8月31日的夜晚是屬於英軍的夜晚。當時，照明彈把撒哈拉大沙漠照得亮如白晝，英國皇家空軍的轟炸機又開始對完全暴露的“非洲軍團”進行猛烈轟炸，空氣幾乎令人窒息，冰雹一樣打來的致人死命的岩石碎塊加大了爆炸的威力。一時間，到處是火光，到處是燃燒的坦克和大炮，英軍的大炮發出的怒吼，把炮彈準確地傾瀉到德軍混亂不堪的陣地上。9月1日淩晨，缺少燃料的隆美爾隻好讓第15裝甲師一支部隊進行有限製的進攻。在同盟軍大炮和飛機的強大轟擊下，進攻很快減弱下來，密集的炮火使德軍坦克和步兵一直無法動彈。由於坦克現在快要用完燃料了，隆美爾知道他的部隊不可能再前進了連生存都很危險。
一輛德軍坦克在前進途中，其右側是一輛被擊毀的冒著濃煙的英軍坦克。英國皇家空軍對“非洲軍團”進行猛烈的轟炸。9月2日，隆美爾決定撤退，但是，燃料的短缺使大規模的撤退都變得異常艱難，兵員和坦克隻能逐個地撤退。
隆美爾本人仍然有病在身，那天下午，他在巡視“非洲軍團”的陣地時，6次遭受空襲，有一次，他剛走出戰壕，就看到在幾米遠的地方，一把鐵鍬被一塊火紅的金屬片頓時炸成了碎片，散落在他的腳下。硝煙灼熱嗆人的氣味帶著細沙，使人無法呼吸。
夜間，敵人的空襲加劇了。
據隆美爾的私人秘書阿爾布魯斯回憶道：“我們還從未經曆過像那天晚上那樣猛烈的轟炸，盡管我們已經在92號高地作過十分妥善的疏散，但離炸彈的距離還是很近，我們的戰鬥梯隊有許多士兵陣亡，3門88毫米高射炮和許多彈藥車被炸毀。”
當彈片再一次落在隆美爾的腳下時，已是上午8點25分了。隆美爾再也無法忍受這種折磨了，於是他命令裝甲軍團逐步撤退回8月30日出發時的陣地。
隆美爾的士兵們無話可說，他們感到萬分驚訝。固守在山脊西南麵低地的第104步兵團的作戰日誌上記載：
今天早晨，我們的司機給我們送來了水，他們告訴我們，阿蘭哈爾法已被占領，兩小時後我們將向前推進。我們已經開始想到尼羅河、金字塔和獅身人麵像，以及那些逗人的舞蹈者和歡呼的埃及人了。大約下午1點鍾，我們的卡車來了，大夥都上了車，
然後車子向西起動。為什麼要向西走呢？這是我們對開羅、金字塔和蘇伊士運河夢想的終結！原來，阿蘭哈爾法戰役已經結束了，我們失敗了。
在亞曆山大的一次晚宴上，蒙哥馬利向他尊貴的外國朋友們宣告：“埃及已經沒有危險，我將最終消滅隆美爾和他的“非洲軍團”，這一點是肯定的。”
9月2日下午5時30分，當凱塞林來到隆美爾的指揮車上時，他麵色嚴峻，斬釘截鐵地告訴這位軍團司令官，這一挫折將破壞元首的偉大戰略部署，隆美爾竭力解釋為什麼放棄這一進攻，他繪聲繪色地描述了敵軍空軍猛烈可怖的進攻，並請求“從根本上改善給養狀況”。凱塞林私下認為，隆美爾正是利用給養短缺為借口，以掩蓋他自己低落的士氣。
就這樣，隆美爾的軍隊開始緩緩地撤退了，到9月6日時，大多數已退到了原來的位置。在南邊，他們控製著英軍的一些地雷區，增強了自己的防禦能力，但這不過是一點小小的安慰罷了，這場長達6天的戰鬥，結果更有利於同盟國一方。
戰後，有人曾對隆美爾的這次失敗進行過調查分析。失敗的主要原因在於德軍的絕密材料被偵破，這一點已經十分清楚；其次，很重要的一點是隆美爾當時過於疲勞，無法了解整個戰鬥情況，致使許多措施當時對他十分不利。
凱塞林很無奈地說：“這場戰鬥對於過去的隆美爾來說是不存在任何問題的，在側翼進攻敵軍的戰鬥已經取得勝利的情況下，他絕對不會撤退。今天我已經了解到，他的士兵們對他下達的撤退命令永遠也無法理解。畢竟他當時已經從側翼包圍了敵軍稱之為最後希望的防禦線。”
就在這年年底，希特勒在他的言談中也流露出了對隆美爾撤退決定的不滿：“無疑，可以肯定他在進攻中撤退的做法是極端錯誤的。或許是由於受到了4，000噸油船沉沒的影響吧。可為什麼不繼續進攻呢？這對於我們來說簡直是個謎。我們已經再次使英軍處於潰敗的境地，我們隻需要追擊敵軍，並徹底消滅他們就行了。”
希特勒還說：“看來，讓一個人長久地承擔一項重大的職責，這種做法是愚蠢的，隨著時間的推移，有必要讓他從這種沉重的負擔中解脫出來。”