公元3500年，經曆了長達一百年的地球戰爭，神羽帝國一統全球，到此戰爭終結，人類過上了和平的生活。
公元3505年，王室正式瓦解，神羽帝國開始實施公民議會製度，政權的轉交預示著人類新時代的來臨。
公元4000年，科技高度發達，人類開始星際殖民的“星紀元”時代，那年也被稱為星紀元年。
公元5000年，人類已經擁有八個殖民星，進入了空前繁華的星際時代。
公元5100年，一艘探測飛船到達一顆未知行星“德斯珀英那”進行勘探，目的是要確認這顆行星是否適於殖民或采礦。但飛船意外發現這顆行星上有某種遺跡的存在，應該是某種智慧生物留下的。
飛船將這一信息發送回母星地球，然後著手進行探尋。之後發生的事情沒有人知道，隻是從後來的推測中，人們認為遺跡中的某種裝置受到這艘飛船的暗物質引擎影響而被激活或破壞，以至於釋放出了後來被稱為“X物質”的一種東西。
這艘飛船被X物質同化吞噬，整艘飛船包括乘員都轉化為了半正常半魔質的存在。在同化了人類之後，一部分魔質獲得了意識，知道了殖民星球的存在，於是駕駛著這艘魔質之船朝我們的母星地球出發，就這樣在短短的幾天內，星球受到X物質的侵襲，全部失守！
為了生存，我們僅存的人類把一顆小行星炸成八塊，邊抵禦被X物質感染侵蝕的感染者，邊著手建立8艘方舟太空母船，公元5101年六月，完成之後，僅存的人類乘著方舟，開始在太空逃亡流浪，那又是為新紀元“星海紀元”的開始，被稱為星海元年。
星海27年，方舟2號阿格萊亞號與其他方舟失聯，開始了孤獨又漫長的星紀旅行。
星海28年，阿格萊亞號到達了一顆目標行星阿卡迪亞。對此行星做了簡單的探索後，發現這是另一處星際遺跡。在此遺跡中，也有X物質以休眠或稱為封印的形式存在。
不過這次人類吸取了教訓，沒有貿然將其驚醒。在這個遺跡中，阿格萊亞號發現了“歐米加文本”，對其破譯後了解到了關於X物質的詳細資訊。
歐米加文本以五種外星文字寫成，因而能夠根據詞頻分析猜測出一些關鍵的文字含義，比如數字等。假設五種外星文字是同一段話的翻譯，後證明正確，根據這個文本進行機器語言分析後，就了解了文本的意義。
但是因為沒有聲音，人類甚至不知道外星人是否會發聲，所以對一些專有名詞隻能根據人類語言隨意命名。五種語言中，四種屬於被X物質所消滅的文明，可能仍有一些幸存者，但文明本身斷絕了。
最後一種屬於一個被人類命名為“歐米加”的文明，位於埃裏希姆星係，它們戰勝了X物質，但無法將其消滅，而是將之封印在那些被侵染的原文明星球上。
根據歐米加文本，了解了X物質的本質，以及應對方法。人類開發出了暗物質共軛相位武器，也學會了對星塵的利用，終於有了一定程度的自保之力。
接著，肩負延續人類文明的重任，阿格萊亞號決定利用克隆技術和基因優化來培育新一代人類。
星海44年，星海學院建立，天機院、神禦院、龍皇院負責培育不同技能的新人類。
星海50年，星辰部隊正式成立，人類終於開始真正意義上對感染者進行反擊。
星海60年，新一批的孩子又被集結起來了，他們當中既有熱血少年，也有天才少女；既有阿格萊亞統治者後代的高等人，也有地下城出生的劣等人……