信長的上京，是在極密中進行的。所以信長才會掉以輕心，連一個探子也不派，沒有發現光秀軍改變方向這種難以置信的事。
信長的放鬆警衛，進京住在本能寺，正好達到了目的。暗殺的日期已定，一切籌劃都是高度機密。就連把信長引誘到京都的近衛前久，從他事後的行動看來，他並不知道暗殺計劃。以至於前久得知本能寺之變大吃一驚，才恍然大悟自己被利用了，於是削發為僧，號龍山，14日出逃躲到嵯峨。風傳他因信長暴斃受到刺激，也有人說在山崎合戰後他被秀吉、織田信孝懷疑，為逃避處刑，後來逃往遠江浜鬆，尋求家康的庇護。
朝廷秘密實施暗殺計劃的首腦恐怕是吉田兼見。他是吉田神社的神主，和光秀很親密，時刻向光秀傳遞信長的情報。當朝廷確知信長離開安土前往京都，就把暗殺定在6月2日淩晨。在京都——安土、京都——龜山間遞送情報的，大概就是經過“天正伊賀之亂”，對織田信長恨之入骨的伊賀忍者！同時，與朝廷、朝臣們交好的堺市會合眾的富商兼茶人今井宗久、津田宗及，以及和他們有關的連歌師裏村紹巴、裏村昌叱等人也開始行動，明裏暗裏協助明智光秀。
有著與光秀共謀嫌疑的渡來人——豐臣秀吉忍者出身
如果本能寺之變的幕後主使是朝廷和公卿，那在武將裏有沒有光秀的同謀呢？
最大的嫌疑犯應該是豐臣秀吉。而豐臣秀吉本身，就是渡來人出身。秀吉被大多數人排除在疑犯名單外的最大根據是他有堅不可摧的不在場證明——本能寺之變發生時，秀吉正在備中高鬆。但是，不在現場並不意味著他在整個暗殺陰謀中是清白的。首先令人懷疑的是，秀吉采取的迅捷行動，給人感覺似乎他預先知道事件的原委。
對於豐臣秀吉，人們普遍最熟悉的，正是他是農民的兒子。據說他是尾張國愛知郡中村農民的兒子。父親彌右衛門以前在信長之父織田信秀手下任鐵炮足輕，作戰中留下了傷，後來身體殘疾，解甲歸田，死於天文十二年。
天文十二年正是鐵炮傳到種子島那年，如果說在那之前彌右衛門就當過鐵炮足輕，年代上有出入。據說在鐵炮傳來前，有一種叫石火矢的原始鐵炮。石火矢是一種筒狀火器，傳入日本的時間不明，但室町時代已應用於實戰中。實際上，葡萄牙船把鐵炮帶到種子島之後一年，日本就成功研製出了鐵炮；兩三年後鐵炮製造技術普及到了全國。這足以證明當時的鍛造技術高超，有足夠的基礎。而這些鍛造技術，自然源自於忍者的源頭——渡來人。
信長很重視鐵炮，例如人們熟悉的長筱合戰。天正三年，信長組建了日本最早的鐵炮隊，這背後不免有他父親的影響。信秀時代極可能擁有使用石火矢的部隊。
另外，傳說彌右衛門是因幡的忍者。我們知道，戰國時代，武將雇用很多忍者偽裝成山民，搜集情報、搞偷襲戰，在後方製造混亂，彌右衛門說不定也是其中一人。
或許有了彌右衛門的關係，秀吉手下聚集了很多偽裝為山民的忍者。“中國大返し”秀吉之所以能取得奇跡般的成功，與秀吉部隊的主力有一大部分是山民軍團是分不開的。
為什麼說豐臣秀吉有嫌疑呢？
還是因為秀吉的渡來人出身。之前已經提到，信長闖入比睿山日吉大社，把號稱一百零八社的天台護法社全燒了。比睿山日吉山王社是全國日吉神社的總本社，祭祀大山咋神。古時，比睿山周遭居住了許多秦氏族人，很可能也參與了創建。
日吉大社的中心是西本宮，請的是大和國大三輪的大己貴神，與山嶽崇拜深有淵源。猴子被認為是神的使者，秀吉幼名日吉丸，外號猴子，和日吉大社的關係非同尋常。
而且秀吉後來確實於天正十四年（1586年）修建了西本宮正殿。天正十四年是秀吉當上關白，設五奉行的第二年。這一年初和家康簽訂了和議，正是稱霸天下的時候，就首先著手修建日吉大社本宮。
信長燒毀日吉大社，被安上“佛敵”的頭銜後，信奉山嶽信仰的渡來人中工匠與忍者們是不是暗中向秀吉進言謀殺信長呢？在信長手下步步高升的秀吉，同時也肩負著這些渡來人鄉親的囑托。
所以，雖然秀吉深受信長寵信，但和家康一樣，也不能排除在嫌疑犯之外。
影響戰國進程的忍者
“中國大返し”——這一堪稱奇跡的大撤兵直接導致秀吉最後奪取天下。在他成功的背後，離不開毛利氏的外交僧安國寺惠瓊。
惠瓊曾預言信長將來會“爬得高，跌得重”。他是安藝國銀山城主武田氏的遺族，武田氏滅亡後四處流浪，最後入了臨濟宗東福寺。後來，博學善辯的惠瓊回到安藝安國寺。秀吉水攻高鬆城時獲知本能寺事變，欲和毛利軍談和，惠瓊作為使者從中斡旋。
惠瓊為何進了與妙心寺派關係深厚的東福寺，這不得而知。當時的僧侶不僅給戰國大名傳遞情報，還在對立的大名之間充當中介。惠瓊所在的東福寺屬於臨濟宗，明智光秀緣出妙心寺派，亦屬臨濟宗，兩人之間很可能有密切關係。而且，天正元年（1573年），毛利輝元為足利義昭和信長調停時，惠瓊也為之奔走，會見了信長的使者秀吉、朝山日乘，所以和秀吉是老相識。