明末清初，因長期戰亂，手工業生產也遭到嚴重破壞。大約經過五六十年的光景，到康熙中期以後，手工業才逐步得到恢複和發展。但整體而言，清代絲織業已落後於明代絲織業在清代手工業中占有重要地位。當時江寧、蘇州、杭州、佛山、廣州等地的絲織業都很發達。雖然清朝統治者在江寧、蘇、杭設有織造衙門，在一定程度上阻礙了江南絲織業的正常發展，但清代民間絲織業還是發展很快。如江寧的織機在乾、嘉時達到三萬餘張，而且比過去有許多改進，“織緞之機，名目百餘”，所產絲織品暢銷全國。即使在偏遠的貴州，絲織業也得到很大發展。道光時，貴州遵義綢“竟與吳綾、蜀錦爭價於中州”，招致了秦、晉、閩、粵各省客商競來購買販運。
清代的棉織業在江南一些地區也日益發達。棉紡織工具有顯著改進。如上海的紡紗腳車，可“一手三紗，以足運輪（名腳車），人勞而工敏”。織布機也有一些改進和革新。當時的棉布生產，無論數量或質量都比以前有很大提高。上海的“梭布，衣被天下，良賈多以此起家”。蘇州的“益美字號”，因大家譽其“布美，用者競市”，“一年消布，約以百萬匹”，結果“十年富甲諸商，而布更遍行天下”，“二百年間，滇南漠北，無地不以益美為美也”。蘇布“名稱四方”，可見信譽之廣。無錫也盛產棉布，乾隆時，“坐賈收之，捆載而貿於淮、揚、高、寶等處，一歲所交易，不下數十百萬”，有“布碼頭”之稱。
清代，江西景德鎮仍是全國製瓷業的最大中心。到乾、嘉時，不說官窯，單“民窯二三百區，終歲煙火相望，工匠人夫不下數十餘萬”。除景德鎮外其他各地的製瓷業也都發展起來。據統計，乾隆時全國著名陶瓷品產地共有四十餘處，遍布各地。如直隸武清、山東臨清、江蘇宜興、福建德化、廣東潮州等地的窯場，都有很大的規模，所產瓷器色彩鮮豔，精美異常。
製糖業在台灣、福建、廣東、四川等地都很發達。康熙至乾、嘉之際，台灣的種蔗製糖極盛，每歲產蔗糖“六十餘萬簍”，“簍一百七八十斤”，內銷京津及江浙各省，外運南及呂宋，東至日本等國。廣東的蔗糖也販運四方。此外，浙江、江西、江蘇等省的甘蔗種植和製糖行業，也日益發展起來。
礦冶業在清代也有進一步發展。雲南的銅礦，貴州的鉛礦，廣東、山西、河南、山東的鐵礦，開采的規模都比較大。如雲南的銅礦，至乾、嘉極盛時，全省開辦的銅廠有三百多處。其中有官督商辦的大廠，也有私營的小廠。“從前大廠（砂丁）率七八萬人，小廠亦萬餘人，合計通省廠丁，無慮數百十萬，皆各省窮民來廠謀食”。1740年（乾隆五年）至1811年（嘉慶十六年）間，雲南銅礦的最高年產量達到1467萬餘斤。乾隆時，貴州鉛礦年產黑鉛也達到1400多萬斤。廣東的鐵冶規模也很大。廣東佛山鎮的鐵器製造業也很發達。那裏有鑄鍋業、炒鐵業、製鐵線業、製釘業和製針業等行業，而尤以鑄鍋業最為有名。所鑄鐵鍋不僅行銷國內各地，而且也大量輸出國外。
清代前期，商業貿易十分繁榮，各種商品行銷海內外，四方流通聯係更加密切。如河南、東北的棉花供銷各地，而棉花卻又仰給於外省。廣東佛山鎮的各種鐵器，行銷全國，當時有“佛山之冶遍天下”的說法，其他如蘇州的絲、棉織品，南京的綢緞，景德鎮的瓷器，廣東、台灣的蔗糖，安徽、福建、湖南的茶，也都行銷各地。特別是江南絲織品，清代比明代有更廣大的國內外市場。例如南京所產的綢緞，幾乎行銷遍全國。當時中國的手工業產值占全世界工業、手工業產值的30%。