皇帝軍隊在法國人撤退後將矛頭對準了瑞典人，反身開赴波希米亞。古斯塔夫·弗蘭格爾此時是瑞典軍司令，他無愧於巴納和托斯滕鬆的後繼者。萊奧波德大公集結了自己手下和巴伐利亞的兵力之後，以壓倒性的優勢發動進攻。古斯塔夫·弗蘭格爾手下隻有一萬五千名士兵和八千匹馬，柯尼希斯馬克率領的獨立軍團還沒有趕過來，在兵力上明顯處於劣勢。弗蘭格爾並沒有坐以待斃，他率軍快速渡過威悉河，朝黑森挺進，準備和圖蘭以及柯尼希斯馬克的獨立團會合。馬劄林一開始不願看到瑞典人的強大，所以嚴令圖蘭不得輕舉妄動。在弗蘭格爾的一再要求下，馬劄林最終同意圖蘭去增援瑞典軍隊。
在吉森兩支軍隊會合，加強了兵力，準備和皇帝的軍隊進行正麵較量。由於皇帝軍隊的窮追不舍，在後勤保障上出現了問題，加上美因河的截斷，一下子陷入了困境。弗蘭格爾利用這個機會，打算把戰火燒進奧地利諸邦國。古斯塔夫·阿道夫和貝恩哈德公爵都曾有過這樣的計劃，但都因為種種原因沒能實現。他決定在前輩的基礎上再進一步，便隨多瑙河流向前進，從巴伐利亞的中央闖進奧地利的邊境。由於皇帝和巴伐利亞聯軍還遠在拉恩河畔，弗蘭格爾還是有很大希望的。快速挺進到多瑙河後，弗蘭格爾遇到了巴伐利亞的一個軍團，但並沒有停下其前進的腳步，隻是由於在圍攻奧格斯堡時耗費了一些時間，這給皇帝的軍隊留下了機會。為防止受到他們的夾擊，弗蘭格爾控製著未被占領的萊希河，攻入巴伐利亞。在法國人和瑞典人剛剛洗劫完之後，皇帝和巴伐利亞聯軍也趕到了這裏，再次對這裏進行了一番掠奪。
在二十多年的戰爭磨煉中，馬克西米利安從來沒有動搖過信心，但是這一次他開始有些猶豫了。他和斐迪南二世曾經是兒時的夥伴，也是青年時代的朋友，由於斐迪南二世的突然離世，他和奧地利的聯係便沒有那麼緊密了。隻是出於維護國家利益的原因，他才對斐迪南三世保持忠誠。
這樣的機會正是法國人求之不得的，他們打算利用這一點做文章，使馬克西米利安和奧地利同盟斷絕關係，從而達到削弱敵人強大自己的目的。為了增強馬克西米利安的恐懼感，使其感到絕望，馬劄林故意認同瑞典急劇增長的勢力，並允許法國人一直陪伴瑞典人到巴伐利亞。如果馬克西米利安不是那麼堅強，就會在這樣的情況下與皇帝斷絕同盟關係。皇帝的同盟者已經一個接一個地離開了，最早是選擇了中立的勃蘭登堡，接著是同樣不得不中立的薩克森，後來是被法國牽扯精力而無法伸出援手的西班牙人，再後來是和瑞典簽訂和談協議的丹麥，還有與瑞典簽訂長時間的停戰協議後解除武裝的波蘭。馬克西米利安是目前皇帝最後一個也是唯一一個同盟者，如果被成功策反的話，皇帝就真真正正成了孤家寡人，在整個德意誌蘭就再也沒有擁護者了。到時候孤立無援的皇帝除了被迫向法國、瑞典國王低頭外，也沒有更好的出路了。
馬克西米利安已經打算和敵人講和了，但是斐迪南三世還在苦苦支撐，希望他不要邁出那一步。馬克西米利安得到消息，皇帝之所以不願意停戰，是因為受到了西班牙人的蠱惑。以前西班牙人就曾經因為竭力反對馬克西米利安獲得普法爾茨選侯資格，這令馬克西米利安耿耿於懷了很長時間。現在皇帝竟然為了這樣不相幹的國家而反對停戰，勢必要給自己的邦國帶來無窮的苦難，除了選擇停戰能夠躲避災難之外，沒有更好的辦法能夠令他的臣民休養生息了。所有的顧慮都已經打消了，停戰是極為必要的。他認為，自己的義務就是促使皇帝停戰。
三方君王和巴伐利亞的代表雲集在烏爾姆，商談停戰的具體條件。幾方的代表是真心真意來促進停戰的，隻有皇帝派出的代表是個例外。從奧地利使節所接受的指示來看，皇帝並不願意促進停戰，反而是來擾亂和約締結的。皇帝作為處於劣勢的一方，非但毫不收斂，反而一再向瑞典人提出各種條件。瑞典是占優勢的一方，下一步是戰是和他們最有發言權，根本輪不到皇帝在這裏指手畫腳。可皇帝並沒有認識到這一點，反而為瑞典人設立了苛刻的條件。這讓瑞典人十分氣憤，要不是法國人的勸阻，瑞典使節早就拂袖而去了。
看到皇帝確實無心停戰，巴伐利亞選侯覺得自己已經盡力了，便開始關注自己的事情。他毫不猶豫地同意了關於停戰的苛刻條件，將自己的駐兵地局限在巴伐利亞和普法爾茨土地上，對瑞典人在士瓦本和法蘭克尼亞地區的駐兵視而不見。科隆和黑森-卡塞爾在他的影響下也加入了停戰。法國人和瑞典人在1647年3月14日締結停戰條約後便離開了巴伐利亞，分別駐紮在符騰姆貝格公爵領地和博登湖附近的上士瓦本。奧地利布雷根茨城位於博登湖最北端和士瓦本南高峰，這裏地勢險峻、易守難攻，但是資源和財富十分豐富。在戰勝了當地六千名鄉民的抵抗後，瑞典人如願以償地占領了這裏。與此同時，在圖蘭的軍事威懾之下，達姆斯塔特邦伯和美因茨選侯也仿照巴伐利亞保持中立。
《威斯特伐利亞條約》的簽訂
在法國的不懈努力下，巴伐利亞選侯終於和皇帝劃清了界限，法國人也終於實現了既定的政治目的。無論是天主教同盟還是新教同盟，都不再向皇帝提供任何援助，僅剩下一萬兩千名士兵的皇帝已經無力抵抗了。由於以往的優秀將領基本上都死在了戰場上，他隻得讓梅蘭德擔任軍隊司令官，這是一名從黑森投奔過來的卡爾文教徒。變化的出現總是出人意料的，這在戰爭史上是屢見不鮮的事情。在他的帶領下，奧地利勢力又以嶄新的姿態呈現在世人麵前。