教，並在那裏興建了一所歐式教堂。為了吸引中國人的注意，還展出了從歐洲帶來的“西洋奇器”，如自鳴鍾、三棱鏡、天象儀器、聖母畫像，等等。特別是大廳裏懸掛著一幅利瑪竇所繪製的《山海輿地全圖》，格外引人注目。利瑪竇繪製的這幅世界地圖，真是費盡苦心。地圖用中文標出，以便中國人能看懂。為了適應中國人以天朝居中的觀念，特地將中國放在地圖的中央。他把這幅地圖送給當地的總督、知府等官員。為了博得中國人的好感，利瑪竇到達中國以後，就給自己起了個中文名字，別號“西泰”；還改穿中國服裝，隻是開始時不分青紅皂白，穿的是和尚的袈裟。金發碧眼的利瑪竇身穿僧袍，口說漢語，並學著中國禮俗打躬作揖、欠身下拜，這些舉止行為，都大大便利了他的傳教活動。他廣泛結交當地官員和讀書人，連端州（肇慶）知府王泮（pàn）都為他的教堂題匾作詩。後來，他從肇慶前往韶州，進一步結識了禮部尚書之子瞿太素。瞿太素跟利瑪竇學習西方知識，如天文、數學等，後皈依了天主教。他還勸利瑪竇改穿中國讀書人穿的服裝，以便使士大夫階層容易接受。從此，利瑪竇脫去袈裟，換上儒服，成了一名“西儒”。為了確保自己在華傳教事業有一個牢固的根基，利瑪竇不滿足於在肇慶、韶州已有的成績，而是想取得中國最高統治者皇帝的認可。他輾轉南京、南昌等地，到處著書、傳教、廣交朋友，大大增進了對中國的了解。在他結交的官員儒士、學者名流當中，最著名的就是我國明代大學者徐光啟。1601年初，利瑪竇到達北京，獻上了他給萬曆皇帝的貢品，包括天主圖像一幅，天主母圖像兩幅，《天主經》一部，珍珠鑲嵌的十字架一座，報時自鳴鍾兩座，《萬國圖誌》一冊，西琴一張。同時給萬曆皇帝上了一個奏疏，自稱是“大西洋陪臣”，因為景仰中國，所以才曆時三載，行程八萬餘裏渡海而來，並表示願意為明朝在天文曆算方麵效力。萬曆皇帝雖然沒有接見利瑪竇，但允許他在中國傳教、留居。於是，利瑪竇定居北京，直至去世。死後，萬曆皇帝特賜葬北京阜成門外。
利瑪竇在中國28年，潛心研究中國的儒學，著書立說，利用儒家學說宣揚天主教教義。《天主實義》一書，是利瑪竇在這方麵的代表作。書中將儒家學說和天主教教義融合在一起，在明代官員士大夫中很有影響。同時，利瑪竇以自己的博學，對西歐科技、文化在華的傳播起了媒介作用。他和徐光啟一道合譯了歐幾裏德的《幾何原本》，繪製了世界地圖《坤輿萬國全圖》，並把西方的音樂、繪畫、建築、測量等方麵的知識介紹到中國來。可以說，利瑪竇是來到中國的第一位西學代表。利瑪竇的傳播西學，為他的傳教活動開辟了道路。到他去世時，北京、南京、南昌、肇慶等地都建起了天主教堂，全國教徒數量達2 500人。
明末時期，中國有三位官員同利瑪竇有比較密切的交往，對天主教和西學在中國的傳播起了積極作用。他們是徐光啟、李之藻和楊廷筠。
徐光啟（1562～1633），上海徐家彙人。自幼勤學苦讀，結識利瑪竇之前，在學術研究和實際經曆上已有較厚實的根基，寫出了《量算河工及測量地勢法》一文，出色地運用了我國原有的實用算學知識。17世紀初，徐光啟開始同利瑪竇接觸，不久加入天主教，教名保祿。1604年，徐光啟中進士，在北京翰林院供職，從此有四年之久，同利瑪竇過往甚密。徐光啟和利瑪竇的交往，標誌著中國傳統的學術與近代西洋科學知識的交流。他曾隨利瑪竇學習天文、曆算、火器製造等西方科技知識，並與利瑪竇共同翻譯了古希臘歐幾裏德的《幾何原本》六卷，據說是利氏口授，徐氏筆譯。他們又合作編寫了《測量法義》、《勾股義》等書。1607年徐光啟喪父回家守製，得以用更多時間進行學術研究。1610年利瑪竇去世後，徐氏仍和其他來華傳教士保持接觸，擔任官職時仍不斷進行學術研究與編譯工作。1612年編《泰西水法》，1621年至1628年間編寫了我國古代重要的自然科學著作《農政全書》。崇禎年間（1628～1644），徐光啟受到重用，作過禮部尚書兼文淵閣大學士。他利用自己的地位與影響，努力保護天主教在華勢力，同時孜孜不倦地致力於推廣西學。1629年至1633年，他主持了《大統曆法》的編譯工作，直到病逝前仍堅持修曆的科學研究。從中西文化交流的角度看，徐光啟學術活動的可貴之處，就在於他既立足於我國傳統學術的基礎，又善於吸收西方科學成就，從而使自己的研究開始具有近代科學傾向。例如，他認識到《幾何原理》的價值，認為“此書為用至廣，在此時尤所急需”，“故舉世無一人不當學”。徐光啟還非常強調“象數之學”的重要性，即把數學原則應用於實驗科學，發現自然界的規律，進而產生“百千有用之學”。為此他提出要發展天文氣象、測量水利、軍器製造、機械力學、建築、鍾表、醫學等多方麵的科學研究任務。可惜此時已是明朝末年，天下不久大亂，清代封建桎梏更加嚴厲。徐氏所倡導的新興科學事業，終難有所發展。
李之藻（1565～1630），浙江仁和（今杭州）人。1602年結識了利瑪竇。曾與利瑪竇合作，撰寫了《同文算指》、《圜（yuán）容較義》。他對西方天文、地理、數學、軍事等方麵都頗有研究，還為利瑪竇的《天主實義》一書作了序言，並編了一部關於天主教的叢書《天學初函》。1625年，當《大秦景教流行中國碑》發現後，他寫了《讀景教碑書後》一文，是最早敘述景教來中國傳播的文章。
楊廷筠（1557～1627），浙江仁和人。1602年在北京結識利瑪竇以後，受其影響，由信佛改信天主教，曾撰寫不少宣揚天主教的著述。當利瑪竇死後，明朝政府一些官員發動“南京教案”打擊天主教勢力的時候，楊廷筠同徐光啟等人一道，為天主教辯誣，並保護了一些傳教士。
明朝末代皇帝崇禎即位後，徐光啟受到信用。徐光啟立即向皇帝建議，用傳教士幫助修改曆法。中國曆代統治者一貫認為天象的變化代表著國運的吉凶，把製定曆法當作國家的一件大事。明朝實行的《大統曆》，實際上是沿襲了元朝郭守敬的《授時曆》。年深日久，錯誤百出，用來預測日月食往往失誤。崇禎皇帝采納了徐光啟開設曆局、修訂曆法的建議，並任命他監督此事。徐光啟推薦的傳教士龍華民和鄧玉函，也獲準參加了修改曆法的工作。鄧玉函是德國人，是當時在華傳教士中最博學的。他和著名的物理學家伽利略、天文學家開普勒是很好的朋友。可惜他在曆局隻工作了幾個月就去世了。鄧玉函去世後，徐光啟又推薦湯若望和羅雅穀到曆局工作。湯若望在1642年還幫助明朝製造火炮。由於修訂曆法、製造火炮，使傳教士得以在明朝供職，甚至可以出入皇宮，所以天主教漸漸深入宮廷之中。一些嬪妃、皇子和太監都信奉了天主教。據估計，當時皇宮內天主教徒達540人。全國各省也幾乎都有傳教士和教徒。除了耶穌會以外，方濟各會、多明我會教士也到中國傳教。1644年，清兵入關後，明代宗室在南方先後建立了幾個政權，曆史上稱為南明。為求自保，南明政權實行親天主教政策，多次企圖通過傳教士向西方求援。如意大利籍的耶穌會傳教士畢方濟被南京福王政權派往澳門向葡萄牙人借兵。福王政權垮台後，又受命於福州唐王政權。不久，唐王政權覆滅，畢方濟又投奔了南明永曆政權。永曆政權大臣瞿式耜、焦璉和太監龐天壽都信奉天主教。後來，連皇太後、皇後和新生的太子都成了天主教徒。畢方濟受永曆政權的委派，由龐天壽陪同前往澳門求援。1646年，澳門的葡萄牙人發兵300名，攜帶數門火炮，前往桂林助戰。1648年，當龐天壽再次赴澳門求援時，葡萄牙人又贈予火槍100支。後來，服務於永曆政權的另一名波蘭籍神父卜彌格又受皇太後派遣，直接前往羅馬教廷請求援助。
清朝初年，統治者對天主教和西學大體上采取了寬容和開明的政策。例如，曾為明朝修曆、造炮的傳教士湯若望，在明朝亡後仍然留在北京，為清朝新政權服務，並被任命為清朝欽天監首任主管官員。他與南懷仁繼續修訂曆法。新編的曆書定名為《時憲曆》。康熙初年（1662），發生了欽天監教案。徽州人楊光先撰文攻擊天主教，並於1644年誣控湯若望謀反。湯若望和一批涉嫌的傳教士被捕入獄，有的被處死，有的被流放，湯若望本人也病故。楊光先則被任為欽天監監正。直到1668年，康熙再命楊光先和傳教士南懷仁分別測出正午的日影。結果，楊光先測得極不準確，而南懷仁則測得分毫不差。於是康熙皇帝將楊光先免職，由南懷仁主持欽天監工作。湯若望的冤案也獲得昭雪。此後，在相當長的一段時間，康熙皇帝對傳教士頗為信用，對西學，特別是數學十分喜愛，對天主教也相當尊重。隻是由於後來羅馬教廷完全不顧中國國情，蠻橫幹涉中國人民的禮儀習俗，禁止中國的基督徒祭祖尊孔，挑起了所謂“禮儀之爭”，康熙皇帝、雍正皇帝才改變態度，禁止天主教。