希特勒在7月19日發布的33號命令和四天後下發的33A補充命令裏，表示了他的擔憂。在命令中，他要求轟炸莫斯科並下令實質上暫停從陸地向莫斯科挺進。他命令中央集團軍群的兩個裝甲集群轉向側翼。赫曼·赫特的第3裝甲集群向北推進加入進攻列寧格勒的戰鬥；古德裏安的第2裝甲集群轉向南協助占領烏克蘭。
希特勒的命令應當不會使他的部下吃驚。巴巴羅薩最初計劃要求在向莫斯科挺進過程中暫停進攻，裝甲部隊轉向南北兩個方向。但是一直以來，陸軍司令部參謀總長弗朗茲·哈爾德以及其他主張全力攻打莫斯科的人自以為是地設想，當時機來臨時他們能說服元首放棄這個想法。
現在時機來了，關於巴巴羅薩目標的熟悉爭論——莫斯科或者列寧格勒和烏克蘭的側翼目標——達到沸點。
希特勒和哈爾德是兩派意見的代表。私下裏在他的日記和私人信件裏發泄不滿的同時，哈爾德還正式反對希特勒的命令。“元首的不斷幹涉成為平常一件討厭的事情，”他寫道。“他又玩軍閥的把戲並用愚蠢的想法打擾我們。”
哈爾德確實讚成希特勒的部分觀點。他承認需要保護中央集團軍群的側翼並向希特勒建議坦克縱隊暫停進攻，直到步兵趕上來。然而，他認為希特勒計劃將進攻重點從莫斯科轉向列寧格勒和烏克蘭是一場災難。7月28日他勸說希特勒推遲裝甲集群轉向側翼，但是元首仍然堅持停止對莫斯科的進攻。
但是，爭論遠沒有結束。幾個星期以來，來自高層憤怒爭吵的震撼引起了一係列從司令部到最前沿裝甲先頭部隊的強烈反響：在那裏，閃電戰的頑固支持者，比如海因茲·古德裏安，將繼續堅持他們的意見。
在高級官員猶豫不決時，中央集團軍群的部隊遇到戰役進行一個月以來最猛烈的抵抗。7月中旬，古德裏安的一個師占領斯摩棱斯克後，赫特的第3裝甲集群的先頭坦克部隊繞過斯摩棱斯克向北進攻。然後他們向右轉，企圖同古德裏安的坦克部隊會合並包圍斯摩棱斯克東麵強大的蘇聯軍隊。但是一名德軍參謀人員回憶，對坦克行動來說，這是糟糕得令人吃驚的地區。“巨大的原始森林、遼闊的沼澤地、可怕的公路和橋梁，無論公路和橋梁都不夠牢固，難以承載坦克的重量，”他寫道。“抵抗也非常頑強，俄國人開始在他們的防線布滿地雷。他們防守起來很容易，因為基本上沒有什麼公路。”
紅軍還用一種秘密武器向赫特的裝甲部隊發動進攻——喀秋莎，以一首廣為流傳的愛情歌曲裏女主人公的名字命名，它由多管火箭炮組成，射程達到4英裏。第一次火箭齊射猛烈地打向斯摩棱斯克東北魯德內亞的第5步兵師。當炮彈劃過空中發出令人恐懼的嗚嗚聲並且雨點般砸下來時，火箭炮不僅令德軍感到恐懼，而且前線的俄國人也很害怕，由於保密原因沒有告訴他們有這種武器。根據聲音和管狀發射架，德國人稱這種新式武器為“斯大林管風琴”。
當赫特試圖從北麵包圍斯摩棱斯克時，古德裏安裝甲集群的一部分正從南麵進攻該城。但是，古德裏安沒有立即轉向北同赫特會合，而是派他的第10裝甲師進一步向東麵葉利尼亞進攻，葉利尼亞是斯摩棱斯克東南約40英裏一個位於主山脈上的鐵路樞紐。古德裏安心裏惦記著沒有合圍的莫斯科，他視葉利尼亞的高地為進攻莫斯科的跳板。經過一整天的戰鬥，他的裝甲部隊於7月19日晚攻占了葉利尼亞。占領和控製該城的努力阻止了古德裏安大舉向北移動同赫特會合以及封死包圍圈。
決定粉碎斯摩棱斯克附近正在形成的包圍圈，俄國人於7月23日發動了一次猛烈的反擊。許多來自後方的新編師投入進這次戰鬥，他們從東麵和東南麵發起反擊。同一時間，被圍困的兩個蘇聯集團軍成千上萬人的部隊為突破尚未合攏的包圍圈拚死戰鬥。那天晚上，至少五個師從東麵赫特和古德裏安之間的空隙突圍出去。德國空軍估計超過10萬俄國人從斯摩棱斯克包圍圈逃出去。
希特勒馬上得知突圍的消息，這對他決定放慢進攻莫斯科的速度產生了重大影響。他打電話嚴厲斥責中央集團軍群司令費多爾·馮·鮑克並派武裝部隊最高統帥部參謀長威廉·凱特爾前往鮑克的司令部以確保斯摩棱斯克包圍圈合攏。赫特的第20摩托化步兵師最終於7月26日將包圍圈關嚴。落在後麵的第9集團軍步兵花費了大量時間把被包圍的敵人趕到一起。直到8月5日，鮑克才以命令形式宣布斯摩棱斯克的包圍圈已經被消滅了，但是戰果仍給元首留下了深刻的印象：俘虜31萬人，摧毀和繳獲3205輛坦克和3120門大炮。
同時，古德裏安為確保他南翼的安全，巧妙地在斯摩棱斯克東南70英裏的鐵路中心羅斯拉夫爾又圍了一個口袋。為了這次作戰——消滅自從7月18日以來一直騷擾他右翼的一個蘇聯集團軍——又給古德裏安配備了兩個步兵軍。古德裏安懷疑這些他不熟悉的部隊是否能達到他的一般作戰水準。其中的一支部隊是赫曼·蓋耶爾指揮的第9軍，蓋耶爾是一位著名的一戰老兵，曾經兩次擔任過古德裏安的上級。古德裏安認為蓋耶爾的部隊沒有經過戰爭的考驗，這當眾侮辱了他的老上級。蓋耶爾指出光一個第137步兵師從巴巴羅薩行動開始後就傷亡了2000人。