萬曆十四年（1586年）十一月，朱翊鈞開始沉湎於酒色之中，身體虛弱，每況愈下。因此，朱翊鈞執政中後期，幾乎很少上朝。他處理政事的主要方法是通過諭旨的形式向下麵傳遞。“萬曆三大征”中邊疆大事的處理，都是通過諭旨的形式，而不是大臣們所希望的“召對”形式。在三大征結束之後，朱翊鈞對於大臣們的奏章的批複，似乎更不感興趣了。同年，禮部主事盧洪春奏曰：朱翊鈞“日夜縱飲作樂”。從同年起，為爭立皇太子，演成了曠日持久的“國本之爭”。
明末官僚隊伍中黨派林立，門戶之爭日盛。
一日，互相傾軋。東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨，名目眾多。在東林黨爭無休無止之時，由於明神宗私愛貴妃鄭氏之子、福王朱常洵，堅持其王府莊田“務足四萬頃之數”，才肯讓其出京之國，於是在朝廷又掀起了一場長達七八年之久的福王莊田之爭。福王之國洛陽剛剛過了一年，萬曆四十三年（1615年）五月初四日酉時，又發生了晚明曆史上著名的梃擊案，作案的是一個名叫張差的薊州男子，史稱“梃擊案”。起初，皇太子也以為“必有主使”。是時，鄭貴妃一再指天發誓，自明無他。朱翊鈞見事涉鄭氏，加上多年來人們一直議論他不善待皇太子，感到事情重大，怕火燒自己，很快就親自定張差為“瘋癲奸徒”，並命“毋得株連無辜，致傷天和”，隻處決張差及與之有關的太監龐保、劉成二人。並特地為此於同月二十八日，一反常態，二十五年來第一次召見大臣，宣布他的命令，將此案草草收場。
因立太子之事與內閣爭執長達十餘年，最後索性三十年不出宮門、不理朝政、不郊、不廟、不朝、不見、不批、不講。萬曆十七年（1589年），朱翊鈞不再接見朝臣，內閣出現了“人滯於官”和“曹署多空”的現象。至於貪財一事，朱翊鈞他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配。為了掠奪錢財，他派出宦官擔任礦監稅使，四處搜括民財。
萬曆二十五年（1597年），右副都禦史謝傑批評朱翊鈞荒於政事，親政後政不如初：“陛下孝順父母、尊祖、好學、勤政、敬天、愛民、節約開支、聽取意見、親人和賢人，都不能夠像當初一樣。”以至於朱翊鈞在位中期以後，方入內閣的廷臣不知皇帝長相如何，於慎行、趙誌皋、張位和沈一貫等四位國家重臣雖對政事憂心如焚，卻無計可施，僅能以數太陽影子長短來打發值班的時間。萬曆四十年（1612年），南京各道禦史上疏：“台省空虛，那些致力於廢除掉，皇上深居二十多年，從來沒有一個接見大臣，天下將要淪陷的憂慮。”[35]首輔葉向高卻說皇帝一日可接見福王兩次。萬曆四十五年（1617年）十一月，“部、寺大官十缺六、七，風憲重地空署幾年，六科隻剩下四個人，十三道隻剩下五人。”
萬曆中期後雖然不上朝，但是不上朝之後並沒有宦官之亂，也沒有外戚幹政，也沒有嚴嵩這樣的奸臣，朝內黨爭也有所控製，萬曆對於日軍攻打朝鮮、女真入侵和梃擊案都有反應，表示雖然忽略一般朝政，還是關心國家大事，並透過一定的方式控製朝局。
萬曆二十八年（1600年），九月，十四年未上朝的皇帝朱翊鈞突然間召開朝會，在會上，朱翊鈞向群臣表達了自己的夢境，表示自己從今天開始便會重新上朝。接著便召集朝中的所有大臣，文武百官到崇文殿準備好的會議室。這個會議室是熊軒交給朱翊鈞的仿照後世公司的會議室加以改進的，成階梯型，前麵是站台，朱翊鈞坐在正中間，中間的發言台，六部閣老坐在中間，麵前是文武百官坐在左右兩旁，每個座椅前則有一個書桌，上麵放置文房四寶，筆墨紙硯，旁邊有太監在旁服侍，有需要的東西便找太監拿。