此間，河西走廊地區的肅州(酒泉），被以青海回民獵戶馬文錄為首的回民等占據，他們與白彥虎起義軍遙相呼應，使清王朝派往“督剿回匪”的左宗棠、金順、劉錦棠等部，處於東西夾背受敵、窮於應付的被動局麵。左宗棠向清王朝哀歎：“甘肅土匪二十萬，蔓及延、榆、綏一帶”，“凶杆殊常”、“而玉關內外竟無完土，軍民之勤勞塗炭亦極矣！”至1871年五月，白彥虎的回民起義軍轉戰於青海金積堡，隨後進入河西走廊，迅速與馬文錄部會合，以肅州為據點，籌劃出關西征，以打通到新疆的通路。七月，起義軍派馬長順率軍一部出嘉峪關，首先占領安西，隨即揮師敦煌。在敦煌東北隅秦安坊一帶，起義軍受到清軍副將李天和部的堵截，雙方經過激戰，結果清軍潰敗，逃回敦煌縣城倚城固守。馬長順急攻敦煌城不下，派人進關求援，起義軍遂派鄒阿訇帶兵3000餘人至敦煌接應，兩部兵將合一將敦煌城團團圍住。兩軍相持半年之久，終因防守嚴密，攻城不破；且清軍堅壁清野，起義軍糧秣斷盡，隻得撤兵而退。
1873年春，白彥虎親率回民起義軍萬餘人，再次出嘉峪關圍攻敦煌。清軍調集四個統領的兵力和起義軍對抗，在北鄉張家堡子展開激戰。起義軍將士英勇頑強，奮不顧身，當場擊斃清軍統領李宗經，活捉統領胡鵬飛，殺死殺傷清官兵數百人，繳獲輜重馬匹無數。經此一戰，清軍魂驚膽喪，龜縮於敦煌城衝，再也無力和起義軍交鋒。兩軍再次相持半年之久，起義軍也難以破城取勝0最後，清軍派人出城講和，由清官軍出糧200石，贖回被俘的統領胡鵬飛，並相約在縣城北郊漳縣廟一帶設立市場，準許敦煌老百姓和起義軍進行以物換糧等各種交易。緩兵之計即成，左宗棠迅速調集數倍於起義軍的兵力，親自到肅州督戰，以斷白彥虎後援。據占肅州的馬文錄孤軍無援，城破被殺，起義軍遭到殘酷鎮壓，“肅州回族，誅戳殆盡，屍骸枕藉。
肅州既破，圍困敦煌的白彥虎自成孤軍，最後隻得撤圍，沿古絲綢之路南道竄入新疆。
白彥虎是著名的陝西回民起義領袖之一，起義之初“一呼而聚有數萬之眾”。但起義後，沒有明確的政治綱領和軍事路線，起義軍缺乏嚴格的訓練的嚴密的組織紀律，隻知其攻城掠地，似打家劫舍，又不分良善亂殺漢人，引起民族紛爭，因而失去了大眾的支持，以失敗告終白彥虎本人進新疆後，最終投降了英帝國主義扶殖的阿古柏，墮落為民族的罪人。
清光緒三十年至三十三年(公元1904-1907年），敦煌爆發了農民的抗糧鬥爭，這是一次農民自發地反抗殘酷封建剝削的鬥爭，在敦煌近代曆史上寫下了光輝的一頁。
敦煌自雍正時移民遷戶以來，清政府規定自領荒之年算起，三年後才征田賦。當時，廣大農民辛勤勞動，精耕細作，莊稼連年豐收，糧食總產量已達20萬石以上。由於糧多人少，致使糧價很低，關內酒泉、高台等糧食商販乘機賤價收購謀取厚利。陝甘總督查朗阿，見有利可圖，於雍正七年（公元1729年）奏請清廷準允：“由司庫發銀，就地采買糧穀”，以補“關外軍糧不足”。清廷批複：“若有將盈餘之穀情願出糶者，著動支官銀，照市價購買，存儲公所”，“不可勒令糶賣，生事滋撓”。但查朗阿硬性規定，農民每份地除納屯糧外，另納采買糧千石後，由官府發給1440文銅錢統一定購，不管糧食豐欠、物價浮動，“屯采並納，永為定例”，且“此項采糧所得盈餘，即為地方各官公私費用”。至後來，連采買糧官價，也被扣發，無形中農民每份地增加了4石糧(約800公斤)的沉重負擔。
敦煌農民多次對此提出抗議，並上書清政府，要求取消這一不合理負擔，但官府要麼置之不理，要麼暴力壓服，此矛盾終未解決。
淸光緒三十年(公元1904年），敦煌縣監生張鑒銘、武舉張壺銘兄弟，聯合生員朱永和及農民謝全、謝大倫等20餘人，聯名呈請敦煌縣署，要求免除采買糧。敦煌縣令汪宗翰不但不肯允準，還捏造“斂錢包訟，把持會款，隱種官田”的罪名，將朱永和等三人投入監獄。以張壺銘為首抗糧群眾上訴安西州、安肅道，並多次聚眾請願要求放人，無任何效果。
光緒三十一年（公元1905年)夏，張壺銘、李正貴一麵派人上訴甘肅省垣，一麵醞釀組織抗糧團體，分赴四鄉號召農民抗交采買根。
當時擔任陝甘總督的滿族大吏升允，恐怕激起人民更大的反抗鬥爭，被迫調走知縣汪宗翰，另派黃萬春代理政務。黃萬春軟硬兼施，無奈群眾的抗糧呼聲日益高漲繼起，甘肅督署又免黃萬春，再派王家彥代替，以圖撲滅洶湧的群眾抗糧鬥爭。