五運六氣學說是中醫學術的奇葩，既是醫學氣象學理論的嚆矢，又是獨具特色的疾病預測學，閃爍著中醫學術的思想光芒。它首次提出了疾病預測的可能性和具體方法，成為中醫理論體係中引人矚目的重要內容。如何以繼承發揚的態度，推陳出新，運用現代科學的技術和方法發展完善這一學說，提高其在當代疾病預測方麵的意義和作用，是一個值得思考探索的問題。
首先，應該充分肯定運氣學說從疾病與氣候相關關係研究疾病的預測方法這一學術思路的正確性，並以此作為預測疾病發生、流行和發展變化的基本出發點。現代氣象學和地球科學、天體物理學等學科的研究業已證明，自然界不少影響氣候的因素具有相對穩定的變化規律，氣候的周期性變化是客觀存在的。因此運氣學說關於“時間—氣候—疾病”的線性函數關係的認識亦是正確的，通過氣候作為中介，由時間預測疾病的思路切實可行，應當繼承發揚。同時，亦應該認識到：自然界的運動變化極其複雜，既有序又無序，既在意料之中又每出意料之外。疾病預測亦與天氣預報、地震預測等一樣，屬於對自然界運動變化趨勢的前瞻性研究，要求其預測結果絕對準確是不可能的。然而這種前瞻性預測又是醫學實踐之所必須，對因時製宜防治疾病具有重要指導意義。不可因為用運氣推算方法推測某些地區或某一時段的氣候變化和疾病流行時，其結果與實際情況有不合之處，即持草率否定、拋棄的態度。
古代醫家創建了五運六氣學說，成為醫學氣象學和疾病預測學的前驅。與其他科學理論同樣，在其學說構建之初，難免存在著粗略性和局限性，這亦是後世用以預測氣候和疾病而時有不甚準確的原因所在。站在當代學術的高度審視這一學說，可見到影響其預測氣候和疾病的準確性的原因有如下三方麵：
第一，運氣學說描述和研究的是一千多年前的氣候環境和在這種氣候環境影響下的疾病情況。氣象史的研究表明，氣候變化既有較短周期，亦有較長周期，古人限於認識能力和技術條件，無法了解成百上千年的氣候大周期，因而運氣學說研究的隻是六十年以內的氣候小周期。而古今氣候差異則影響了原有預測方法的準確性。至於古今疾病譜的變化則更為顯著，隨著醫學科學的進步，曆史上長期居於發病首位和作為主要死亡原因的感染性疾病，已在很大程度上得到控製，而生活方式的改變、環境汙染導致的癌症、心血管疾病、糖尿病以及新出現的傳染病等，已經獲得“現代病”的稱謂，並成為主要死亡原因。古今氣候和疾病譜的差異，是傳統運氣推算方法不能準確預測當代氣候和疾病變化趨勢的一個重要原因。
第二，氣候和疾病不單受時間因素，同時亦受地理因素的影響，我國幅員廣闊，地理形勢複雜，因此氣候的地域性差異相當顯著，《素問·異法方宜論》對此有過精辟論述。關於氣候的南北差異，前人有“百裏一日”之說，似可作為修正參考值，但僅對於四時正常氣候而言，異常氣候則每為具體地理條件所決定而缺乏普遍規律，曆史上常可見到的同一年份的南澇北旱或者南旱北澇就是最明顯例子。“七篇大論”的作者根據其所在地區的氣候和疾病變化情況製定出來的運氣推算方法，隻考慮時間因素而沒有考慮地理因素，對於其他地區來說，其準確性當然受到影響。