負責執行上忍的指令進行作戰指揮的中忍，大都從優秀的下忍升級而來。這些忍術技能、身體素質等方麵都十分優秀的中忍，大都在任務中起到重要的作用。他們通過豐富的經驗和卓越的能力，進行戰術部署，協調各個下忍的能力，並根據各下忍不同的實力和專長，將其安排到最適合的位置。
一個忍者家族或組織裏，數目最多的就是處於階級最底層的下忍了。這些下忍，自出生起，就被注入了效忠上忍、保護全族、全組織利益的信念，而且從小就開始進行嚴酷的忍術學習。經過一番優勝劣汰的考驗，才能成為忍者家族或組織裏最重要的戰鬥力量——下忍。
後來隨著德川家康統一日本，忍者也正式進入國家政府編製。在江戶時代，忍者根據職能的不同，又有以下階級分支：廣敷伊賀者、明屋敷番伊賀者、西山丸伊賀者、小普請方伊賀者、火槍百人組、伊賀組與力、伊賀組同心、甲賀組與力、甲賀組同心、目付配下、徒目付、小人目付、將軍直屬、禦庭番……
在這其中，第八代將軍德川吉宗所設立的“禦庭番”這個職位，可以說是有史以來忍者最高的官職了。吉宗設“禦庭番”官職的主要理由，是因為從家康以來為幕府服侍多年的伊賀及甲賀忍者逐漸丟失了忍者的最主要作用。而繼承幕府將軍寶座卻身為德川家支流的吉宗，為了保證今後所屬的紀州家可以世世代代繼承將軍，所以又將忍者的間諜親信作用重新應用到身邊。設立“禦庭番”這個職位，可以說是一舉兩得，既可以向將軍提供不同政見者動向等重要情報，也彌補和強化了將軍手中的實際權力。
暗夜中的玫瑰——女忍者
隨著謀略在對抗中的不斷提升，忍者在軍事策略中需求的加大，忍者中出現了一個新的分支——女忍者。女忍者日文“くノ一”（Kunoichi）實際上是代表女性的忍者暗語，使用女色來實行任務被稱之為“くのいちの”（女忍之術）。在現在的小說、漫畫、遊戲中，“くノ一”已經成為女性忍者的統稱，普及程度已經相當廣泛。
稍微熟悉日語的人可以發現，女忍者的日文寫法相當有趣。“くノ一”是把漢字的“女”分解成“く”“ノ”和“一”，而所分解出這三個字，第一字為平假名，第二字為片假名，第三字為漢字。這個“女”字的分解，正是“くノ一”女忍者這個名稱的語源的廣泛說法。從這個小小的“くノ一”上，中國文明對於日本文化的影響可見一斑。
“くノ一”的語源還有其他幾種說法，例如，“くノ一”的正寫其實為“九ノ一”（九之一）。人體有眼、鼻、口、耳、肚臍、肛門9個穴口，相對男性，女性則多了一個陰道，因此被稱為九之一。不過這種說法也有眾多反對的聲音，如人體穴口還有尿道，肚臍也非一穴等。另外還有一種說法，“くノ一”本身出自忍者小說家山田風太郎之手，隻是文學創作，並沒有暗號的意思。
在大眾文化中，女忍者常被描述成穿著黑色連身絲襪。這種印象的源頭來自忍者與西方騎士戰鬥所裝備的鎖帷甲和鎖子甲。而連身絲襪除去保護身體和保暖的作用外，還可以襯托出女性的線條美。結果女忍者的鎖帷甲與絲襪合二為一，成為女忍者的指定穿著。20世紀90年代根據忍者小說家山田風太郎的作品改編的電影《くノ一忍法帖》中，女忍者外衣與黑色連身絲襪的打扮也因此成為日後銀幕上女忍者的原型。實際上，絲襪產生的年代與女忍者活躍的年代完全不符，女忍者穿絲襪執行任務完全是後天的藝術創作需要。
對於女忍者的作用，大眾的觀點一般都是女忍者主要是“受命於危難之時”——為了扭轉敗局而派遣出的特殊忍者。與很多人心目中的形象不同，事實上，女忍者大都不是身著傳統的忍者裝束執行任務的，她們多數是偽裝成女傭和侍妾獻給目標人物。這使得女忍者能夠接近對方以達到刺探機密情報和方便暗殺的目的。
與此同時，為防止女忍者愛上目標人物而作出背叛行為，常常有負責聯絡和監視的忍者與其共同行動，在察覺到女忍者有任何可能背叛的舉動時馬上將其殺死。著名的例子，就是傳說中安土桃山時代德川家康向政敵石田三成送出的女忍者初芽局。
曆史上重用女忍者的大名中最著名的是甲斐之虎——武田信玄，其手下有著被稱之為“步之巫女（歩き巫女）”的女忍者集團。
所謂步之巫女，是在日本各地巡回演出以歌舞藝人形象示人，不時獻身於男性的流浪妓女。戰國時代戰亂不斷，因此出現了大量的孤兒、被遺棄和失蹤的兒童。而在這些小孩中，武田信玄派人挑選身心素質都相當優秀的美少女作為女忍者，交由甲賀流忍術的名族，望月家的後人——望月千代女進行忍者培訓。武田信玄賜予望月千代女“甲斐信濃二國巫女頭領”的職位，在信州小縣郡禰津村的古禦館開設“甲斐信濃巫女道”的修練道場，有超過300名少女在那裏學習咒術、祈禱、忍術和護身術，以及當對手為男性時，引誘對手的房中術，最後以步之巫女的身份秘密地放置在各地進行諜報工作。因為步之巫女並無國境限製，全國任何地方都能自由往來。在全國各地步之巫女以唱歌跳舞亦不時賣春來收集各式各樣的情報，然後由聯絡人向信玄逐一報告。另一方麵，武田信玄擔心別國也使用類似的忍者來進行情報刺探，嚴禁手下家臣向登門巫女借宿，更嚴禁與其接觸。