雖然第一次征長之役中，薩摩藩出了大力討伐長州，可在戰役後，對幕府強化統治的態度極其不滿，藩內也出現了很多反對幕府的聲音。當時，控製薩摩藩政權的西鄉隆盛、大久保利通等人都逐漸從公武合體派轉變為了討幕派。這就是事情的突破口，有共同的利益就好說話了。找到了突破口，龍馬立刻乘勝追擊。 1865年 5月 日，他到了薩摩藩的鹿兒島，與西鄉隆盛深交，5月 27日拜見薩摩藩內的要員，大膽地提出了薩長聯合策略。865年 5月，龍馬與好友們在當時日本西部最大的貿易港——長崎龜山，創建了個貿易公司，龍馬任社長。創辦這個貿易公司，龍馬的用意是想讓薩摩藩的船隻從事海運和貿易的事業，並從外國購入武器，增強自己的軍事裝備。6月 24日，龍馬到京都拜會了西鄉隆盛，希望他能夠以薩摩藩的名義為長州藩購入武器，以此交換的條件是，讓長州藩為薩摩藩購入軍糧，薩摩藩戰死者墓
幫助解決薩軍的軍糧不足問題。這是兩藩第一次互利的合作，同時也是化解仇恨的開始。同盟計劃發展到了 7月，長州藩的伊藤博文、井上馨果然在龍馬籌辦的這個貿易公司裏，以薩摩藩的名義購入了七千支槍，1 0月又以薩摩藩的名義，為長州藩再次購入一艘輪船即“櫻島丸”號，在船後還掛著薩摩藩的標記。掛上這個標記就表示出了長州藩想同盟的心，看到事態按照預期的方向發展，龍馬這個中間人的心情也是異常激動。龍馬先是促進薩、長兩藩在經濟上取得互相的援助，在此基礎上，再促進兩藩在政治上的結盟。長州藩與薩摩藩的經濟互助，讓雙方都嚐到了甜頭。兩藩的頭頭們細想想，在當前這個亂世之秋，讓大家結怨的最終根源是幕府的無能政權與腐敗統治，如果幕府不除，雙方的仇恨將永無止境地繼續下去，殺殺打打地永無太平之日。當長州藩與薩摩藩發現了問題的中心之後，龍馬再次從中調和，這個中間人當得真是很稱職。1866年，龍馬先後拜會了大久保利通、西鄉隆盛、木戶孝允這些兩藩的頭頭們。在他們麵前，龍馬進一步分析了日本當時的局勢與聯盟在戰略關係上給大家帶來的好處。
最終，在 1866年 月 22日，在以龍馬為首的中間人的見證之下，長州藩與薩摩藩簽署了薩長秘密軍事討幕同盟盟約，正式成立了兩藩討幕派的聯盟，龍馬的謀略以徹底成功告終。龍馬又一次的謀略——大政奉還後的王政複古麵對革新，龍馬敏銳感觸的第一反應就是要薩長同盟，在他的謀略之下，終於讓這兩個日本最大、仇恨最深的藩國化敵為友，成為了共同的戰略夥伴，一致對抗幕府。第一步走好走穩之後，下一個目標則是：“大政奉還”，讓幕府的腐朽政府徹底在日本的曆史舞台上消失。要讓幕府“大政奉還”遠比“薩長同盟”艱難得多。從德川家康打下了幕府的天地到幕末時代，這是一個掌管了日本近三百年政權的家族，即便是衰落了，仍然操控著日本的大局。俗話說：瘦死的駱駝比馬大。一個龐大的根係想要一並拔出，談何容易！弄不好力氣白出了不說，反會被深陷於旋渦中，難以自拔。如此嚴重的結果龍馬也早有先見之明。在第二次征長之役之後，幕府的實力大減，各藩國對它的腐朽統治也多有不滿，個個躍躍欲試地想通過武力討伐。在這樣的局勢下，龍馬的想法是：用和談的方式，讓幕府自覺地將權力歸還給天皇，並降為和藩城一樣的諸侯國，受天皇的領導。
1867年 6月 9日，龍馬與土佐藩的後藤象二郎乘坐“夕顏”號，從長崎出發到達京都，此行的目的是勸說土佐藩的藩主——山內容堂，向幕府提出“大政奉還建議”。龍馬“大政奉還”的心情是急切的，他和後藤象二郎坐在“夕顏”號上，也沒有閑著。兩人共同商議，製定出了八條政治主張，這就是著名的“船中八策”，以此促使幕府歸還政權。這八條政治主張正是“大政奉還”謀略的中心點。在八策中的第一策就是：“應將天下政權奉還天皇”。當龍馬準備以和談的形式“大政奉還”時，以薩摩藩、長州藩為首的藩城，已經作好了以武力討伐的準備。