眾所周知，中國傳統儒家思想是在不斷吸收、溶化其他諸家思想的過程中發展起來的，具有很強的包容能力。例如，董仲舒包容法家、陰陽家的思想，宋明理學吸收佛、道思想等，但中國儒學在外在形式上又具有強烈的排他性，尤其是漢武帝以後的獨尊儒術，罷黜百家，魏晉南北朝隋唐時代的儒、佛、道之爭，宋明理學的暗汲佛老卻倡言排佛。即使在儒學內部，不同學派也不斷展開論辯，爭當正統，單是漢代經學的今、古文之爭就足以說明問題，更不用說宋明時期的程朱理學與陸王心學之爭了。
與中國儒學不同的是，日本儒學在發展的每一階段，基本上能與其他思想流派共存。從日本早期儒學來看，當時傳入日本的儒家典籍及其注釋，主要屬於中國南北朝的經學係統。對於風格不同的南朝經學和北朝經學，日本人一視同仁，無所偏重。而且，日本早期儒學也能與佛教及日本固有的神祗（神道）和諧共處。奈良、平安時代，幾乎沒有發生儒、佛、神道之間的思想對立，很難看到儒學對佛教和神道的嚴厲批判。隻是到了江戶時代，日本儒學者為了使儒學擺脫對佛教的依附，才致力於儒佛之辨，對佛教的出世主義進行批判，但不占據主流。日本儒學內部有不同的流派，雖然朱子學派在江戶時代前期一度繁盛，但仍與其他學派如古學派、考證學派、折衷學派長期並存。在江戶時代後期，才出現了“寬政異學之禁”，古學派衰落，陽明學代之而起。值得注意的是，日本的儒者一般能夠采取與本土神道共存、融和的姿態，主張神儒一致或神儒合一。當然，江戶時代以前的神道諸流派固然吸收了儒學和佛教的理論，但畢竟保留了日本原有的神道思想。正是從這一意義上說，神儒一致或神儒合一，也可以理解為日本儒學的思想文化特色。
中國佛教在日本經過長期的發展以後，逐漸實現了本土化。在鐮倉時代，即1192年至1333年，先後形成了獨特的佛教宗派：淨土宗、真宗、時宗和日蓮宗。尤其需要指出的是，日本佛教在發展的過程中，又與日本古來的神道思想同化、融和，而產生了“本地垂跡”思想，即神佛本地下凡論。“本地垂跡”思想認為，神衹由佛法開悟而成為菩薩，為佛陀所化現。佛為神衹的本地，神衹是佛的垂跡（下凡），八幡神即阿彌陀佛，八幡大神也被稱為八幡大菩薩。這樣一來，佛教和神道之間就有了共同的範圍，神道也就自然被納入到了佛教的體係。於是，神像也雕成佛像的樣子，神社也建成寺院的式樣。特別是自平安時代以後，佛教和神道成為日本宗教思想的一個整體，形成了神道的宗教化。
道教傳入日本的曆史也較為久遠，但在鐮倉時代，由於佛教的極大興盛而受到了冷落和壓抑，無力自成一家，隻能艱難地尋求發展。日本的神道、修驗道、陰陽道、密教等本民族的信仰經過其早期發展，至鐮倉時代已初具規模。受其影響，道教也自然地融入到了日本本土的宗教文化當中。
不容忽視的是，中國與朝鮮半島的文化交往同樣也是源遠流長。與日本一樣，朝鮮文化在受到中國傳統思想文化影響、浸潤的同時，亦與本土文化融合而獨具魅力。
新羅在統一朝鮮後以唐代為典範，設置國學（後來改為大學監），將《論語》、《孝經》等儒家經典作為士子的必修課。唐玄宗曾有賜新羅王詩：“衣冠知奉禮，忠信識尊儒。”可見儒家文化對當時朝鮮半島的文化有著較深的影響。而且，朝鮮半島的儒學也時時步中國儒學發展之後塵。1289年，名儒安珦出使元朝，在元大都讀到了新刊印的《朱子全書》，以其為孔孟儒學的正脈，於是將他手抄的朱熹著作和摹寫的朱熹畫像帶回國內。之後，安珦以興學養賢為己任，廣泛傳播朱子學，在他的推動下，朱子學逐漸被本土的知識階層所了解。朝鮮的朱子學名儒們在消化吸收中國朱子學的基礎上，力圖與本國實際相結合，以重建社會秩序。特別是以鄭道傳為首的理學家，積極倡導用程朱理學指導社會改革，尤其強調王命思想和變化論的觀點，為朝鮮李朝代替高麗王朝提供了思想依據。在鄭道傳等理學家的推動下，李朝自建國之初就以程朱理學作為製定內外方針政策的理論基石，從而確立了朱子學在李朝的官方學術和正統思想地位。