錦衣衛的胡作非為，使朝野忿憤不滿，朱元璋自己也發現錦衣衛恃仗特權，嚴酷淩虐，勢力日大，於是在洪武二十年（1387）決定罷撤錦衣衛，下令焚毀刑具。但是時隔不久，明成祖朱棣奪得帝位後，為了鎮壓建文帝的臣下，又恢複了錦衣衛，並寵信錦衣衛指揮使紀綱。紀綱便又大行間諜特務活動，四處布置密探耳目，時時偵察或刺探，甚至栽贓誣陷，又使錦衣衛的恐怖特務統治死灰複燃。明英宗複辟後，更是利用縱容錦衣衛，“慮廷臣黨比，欲知外事，倚錦衣衛官校為耳目”。一直到（1644）明朝覆滅，錦衣衛這一間諜特務機構也隨之滅亡，前後時間達二百六十年之久。
明朝除錦衣衛這一間諜特務機關外，還有並稱“三廠”的東廠、西廠和內行廠。
明成祖朱棣奪取帝位後，一麵廢除洪武詔令不用，恢複了錦衣衛詔獄，一麵又於永樂十八年（1420）在北京東安門外設立了另一間諜特務機構，即東廠。其主要職責是“緝訪謀逆妖言大奸惡等”，並命親信太監為東廠提督。人們將錦衣衛和東廠並稱為“廠衛”。東廠人員都是從錦衣衛中挑選最狡猾最狠毒的特務來充當。有役長（也叫“擋頭”）若幹人，率有“番子”（偵探間諜的稱呼）數千人，分赴各官衙和各地從事監視和偵探。值得指出的是：朱棣在控製、駕馭間諜機構方麵，有其獨特的手段。他一方麵讓錦衣衛人員調入東廠，一方麵又暗使東廠提督監視錦衣衛，使廠、衛兩家互相牽製，不得擅權，並都單獨直接向朱棣負責報告，從而使朱棣得心應手地控製調動廠衛兩家為其服務。
明成化十三年（1477），明憲宗又設立了一個間諜特務機構叫西廠，由親信太監汪直掌領，其規模比東廠大一倍。汪直“分命諸校廣刺督責，大政小事，方言巷語，悉揀以聞。”汪直上任不久，朝野各地便深受西廠特務的監視、誣告、酷刑之苦，大學士商輅冒死上奏道：“近日伺察太繁，政令太急，刑網太密，人情疑畏，洶洶不安。蓋陛下委聽斷於汪直，而直又寄耳目於群小也。中外騷然，安得其無意外不測之變！”明憲宗表麵上對商輅大發脾氣，但內心對汪直的權勢開始提防。由於東廠太監提督尚銘不服汪直的指揮，便決定先發製人。他派“番子”暗中時時跟蹤偵察汪直的一些陰私不法行為，然後立即密告明憲宗，終於在成化十八年（1482）罷撤了西廠和汪直。
明武宗正德初年（1506），太監劉瑾在把持東廠的同時又恢複了西廠，並控製了錦衣衛，“廠衛之勢合矣”。1508年，劉瑾又秘密設立了另一個間諜特務機構---內辦事廠（簡稱內行廠），由自己親自任提督，其權勢淩駕於朝廷一切機構之上，錦衣衛、東西廠也都在內行廠的監視控製之下。明代的間諜特務機構至此達到頂點，劉瑾也因此被稱為“立地皇帝”，可見其權勢之大。
劉瑾操縱“三廠一衛”，對朝野進行了大規模的特務活動。“毛舉宮僚細過，散布校尉（即間諜），遠近候伺，使人救過不瞻”。間諜特務遍布全國各地，如水銀瀉地，無隙不入，被誣告冤死的官民達數萬人之多。譬如為明王朝立有汗馬功勞的兵部主事王守仁，因得罪了劉瑾，當場被拖下去痛打五十大板，並貶官流放至邊遠地區。心胸狹窄的劉瑾還是不放過他，暗遣內行廠“番子”在路上跟蹤窺伺王守仁，欲乘機刺殺他。王守仁絕望之下，隻好在深夜假裝投河自殺，留下了絕命詩，並浮帽子、鞋子於水上，這才擺脫了“番子”的盯梢，揀回了一條命。當時之人，聽見“內行廠”三個字，無不毛發聳然，驚恐萬狀。
明正德五年（1510），劉瑾與朝廷文武大臣的矛盾趨於白熱化。禦任監軍張永乘明武宗酒醉之時，單獨告發了劉瑾的謀反陰謀，促使明武宗下令逮捕劉瑾及其黨羽。當明武宗得知從劉瑾家中搜出了金銀珠寶數百萬、一枚偽璽及袞衣、玉帶、兵器等禁物，特別是發現劉瑾時時拿在手裏的扇子中竟藏著兩把微型匕首，明武宗大發雷霆，下旨將其押往詔獄審判。不久，劉瑾和他的親族十五人以及黨徒吏部尚書張彩、錦衣衛指揮使楊玉等全部被處死。西廠和內行廠也全都被撤銷。
明天啟年間（1621～1627），太監魏忠賢閹黨專政，間諜特務恐怖統治之禍亦隨之而來。魏忠賢派親信控製了錦衣衛和東廠，派出千餘名“番子”四處偵探，名為“打樁”，此外還勾結京城的流氓無賴，鼓勵告密，名為“打事件”。凡告發一件事，便付一定的賞錢，名為“買起數”或“買事件”。在朝廷各衙門中都派有東廠“番子”監督，名為“坐記”；凡拷訊重犯時，必須有“番子”到場監審，名為“聽記”。如“聽記”未到，則不得開審。官員不堪其苦，怨聲載道，“廠衛之毒極矣”。