自2001年5月起，她公開躲避這個“阿兄”，印尼正副總統從此漸行漸遠。梅加瓦蒂宣誓就任總統由於印尼上下對瓦希德的政績越來越失望，在瓦希德涉嫌兩起貪汙案發後，“人協”決定彈劾總統。2001年5月30日，印尼國會以壓倒性多數通過決定，要求“人協”於8月1日召開特別會議，由瓦希德向“人協”提呈1999年10月以來他施政情況的責任報告，據此決定是否彈劾瓦希德。這無異於對瓦希德發出了“最後通牒”。瓦希德為保住總統寶座做了多方努力，如撤換了一些政府要職及總檢察長、警察總監，試圖同各主要反對勢力對話，尋求政治妥協，但這些措施不僅遭到各方拒絕，反而使瓦希德陷入了孤家寡人的尷尬局麵。7月23日淩晨1時10分，瓦希德突然通過電視講話頒布總統令，宣布全國立刻進入緊急狀態，凍結“人協”和國會，在一年內提前舉行大選，並解散專業集團黨，為其留任作最後努力。瓦希德的命令一出，立即招致各方的強烈反對。
瓦希德的這種行為，無異於自掘墳墓。上午8時，“人協”特別會議在雅加達召開，除支持瓦希德的幾個黨派拒絕參加外，其他各黨派的601名議員到會。民主鬥爭黨代表譴責瓦希德的總統令，要求特別會議盡快任命梅加瓦蒂為新總統。這一講話立刻得到其他政黨附和。此前，專業集團黨領導人已發表措辭激烈的講話，指責瓦希德無權解散該黨，要求“人協”盡快彈劾瓦希德，任命副總統梅加瓦蒂為總統。在特別會議上，印尼最高法院宣讀了一份書麵聲明。聲明稱，瓦希德總統令的內容是違憲的，人民協商大會（國會）和總統屬於同一級別，總統由“人協”選出，因此“總統不能凍結人協權力”；至於解散政黨，則是最高法院權力範圍。9時，“人協”否決了瓦希德頒布的緊急狀態法。下午，“人協”繼續開會，在場的全體議員一致投票通過了罷免瓦希德、任命副總統梅加瓦蒂為新總統的決議。當日傍晚5時許，一襲白色衣裙的梅加瓦蒂在雷鳴般的掌聲中踏入“人協”會議廳，在大部分“人協”代表、武裝部隊各領導、各部門高官和各國使節約600多人的見證下，宣誓就任。短短兩分鍾的宣誓儀式，梅加瓦蒂頭頂遮蓋著一本《古蘭經》，象征上蒼的保佑和祝福。她許諾要為國家鞠躬盡瘁，並呼籲各方接受“人協”的決定，拋開分歧，共同建設國家。這位前總統蘇加諾的長女終於繼承父誌，眾望所歸地領導起美麗富饒的“千島之國”，成為印尼曆史上第一位女總統。