嘉慶四年正月十一日，即乾隆崩逝後的第八天，逮捕和珅的第三天，朱皀接到嘉慶帝的諭旨，見諭旨封而用藍墨書寫，心內大驚。
清製，國喪期至除服的27日內，禁穿紅衣，禁掛紅旗，各衙門之間用的朱筆朱印改為藍筆藍印，上報朝廷的奏章在十五日後方可用朱印。
朱皀見到皇上的書信後，估計可能是乾隆駕崩，可是嘉慶帝卻隻要朱皀速速回京，並沒有別的詞語。朱皀也管不了許多，交了官印日夜兼程，馳往京都。十七日行到王莊，確知乾隆駕崩，又聞說嘉慶帝要守孝三年，急忙寫下奏章，令八百裏快馬馳奏，奏章略曰：
“臣聞知太上皇駕崩，肝膽俱裂，號呼上天，俯首搶地，悲痛難抑。轉念思想太上皇創下十全武功，享盡人間五福，又效法堯舜禪位，真可以說是功德圓滿而崩逝，太上皇也可告慰了，請皇上節哀，保重身體。
“臣聽說皇上想守三年之孝，這雖然是超越千古而做的讓萬世感佩的壯舉，但是，自古以來，最能體現帝王孝心的是繼承先皇的遺誌，把先皇創下的宏偉事業發揚光大。如今奸賊還未除掉，教匪禍亂正熾，臣懇請皇上麵對現實，摒棄迂腐的禮節，立即投身政務。
“親政之始，皇上要遠聽近瞻，運籌乾坤於博大的心胸之中，鎮定自若地維護朝綱，製定法規要縝密精細，一旦決定實行，要如滂淪大雨傾天而下，要如霹靂閃電光耀震響在天空，剛毅果敢要像太陽噴射而出的光芒，無可阻擋。若有同情惻隱之心，不應輕易流露；平時修養身心，要嚴格區分欺詐和真誠的界限；辨明一個人，要判斷他是君子還是小人。皇上若自己心地中正，朝廷清明，則禮義廉恥昭然於天下，五湖四海肅整一體。皇上要親自帶頭節儉，崇獎清廉，如此，則盜賊自然平息，財用自然豐富。
“麵臨奏表，淚如泉湧。臣願皇上以上天之心為心，以祖宗之誌為誌，時刻不忘像堯舜那樣心係天下百姓。
“臣昔日侍奉皇上讀書，十年離別，今又奉詔返京，臣怎敢不勉勵自己，竭盡心力，任皇上驅使？”
接到朱皀的奏章後，立即處死和珅，判福長安斬候，蘇淩阿退休，吳省蘭、李潢、李光去等革職，餘不累及。
十八日，嘉慶帝剛剛賜死和珅後，眼光迅速轉向軍事，立即提來四川義軍首領王三槐，親自審問。嘉慶帝問他為何造反，他隻回答四個字：“官逼民反。”無論如何再問，再沒有別的說法。嘉慶帝說：“四川的官吏難道都循私枉法嗎？”王三槐道：“隻有劉青天一個好官。”嘉慶帝道：“哪個劉青天？”王三槐道：“現任建昌道劉青天。”嘉慶帝又道：“隻有劉青天一個好官嗎？”王三槐道：“劉青天之外，就要算巴縣老爺趙華，渠縣老爺吳桂，雖然他二人比不上劉青天，還算是個好官，另外就沒有了。”
嘉慶帝感慨萬千，隨命將王三槐下獄，暫緩行刑。嘉慶帝馬上諭詔朝野：
“一百多年來，國家厚愛百姓，對百姓施恩布澤，百姓生活太平。如果不是被迫無奈，被逼得不得已，怎麼能不顧自己的身家性命，不顧妻兒老小，鋌而走險？這一切都是由於州縣官吏搜刮百姓，以奉獻給上司，而這些上司又拿這些東西饋贈給和珅。現在奸賊已經伏法，綱紀嚴明肅清，下情無不上達，各地官吏應依法廉明，不允許再勞頓百姓。隻是教匪脅迫良民百姓造反，等到遇到官軍的時候，教匪驅趕百姓在隊伍前麵，遮擋鋒鏑，甚至把他們剪發刺麵，以防止百姓逃脫，即使百姓們逃出來，也沒有住宿之地，鎅口之食，百姓進退都是死路一條，朕日夜為此事痛心疾首。自古以來，隻聽說過用兵於敵國，沒聽說過用兵於百姓。朕現在宣諭：各路賊匪中被協從的人，如果能綁縛賊首，獻給朝廷，不但寬免他們的罪過，而且可以邀取恩賞，如果能夠臨陣逃出或投降，也一定釋放他們回歸故裏，使他們安居樂業。百姓固迫勞頓到了極點，都想安居樂業，朕想，他們見了朕的恩旨，一定會歸順朝廷。
“王三槐所供四川省的清廉的官吏，除了劉清外，還有巴縣的趙華，渠縣的吳桂。朕即對他們嘉獎提拔以遂順百姓的心願。至於達州知州戴如煌，除了又老又病之外，剩下的隻有貪婪卑劣，他驅使胥役五千，以查邪教為借口，到處搜捕拘壓富戶，而對賊首徐天德、王學禮等，反而收到賄賂後把他們釋放，致使民怨沸騰。武昌府同知常丹葵，奉檄查緝，株連無辜百姓幾千人，使用各種慘酷的刑罰，勒索銀財，以致使聶人傑拒捕起事，對這些人都盡快地逮捕治罪。難民沒有田地住處的，勒保即督同劉清，考慮籌劃，妥善安置。朕的旨意，要讓川陝楚各地知道，不得有誤。”
詔書一下，內外官吏方才知道嘉慶帝平時對外邊的事情了如指掌。
隨後，嘉慶帝又削弱了軍機處的權限，一切軍政大事，都必須由皇帝一人決定，一切奏章，都必須直達禦前。麵對“軍機處”這片“真空”地帶，嘉慶帝命親王永蠰為軍機大臣，穩定政局。
不久，朱皀抵達北京，直奔永忠殿哭臨。皇上拉著朱皀的手痛哭失聲。多少年來他受了多少委屈，如履薄冰，戰戰兢兢，今日終於親政，可是百廢待興，如何做起，他焦慮，他不安，如今老師來了，他最信任的人來了，他能不痛苦失聲嗎？
嘉慶命朱皀值南書房，任戶部尚書。
朱皀第一個建議就是減免天下賦稅，平抑物價，又奏言曰：“寫詩作文詆毀本朝，就如桀犬吠日。聖上大公無私，如日在中天，什麼不能包容得下？如果把那些詩文毀棄或借此造成大獄，那麼私自藏匿的必定更多，這是堵塞治水的方法。”於是清朝文字獄至嘉慶而停息。
朱皀又奏道：“皇上，尹壯圖以耿直受到朝野的稱讚，先皇也喜歡他的憨直，何不把他詔到京師？”
尹壯圖見了嘉慶帝，第一道奏折就說道：“現在的當務之急，是蕩清白蓮教匪，但是，這還不是最根本、最急迫的，要想平息教亂，最根本最急迫的事莫過於整頓各省的吏治。現在各種陋習相沿，督撫司道經過所屬的州縣，隨從動輒百十人，公館五六處，索取各項供應，以致州縣借口向百姓攤派。京城出差的大員，經過下麵各省，督撫司道迎送，每天跟隨，不離左右，途中宴請不斷，吃喝不斷。每到一處地方都送上許多禮物，督撫司道衙門的鋪設器用、修理房屋，乃至坐的車子、轎子，喂養馬匹，以及涼棚煤炭，等等一切，巧立名目，由公款報銷，或者由所在州縣承辦，攤派到百姓身上，府衙設宴征歌，蓄養優伶，每一次宴會犒賞，竟多達百金，甚至府中也蓄童優，恣意作樂。這些風氣，如果不搜尋到作弊的原因，那麼最終這種弊端還是不能除去。近些年來，風氣日趨浮華，人心習成狡詐，屬員以討好巴結為能事，上司以下官逢迎為可喜，這種種事情，須要大刀闊斧，徹底整治。如果吏治日見澄清，賊匪自然消滅，賊匪不過是癬芥之疾，吏治實為腹心大患，決不能有病而諱疾忌醫。”
嘉慶帝和朱皀對“賊匪不過是癬芥之疾，吏治實為腹心大患”的說法極為讚同，於是嘉慶帝下決心整頓起吏治來。
首先，湖南市政使鄭源被揪出。他在湖南胡作非為，家眷竟有300多人，又專養著兩個戲班，貪汙的錢財更是天文數字，他首先被殺。
然後，雲貴總督富剛，恣意婪索屬下，貪汙公款，被處決。 隨後，湖北布政使揭發出湖北安襄鄖道員胡齊寵，經手軍餉，克扣肥己，浮冒報銷，私自饋贈。經手湖北襄陽局軍需419萬餘兩，並不按例專發，私自任意挪用克扣白銀29000兩。
隨著胡齊寵的案子逐漸深入，前方“和家將”也一個個地被推到台上。永保接受胡齊寵送銀6000兩、畢沅送銀2000兩。慶成受收贈銀後，已置房地產，而且貸借出一萬多兩。鄂輝收受饋銀4000兩。 於是永保、慶成、鄂輝均被抄家。隻是鄂輝已死，也不用逮捕了。 揭出胡齊寵案子的同時，代理四川總督魁倫奏稱四川軍營人員營私牟利，交結應酬，串通一氣，使兵丁糧餉不能及時發給。
嘉慶帝諭示道：“第一要緊之事係審訊經略大臣勒保，其次即嚴查福寧經手銀兩。湖北支用軍需為數不多，已有如此嚴重弊端，更何況四川的軍需比湖北多出好幾倍。”
魁倫揭發說：“福寧專任四川軍需之時，軍營之用冒濫，統兵大員奢靡無度，兵勇幾至枵腹。”
福寧見自己被揭發出來，首先把勒保扯連進去，他奏報道“勒保實在有克扣軍餉之嫌，每月軍餉幾萬兩，餉銀比其他各路軍馬都多，但是所剿滅的賊匪卻有減無增，這都是勒保疏於剿賊。”
嘉慶帝忽然間躊躇起來，若這樣一路地揭下去、打下去，軍隊豈不要換個底朝天？一時到哪裏找這麼多的領兵大員、地方大員？不如對他們示以寬宥，使他們倍加感奮，殲賊立功，他們若能知錯改錯，就予以獎勵，若仍有貽誤戰機者，嚴懲不貸。但現在必須對福寧揭出的問題有個交待，於是命令魁倫到達州視察軍事，查出實情後，再陳奏朝廷。
勒保前往魁倫處，說道：“你我同在四川時間不短，彼此最為熟悉，結為至交，有了什麼事，應互相幫助提攜才是，萬萬不可互相拆台。”魁倫自己屁股上也有屎，哪能不明白勒保這話的意思，若勒保被揪出，自己也肯定被他揭發出來，於是說道：“經略大人放心，我一定據實稟報朝廷。”
於是查了多天後，魁倫奏報朝廷說：“教匪賊數實際上是大大地減少了，隻不過他們大股分成小股，賊人的名子反而多起來，福寧處理軍需，多含混不清，一時也無法弄得水落石出。”
嘉慶帝看了魁倫的奏報，查不出什麼實據，福寧也沒有大問題，便不再糾纏經濟問題。但不久，福寧虐殺投降的教匪，實際是抗旨，嘉慶帝大怒，才把福寧解職。 但四川軍隊貪黷案，不了了之。
不糾纏於過去的軍需，不能讓他們再侵吞今後的軍需，也必須讓他們明白寬宥是有限度的，於是嘉慶帝又諭令道：
“和珅壓擱軍報，欺罔擅專。致各路領兵大臣，特有和珅蒙庇，虛冒功績，坐糜軍餉，多不以實入奏。姑念更易將帥，一時乏人，勒保仍以總統授為經略大臣，其川、陝、湖北、河南督撫，及領兵各大將鹹受節製，以一事權。明亮、額勒登保，均以副都統授為參讚大臣，另領各官軍，各當一路，有不遵軍令者，指名參奏。川楚軍需，三載經費，至逾七千餘萬，為從來所未有，皆由諸臣內恃和珅護庇，外踵福康安、和琳積習，在軍惟笙歌酒肉自娛，以國帑供其浮冒，而各路官兵鄉勇，餉遲不發，致枵腹無衤寫，牛皮裹足，跣行山穀。此弊始於畢沅在湖北，而宜綿、英善在川，相沿為例。今其嚴行察核，毋得再蹈前衍，致幹重咎？”
朱皀看過嘉慶帝的諭令奏道：“對軍隊中和珅死黨，不可不嚴逮治罪，以敝其餘。”嘉慶帝與朱皀討論了許久，便又下了個諭令：
“宜綿前後奏報，皆屯駐無賊之處，從來未與賊交鋒，且已老病，令解任來京。惠齡曠久無功，為賊所輕，著即回京守製。景安本和珅族孫，平日趨奉阿附，每於奏事之便，稟承指使，恃為奧援，剿堵皆不盡力，駐軍南陽，任楚賊犯豫，直出武關，惟尾追，不迎截，致有‘迎送伯’之號，甚至民裹糧請軍，拒而不納，武員跪求擊賊，不發一兵，為參將廣福麵誚，反挾憤誣劾，其獲封伯爵，亦攘道員完顏岱捕浙川邪教之功，張皇入奏，欺君圖上，誤國病民，著即拿解來京，照律懲辦。”
綜合兩道諭令，除了景安一人受到嚴懲以外，其餘人等並沒有過多的追究。有人已經看出嘉慶帝雷聲大雨點小，虎頭蛇尾的意思。偏偏就有一些人，沒有深刻領會嘉慶帝的意圖，這些人中，首先是內務府大臣，工部尚書那彥成。
那彥成，字繹堂，是大學士阿桂的孫子。被任命為欽差大臣赴四川督軍後，他一路行到四川，一路詢訪查問，發現營旅腐敗，將惰兵疲，便殺了幾個玩忽職守者，表示要堅決鏟除腐敗，有再敢貽誤軍機者，將弁以下，軍法從事。 那彥成的做法傳到嘉慶那裏，嘉慶急忙傳諭那彥成整飭軍紀，務必慎重不可輕率，並責難他道：“經略大臣也沒有先斬後奏之事，何況你是欽差大臣，朕並沒有給你這個權力。如果你真的查出貽誤軍機者，無論在戰事或軍需上，即使是微末員弁，都應候旨遵行，哪能獨自擅專！”弄得那彥成在軍中反而灰溜溜的。
朱皀奏曰：“皇上，雖然可以令那些瀆職將帥帶罪立功，可是他們確實是除了貪婪淫樂外，剩下的隻有昏庸無能，如果對他們稍有放縱，實在於國不利。教匪之亂，絕不能再加拖延，況且皇上初政，正應樹立自己整肅的威風，在整治軍隊上，不可手軟。另外，皇上若覺軍中無人，臣保舉一人，這人就是額勒登保，舊屬勇將海蘭察麾下，胡齊挪用軍餉饋送於諸將帥，唯獨額勒登保拒而不受。額勒登保若遇運餉困難，也都是自己籌辦，從無借口為難。額勒登保既是善戰的勇將，又是廉潔勤謹的官吏，可做鎮撫的大帥。經略之職交於此人，南方教匪無慮矣。”