李秀成投降書的原稿在後世一直不為外界所知。當時李秀成被害後，曾國藩命人將他的《自述》刪改、謄抄了一份上報軍機處，這份謄抄的文本後來由九如堂刊刻，即所謂的“九如堂本”。至於原稿的去處，世傳曾國藩既沒有將其上交朝廷，也不肯公開示人，而是私下扣留。他的後人也對此諱莫如深，嚴加保管，對外人一概保密。當曾國藩的刻本問世後，人們就對其真實性提出了種種懷疑。有人從根本上否認了這個投降書的真實性。如《太平天國革命親曆記》一文說：“1852年，在太平軍占領南京以前，滿清官方即已捏造一篇他們名為《天德供狀》的文件，偽托是叛軍領袖的供狀，謊稱他們俘獲了這個領袖。《忠王自述》很可能也是同樣靠不住的。這篇文件或為某個著名的俘虜所偽造（他可能因此而得赦免），或為兩江總督曾國藩的狡猾幕僚所偽造。”呤認為李秀成投降書根本就是別人偽造的，甚至李秀成被俘虜一事也可能是偽造的。
1944年，廣西通誌館的呂集義來到湖南湘鄉曾國藩的老家，在百般請求下終於在曾家的藏書樓中閱讀到了投降書的原稿，抄補了5000多字，還拍攝了14幅照片，之後根據這些文字和原來“九如堂本”的2.7萬多字出版了《忠王李秀成自述原稿校補本》。羅爾綱先生根據呂氏的校補本和照片進行研究，寫出了著名的《忠王李秀成自傳原稿箋證》。該書以筆跡、語彙、用詞、語氣、內容等方麵的鑒定作為依據，指出曾國藩後人出示的李秀成《自述》的確是忠王的親筆。例如，羅爾綱先生一字一句、一筆一劃地拿“原稿”和龐際雲收藏的李秀成親筆答詞28字真跡對照，還征求了筆跡鑒定專家的意見，最後斷定“原稿”是真品。從內容看，“原稿”十分清楚地描述了從金田起義到天京陷落14年間的每個過程和細節，這是曾國藩難以捏造的。此外，羅爾綱還指出，“原稿”的稱謂大都遵循太平天國的製度，這也不是旁人能夠清楚知道的，曾國藩等人也不可能做到自然地遵守。而“原稿”中大量的李秀成家鄉的方言，更是曾國藩等人無法偽造的。
羅爾綱的這一觀點曾一度成為定論，但是，隨著曾氏後人所存的“原稿”的出版，更多人看到了《李秀成自述》的全貌。在20世紀的80年代前後，學術界再次掀起了一場論戰，如榮孟源曾經兩次撰文斷定這份“原稿”並不是李秀成的真跡，而是“曾國藩修改後重抄的冒牌貨”。他的理由主要包括以下幾點：
首先，根據其他史料記載，李秀成的自述一共寫了9天，每一天若幹頁。按照常理，全文應該有8個間隔，但是今天所見的《李秀成自述》“原稿”的影印本文字相連，每天都寫到最後一頁紙的最後一行字，看不出每天的間隔。何況，既然是每天各交一些，真跡就應該是散頁或分裝成9本，但是今本卻是一本裝訂好的本子。由此可以推測，所謂的“原稿”顯然是曾國藩派人將李秀成每天所寫的真跡彙抄在一起的。
其次，根據很多材料的記載，李秀成當時寫了5萬多字，然而今天的“原稿”影印本卻隻有3.6萬多字。那少了的1萬多字到哪裏去了呢？顯然應該是被曾國藩撕毀了的。既然是被撕毀，那麼“原稿”的內容就應該上下不相銜接。可是在影印本中，每頁都標有頁碼，整齊清楚，並且前後內容完全相連，人為的痕跡十分明顯，顯然是刪節後的抄本。
第三，從寫作的形式等方麵看也有問題。太平天國有嚴格的書寫規定，而“原稿”的影印本中出現的“上帝”、“天王”等詞多數並不抬頭；一些該避諱的時候不避諱，不該避諱的時候卻避諱了，如凡“清”字均不諱，而不該諱的“青”卻寫成了“菁”等。這些顯然都是違背太平天國的避諱製度的。何況，這樣的筆誤在“原稿”中出現的次數很多，不能簡單地看成是筆誤。
針對榮孟源的意見，也有人提出反對。陳旭麓認為，我們不可能設想當時的李秀成好像後來的作家一樣，有一個每天分節寫出的章節安排。至於書寫形式，李秀成作為一個成年人早就已經形成了通行的書寫習慣，盡管他熟悉太平天國的書寫格式，但因疏忽犯諱，並不奇怪。
說曾國藩作假也不合情理，他若要作假應該是在上報軍機處和刊刻的時候就完成，何必造個假東西當做寶貝傳之後代？曾氏後人又何必要將這個顯然會招來眾議的假東西公諸於眾？而錢遠熔認為這個“原稿”不僅是李秀成的真跡，還是完整無缺的。曾國藩隻對它進行了刪改，並沒有撕毀或是偷換。
對於錢遠熔“完整無缺”的觀點，羅爾綱先生雖然不同意，認為“原稿”確實有被曾國藩撕毀的地方，但他仍然堅持“原稿”並不是冒牌貨，是李秀成的真跡。
不僅國內學術界對《李秀成自述》的真偽爭論不已，國際上也有很多人予以關注。
1978年，國際友人路易·艾黎即對此發表了自己的看法：“如果像曾國藩這樣一個肆無忌憚的賣國賊官吏竟然會不去充分利用被俘的李秀成來進一步達到自己的目的，這是絕對不可思議的。他可以先鼓勵李寫下他本人的曆史，然後再通過他的專家在同樣的紙張，以同樣的文風，添加上有害於太平天國事業的東西。之後，在顯示他本人寬宏大量的同時，對全部東西加以剪裁。”他又說：“由於自首書是經過篡改的，所以，曾國藩對它的完整性顯得異常的神經過敏。他曾命令其家屬不得給他人看這份自首書。我曾親自在上海聽見過他的孫子說過這件事。”還有一些國外學者持與此相反的看法，認為今天所見到的《李秀成自述》確實是李秀成親手寫的，等等。