從明朝建立至孝宗弘治十八年(公元l505年)的130餘年間，明朝的書院處於沉寂狀態。當時明王朝重視官學的建立和發展，使明初官學，呈現興旺發達的局麵，出現了唐宋所未有的盛況。對於書院，明王朝既不提倡，也不修複，任其自生自滅。
從正德年間(公元l506一l521年)到嘉靖年問(公元1522--1566年)明代書院逐漸衝破沉寂，開始興盛，從而勃興發達起來。據曹鬆葉統計，明朝書院共計1239所，其中嘉靖年問最多，占總數的37．13％；萬曆年問(公元l573—1620年)其次，占總數的22．71％。有些省的統計資料亦與上述情況相符。如吳景賢在《安徽書院沿革考》中統計，明代安徽省共建書院98所，其中在嘉靖年間建39所，約占40％。又如劉伯驥在《廣東書院製度沿革》中統計，自正德年間起，廣東創建書院共150所，其中正德年問建8所，嘉靖年間建78所，萬曆年間建43所。設立書院的除廣州、惠州、高州、潮州、欽州、雷州等州府外，還有一些比較偏遠的縣。盡管上致可以說明，明中葉後書院開始態。西省占19．59％，居第一位；浙．07％，並列第二。51．25％，黃河流域占19．43％，相比，長江流域雖仍占第一位，升到第二位，黃河流域降到第三的占l8．98％，與宋元兩代相比13％，中央及其他官府辦的占1’7．88％。
明中葉後書院之所以興盛，尤其是珠江流域和廣東地區新建書院明顯增多，究其原因有以下三點：第一是因為珠江流域的經濟有了進一步的發展；第二是明王朝出現了宦官專權，政治腐敗，在野士大夫便設立書院，在講學之餘，諷議朝政，裁量人物。加之官學衰落，官學已變成科舉考試製度的附庸，一些有誌於從事學術研究的士大夫便紛紛創建書院，授徒講學；第三是由於湛若水(公元l466--1560年)和王守仁(公元1472一l528年)等著名學者的倡導。王守仁從34歲起開始在書院講學，曆時23年之久，先後修建了龍岡書院、濂溪書院、稽山書院、敷文書院等，並在文明書院、嶽麓書院、白鹿洞書院講學。湛若水一生講學55年，廣建書院，門人眾多。著名學術大師到處建書院講學，對於明中葉以後講學之風的興起，書院的迅速發展起了直接的推動作用。
不過，明中葉以後，書院曾先後四次遭到當權者的禁毀，第一次是在嘉靖十六年(公元l537年)，第二次是在嘉靖十七年(公元l538年)，第三次是在萬曆七年(公元l579年)，第四次是在天啟五年(公元l625年)，這四次禁毀書院，雖然具體起因不同，但垮同當時統治階級內部的矛盾鬥爭緊密相關，其實質是為了鞏固封建專製統治。因為書院有比較自由的學風，有悖於明朝的專製統治，更何況有些書院，敢於諷議朝政，裁量人物，矛頭指向專橫跋扈的宦官專權，所以受到統治者的忌恨，下令禁毀。然而書院是禁不住的，嘉靖年間連續兩次禁毀書院，但明朝書院反以嘉靖年間為最多。同樣萬曆、天啟年間二毀書院，但萬曆年問書院數量之多，僅次於嘉靖時期，天啟年問書院亦有一定程度的發展。由此可見，官方越禁，民間越辦；越是禁毀，越是發展，這就是曆史的辯證法。
(2)東林書院
在明朝眾多書院中，名聲大，影響大的，奠過於東林書院。東林書院在江蘇無錫城東南，原為北宋教育家楊時(公元l053一ll35年)講學之所，後即在該地建書院，因楊時被稱為龜山先生，所以東林書院也稱為龜山書院。元代至正年間，廢為僧廬。明萬曆三十二年(公元l604年)，無錫人顧憲成(公元l550一l6lZ年)與弟顧允成，在當時常州知府、無錫知縣等地方官支持有大齋舍去世。東林會事之·套度的。東林書院的講會定期舉行，每年一大會，每月一小會，各三天，推選一人為主持人；講會之日，必舉行隆重的儀式；講學內容主要以“四書”為主，講授時，與會者“各虛懷以聽”，講受結束，相互討論，會間還相互歌詩倡和，十分活躍。此外，關於講會組織的其他一些方麵，如通知、稽察、茶點、午餐等，也都作了具體規定。所有這一切都清楚地表明，東林書院的講會已經製度化了。從講會的規約、組織、儀式和規模來看，講會已經超出了書院的範圍，成為一個地區性的學術討論會。這樣，既擴大了書院的影響，提高了書院的社會地位，又豐富了書院的教學內容，提高了書院的教學和學術水平。這是東林書院的一個重要特點。
東林書院的另一個重要特點，即是密切關注社會政治，將講學活動與政治鬥爭緊密結合起來。東林書院要求學生要關心國家大事，積極參與國家的政治活動，書院的這個特點，集中地體現在顧憲成為其題寫的一幅著名對聯上：
顧憲派，而且講學不能正義的輿大的社會1625年)毀，許多東林黨人，如高攀龍、楊漣、左光鬥、魏大中、周順昌、黃尊索、李應升等橫遭迫害致死。由於東林書院社會影響很大，所以魏忠賢等在禁毀書院時，也就把天下的書院都同東林黨聯係在一起，一律嚴令禁毀。由忌恨東林黨人，而殃及了天下的書院。但不久，崇禎皇帝即位，魏忠賢縊死，其他閹黨人物也受到應有的懲治，．東林黨人得以昭雪，東林書院也於崇禎六年(公元l633年)修複。經曆這一番曲折之後，東林書院“名益高，人乃以附東林為榮”，又重新生意盎然。總之，東林書院在中國古代書院發展史上，有其特殊的地位。