④舊式水師日趨腐敗，也是其被裁的重要因素。比如長江水師官兵自恃對太平軍作戰有功，橫行霸道，連曾國藩也不得不承認：“長江水師外間嘖有煩言，或謂遇民間有骨牌者字牌者，則以拿賭訛索，得數千或千餘文乃肯釋放。或以查拿私鹽，查拿小錢搜索民舟及附近人家，訛錢釋放。夜索打更之燈油錢。民船拉纖，不許在炮船桅上蓋過。幹預詞訟。至有哨官棍責舉人者。甚至包庇私鹽，袒護劫盜種種弊端。”（《曾文正公家書》卷十）
對於這樣一支對外作戰不頂用，對內鎮壓作用已基本過時，耗費大量經費，引起民眾怨恨的舊式水師，大量裁撤是勢在必行。
在同治、光緒年間，對舊式水師裁撤主要有以下幾次：
在撚軍失敗前後，淮軍水師各營基本上被李鴻章裁遣一盡，隻有少數並入經製水師部隊。
同治八年（1869年），清政府下令把九江、洞庭、嶽州、荊州4個水師營改成該城的城守營。
同治九年（1870年），江蘇、江西、湖北、湖南4省水師被裁官兵達10146人之多。
光緒四年（1878年），廣東水師奉命裁去其所轄的輪拖水勇2300人。
光緒七年（1881年），旅順口八旗水師營撤銷，其防務移交北洋海軍，該營官兵改為陸師。
光緒十二年（1886年），廣州八旗水師營編製撤銷。
光緒三十年（1904年），福建水師提督職務被撤銷，其所轄水師各部也作較大精簡。
光緒三十一年（1905年），黑龍江八旗水師各營分別被裁撤。
到宣統年間，各省水師官兵總共隻剩下了44889人。其中，綠營水師19972人，防軍和練軍水師24917人。八旗水師除一部分改成練軍水師以外，已沒有獨立的編製了。清末的防軍水師是由裁撤剩下的湘、淮軍水師改成的，練軍水師則是由整編後的八旗、綠營水師改編的。在大批裁撤的同時，保留下來的部分舊式水師也進行了一些改革，以適應軍事、政治形勢的需要。舊式水師的改革，主要從三方麵著手的：
首先，進行體製改革，轉變職能。由於海防作戰任務開始逐步移交給海軍，舊式水師的主要任務為江海警戒和維護治安。中日甲午戰爭以後，一些地方水師營相繼按巡防隊編製進行改編。每省水師設統領一二人，每名統領指揮一支水師巡防隊。水師巡防隊下轄數營，每營設管帶1名，下轄數哨。每哨設哨官1名，下轄數艘戰船或巡船。一些小型巡防艦艇，則直屬於統領指揮。比如太湖水師巡防隊共轄5個營，每營轄3個哨，每哨有師船7艘，另外每營有長龍船、舢板各1艘歸營官直接指揮。
其次，舊式水師也引進了一些蒸汽動力的艦艇和比較先進的槍炮。其中，有一些是購買的蒸汽動力民用輪船加以改造而成的炮輪。兼用蒸汽機艦艇和帆槳木船進行巡邏，是清朝晚年水師的一大特點。（見附表1、2）與此同時，水師官兵使用的冷兵器和舊式火器逐步淘汰，取而代之的是比較先進的後裝線膛火炮和步槍，戰鬥力有所提高。
第三，加強了港口和海岸的防禦力量。舊式水師的戰船雖然大量裁撤了，但岸防力量卻有所增強。在沿海或沿江的一些險要地方建立或修複了若幹水師炮台，購置了一批大口徑海岸重炮，提高了扼守海口和海岸防禦的能力。比如，吳淞炮台和虎門炮台就能比較有效地控製吳淞口和珠江口航道，光緒十七年（1891年）興建的廈門水師胡裏山炮台對守衛廈門島也具有十分積極的意義。此外，各地水師還組建了水雷部隊，擔負布雷和掃雷任務，對增強海防也有著重要作用。這些水雷營或水雷哨分布在長江下遊，珠江口和沿海地區，多數是由原來的水師戰船部隊改建的。
總之，通過裁撤和改革，清軍水師麵目有所改觀，從而能在清朝晚期的作戰中發揮作用。
清軍水師的最後幾次作戰
近代海軍興起後，清軍水師的作戰職能就減弱了。但由於近代海軍創建時間不長，兵力很少，陸戰隊還未建立。所以，在一段時間裏，瀕臨江海的許多地方仍舊由水師駐守。在圍攻撚軍等幾次作戰中，清軍水師配合海軍或陸上部隊進行戰鬥，起了一定的作用。
1.圍攻撚軍
撚軍，是豫、皖、蘇、鄂一帶的一支農民起義軍。太平軍北伐之後，清軍力量被削弱，撚軍乘勢發展起來。鹹豐五年（1855年），各路撚軍首領會集在安徽雉河集（今渦陽），推張樂行為大漢盟主，10萬人馬分成黃、白、藍、黑、紅5個旗。兩年後，撚軍南渡淮河，在安徽霍丘與太平軍會師，接受太平天國領導。天京失陷後，太平軍遵王賴文光部與撚軍聯合抗清，曾一舉殲滅了清軍名將僧格林沁的部隊。太平軍和撚軍的聯軍（以下簡稱撚軍）采取騎兵流動戰術，打得中原各地清軍顧此失彼，疲於奔命。
同治四年（1865年），曾國藩奉命督師北上鎮壓撚軍。他采取了“聚兵防河”的作戰方針，以對付撚軍的流動襲擊。根據這個方針，水師和陸師配合，在運河、黃河、沙河、賈魯河設防，對撚軍形成合圍之勢，然後再派部隊“進剿”。執行“防河”任務的主要是淮揚水師各營。後來又調來部分直隸水師炮船，成立了黃河水師。因兵力不足，曾國藩“防河”計劃失敗，被迫辭職。
同治五年（1866年）底，李鴻章繼任進攻撚軍的統帥後，調動了更多的水師部隊配合陸師進行“防河”。其中有長江水師數營和淮軍水師的魁字2個營、水師親兵營、江蘇撫標水師營符國華部等。加上原來的淮揚水師、黃河水師，進攻撚軍的水師兵力共有20個營以上。
由於清軍采用“防河”戰術，撚軍流動作戰受到了很大限製，多次渡河均因遭到清軍水師攔截而失敗。例如同治五年（1866年）在湖北舊口渡漢水和同治六年（1867年）在山東章丘渡黃河都未成功，使部隊陷於困境，遭到了很大傷亡。最後，撚軍餘部被清軍水、陸師包圍在黃河以北、運河以東、捷地減河以南冀魯交界的瀕海地區，幾次搶渡運河均未奏效。鹹豐七年（1868年），撚軍在德州和東昌附近兩次組織搶渡，又均遭失敗，隨後在清軍追擊部隊的攻擊下，全軍覆滅。
2.保衛馬江和甬江口
光緒十年（1884年）七月，在中法馬江之戰中，英勇抵抗法國侵略的不僅有福建水師的11艘蒸汽艦艇，還有福建水師所轄的閩安協等水師部隊和前來增援的廣東水師平海營。清軍水師各部共有舊式戰船8艘、炮船10艘、布雷汽艇7艘及20多艘武裝漁船。
戰鬥開始後，這些水師艦艇的官兵們不畏強敵，立即挺身而出，用比較落後的槍炮向敵艦射擊。在法艦猛烈炮火的打擊下，這些艦艇大部分被擊毀、擊沉，許多水師官兵壯烈殉國。這些烈士的姓名留在福州馬尾的昭忠祠內，他們分別屬於綠營閩浙總督督標水師營、平海水師左營和右營、鎮海營、閩安水師協、潮州水勇營及“寧”字三號、“得勝”一號等戰船。八旗三江口水師營官兵也在統帶黃彝卿率領下奮力作戰，共犧牲七八十人。
光緒十一年（1885年）一月，法國海軍艦隊北犯浙江鎮海口。在浙江水陸兼轄提督歐陽利見《原淮揚水師將領）指揮下，鎮海軍民同法國侵略軍進行了長達1個多月的戰鬥。清軍浙江水師的五六艘紅單船配合南洋水師的“南琛”號、“南瑞”號、“開濟”號巡洋艦和“元凱”號、“超武”號炮艦，在海口炮台的協同下，擊退了法艦的多次進攻。