慈禧對漢臣的倚重，首推曾國藩和李鴻章。重用曾國藩鎮壓了太平天國運動，清政府才有喘息的機會和外國列強打交道。而當時與列強周旋的清廷人物首推李鴻章，李鴻章為收拾八國聯軍之役的殘局和列強周旋時累死，結束逃亡生活在回鑾途中的慈禧太後“為之流涕”，“震悼失次”。慈禧重用的漢人有不少，其中備受器重的典型人物有：曾國藩、左宗棠、李鴻章等。據《清鑒》記載，此風氣一開“白軍政吏治，黜陟賞罰，無不谘詢。故卒能削平大亂，開一代中興之局”。因而。重用漢人不僅使得很多能人誌士可以效忠清政府，更重要的是，也有效地在一定程度上化解了民族之間的傳統矛盾。
在內政方麵，慈禧是一個在各種政治勢力之間回旋縱橫的政治家，她有個基本的執政底線，即不能威脅其個人的權力。在此基礎上，她一直支持洋務派，但是又經常遭到清流派和頑固派的抵製。為了平衡朝中各派係之間的爭鬥，慈禧也是煞費苦心。中法戰爭期間，清流代表人物張佩綸高論戰事，指手畫腳，對洋務派的軍事外交政策不屑一顧。慈禧乃順勢任命張佩綸為“會辦福建海疆事宜”大臣，借以教訓他的狂妄，最後張佩綸臨陣逃跑。由於慈禧的支持，洋務運動才得以衝破重重阻力向前發展，成為中國近代化的開端。
1898年，在光緒皇帝的主導下，華夏大地進行了一場聲勢浩大的變法維新——戊戌變法，但最終變法還是在慈禧的幹涉下失敗了，清廷也失去了近代史上最後一個振興的機會。慈禧並不是一開始就反對變法。光緒皇帝在變法開始的時候，曾經頒布一個叫《明定國事詔》的詔書，這是請示過慈禧並且得到慈禧認可的。慈禧表現得相當激進，還送了六個字給光緒“今宜專講西學”。慈禧是讚成變法的，主張學西方的先進技術。
當時維新派和頑固派有一場關於要不要廢除八股文的爭論，雙方各執一詞爭論得很激烈，最後慈禧一語定乾坤：八股文應該廢！於是才有了維新變法中廢八股文的內容。慈禧對教育和人才也是非常重視的，她在洋務運動的時候就力主創辦天文算學館，在戊戌變法時同意創辦京師大學堂，即使變法失敗後唯一保留的還是這所學校。1904年京師大學堂選派首批47名學生出國留學，這是中國高校派遣留學生的開始，中國近代很多知識分子就是從這裏走向世界的。
但是慈禧的變法有一條不能夠超越的底線，就是不能夠損害慈禧本人的權力，不能夠損害滿洲貴族的利益，步子不能走得太快，而且最重要的是不能夠涉及政治體製方麵的改革。而維新派在短短一百天左右的時間裏就頒布了一百多條詔令，想把日本明治維新二十年走過的路一夕走完，改革的步子太大太過急進，這必然與慈禧本人的權力、滿洲貴族的利益發生衝突。康有為等人還想繞過慈禧進行變法，依靠變法成功的力量將慈禧的權力全部奪走，實行光緒帝真正意義上的親政。這已經激怒了嗜權如命的慈禧，於是她開始對變法進行鎮壓，將光緒帝軟禁在瀛台，把譚嗣同等六君子殺害。新興的勢力與保守的勢力由對立而火拚，最後是維新變法灰飛煙滅，慈禧太後第三度垂簾聽政，而且這次與前兩次不同，前兩次都還有一個小皇帝坐在朝堂上，她是隔著簾兒在旁遙控，這次是把光緒抓起來，自己坐到朝堂上處理政事，因而這次又叫“臨朝聽政”，或者“親政”。
光緒帝被軟禁後再難以有所作為，慈禧吸取教訓牢牢將權力抓在自己手裏，窮其一生再也沒有進行任何形式的變法改革，大清國就此完全失去了希望。
1900年，義和團起事，仇殺外人，引起英、俄、法、德、美、日、意、奧八國共組聯軍攻陷北京。慈禧沒有固守京師抵抗外強入侵，而是帶著光緒帝逃亡西安，逃出北京時慈禧秘密處死光緒的愛妃——支持戊戌變法的珍妃。1901年，清政府在北京與各國簽訂《辛醜條約》，在十二條款項中以賠款一項為最重，數目高達白銀四億五千萬兩，是不平等條約中最苛刻的。至此，中國半殖民地半封建社會完全確立。