首次歸入中央政權
鄭成功在1661年進入台灣，建立政權；1683年，他的孫子鄭克塽投降清政府，鄭氏治台前後二十餘年。那一段時期，進入台灣的漢人，如上一講所說，大約十萬人。當時全台原住民的人口數量，沒有明確的數字，估計也不過十餘萬人。鄭氏政權集中在南部，以今天台南為中心，南到屏東恒春，北麵沒有超過嘉義。這個台南平原上，原住民平埔人（平埔人是對居住在台灣平野地區各南島語係原住民族群的泛稱。這些族群在清代和日本統治台灣時期，被稱為“平埔番”、“熟番”等。至20世紀中葉，他們多已喪失族群意識，且不被官方認定為原住民族。後來台灣族群研究興起，這些平地原住民族群的曆史才開始受到主流社會的關注。）的人口，大概不會超過五六萬。相當於原住民兩三倍的漢人，進行有組織的軍事屯墾，分布在南台灣的各處，加上通婚與漢化，原住民和漢人當然很容易就融合成一體了。有一些平埔族撤向北麵，或者撤向山地。二十多年下來，台灣南部地區的原住民和漢人總人口，應當在二十餘萬。
清朝統治台灣以後，漢人屯墾才有大規模的進展。到了1895年，台灣被割讓給日本以後，兩百年間，台灣人口從二十餘萬增加到三百萬左右，增加了不止十倍。田畝的開辟由南到北，再由海岸線和港口，由點及麵向內陸推展，開墾的土地麵積也不止十倍。因此，台灣的整體開發，大部分是在清代治理台灣的時期逐步展開的。
在這兩百年間，清朝治理台灣，在南邊設有台灣府，以及府下的南部三個縣；在中部、北部也都設立州縣；最後，台東也設立州治，台灣才有一個整體的發展。這兩百多年內，大陸的福建、廣東兩省大量居民移入台灣。但是，移入的過程，並不十分順暢，因為清政府對台灣的官方政策，是防止台灣威脅大陸海岸甚於開發台灣。清康熙時代，清政府對於移民台灣就有所控製，不經申請許可，一般平民不許擅自進入台灣。整個兩百年的前半段，清政府對移民台灣的政策，有時禁止，有時局部性開放。嘉慶以後，清政府才改變政策，準許大規模地移民入台。亞太地區移民潮中的台灣開發
這個時期，全世界都出現了非常活躍的移民潮。歐洲的居民一批一批地進入新大陸、澳洲和新西蘭，開發肥沃土地。在東方，列強在太平洋各島的殖民運動，已經遠遠超過了過去海盜和貿易的階段，轉變為開發當地的資源。也正是在這兩百年間，中國大量向東南亞和美洲西部移民。移民台灣應當是這個大潮流的一部分。
不過，因為清政府對台灣的管束比較嚴厲，在整個亞太地區的移民潮中，移民台灣的現象反而不如移往東南亞的現象顯著。舉例說，18世紀時，整個東南亞列強的殖民地，都有華人大批移入。菲律賓、馬來西亞、婆羅洲和印度尼西亞都是移民的重點。移民的來源，也是以廣東、福建兩省為主。早在鄭成功的時代，集中在今天馬尼拉四周的，不少於六萬之眾。在今天的印度尼西亞、荷蘭從前的殖民地巴達維亞附近，也有大量的華工。馬來西亞的尖端馬六甲，是一個非常繁榮的華人港口。在印度尼西亞的華工，甚至曾經組織一個自治的團體，稱為蘭芳公司（18世紀中葉，華僑在西婆羅洲建立的一個生產和自衛組織。1777年,華僑羅芳伯集合當時在東方律、坤甸、南巴哇、山口洋等地向土侯租賃山地開發金礦的一些小公司，以擴大“蘭芳公司”，並稱之為“蘭芳大統製”，其首領稱“大唐客長”。目的是發展生產，同時抵製荷蘭殖民者的掠奪。），由三十餘萬華工形成相當獨立的政權，最終被殖民當局用武力解散了。1886年為荷蘭殖民者所滅。
這些現象都說明，華工移至各處是世界移民現象的一部分，他們在亞太地區以及美洲的西岸開墾土地、挖掘礦產。開墾田園，種植許多經濟作物，例如甘蔗、香蕉、煙葉；開發礦產，例如馬來西亞的銅礦、美洲西岸的金礦。華人勞力擴散到整個太平洋地區，在發展近代世界經濟網的過程中，擔起了最辛苦的一部分工作。
如果沒有清政府的約束和禁止，台灣的開發，由於地理的近便，應當更為迅速和徹底。隻是，如前所述，清政府也擔心，台灣可能成為反對中央政府的基地。台灣幾次大規模的民變，朱一貴（朱一貴（1690-1722）福建長泰人。康熙六十年（1721）夏率眾起義，以反清複明為號召，人數發展到三十萬，占領全台。後戰敗遇害。）、林爽文（林爽文（1757-1788）原籍福建平和，遷居台灣彰化。乾隆四十九年（1784）參加天地會，後為彰化天地會首領。）、戴潮春（戴潮春（？-I864）領導“戴潮春反清事件”，該事件為台灣清治時期三大民變之一，自1862年起事至1865年被平定，共曆時四年。）三次亂事，使清政府十分警惕，很是防範台灣成為華南漢人反清複明的據點。於是，台灣的開拓腳步，居然還不如華工向亞太地區擴張得那麼迅速、那麼大規模。