會師未遭阻礙。凱撒於是追擊撤退的埃及王入三角洲，雖然埃及前鋒前有深運河，仍在初戰之下即將之摧毀，立搗埃及軍營。軍營在尼羅河與沼澤之間的高地上，與尼羅河僅隔一小徑，而沼澤則難以涉過。凱撒下令同時從前方與側方——沿尼羅河小徑——攻擊，第三支部隊則攀上營後高地不為人見處。結果全勝。軍營被克，未倒於刀下的埃及人，在企圖逃向尼羅河中的艦隊時遭溺。在負載過眾而沉沒的船隻中，那年輕的埃及王也葬身於他祖國的河水中。
此戰過後，凱撒立即一馬當先，率其騎兵，由陸路直入被埃及人占領的首都區。敵人著喪服，持眾神像接待，向他求和。原先留守的軍團官兵見他勝利而回，狂喜無限。那膽敢阻撓世界之主的計劃、並險於一發之差就把他毀滅的城市，現在交到他的手裏了。但他卻是一個真正的統治者，不會采取複仇的措施，以往日對待馬西利亞人的方式對待亞曆山大利亞人。他向人民指著那因艦隊焚燒而失去穀倉，舉世著名的圖書館與其他重要公共建築的城市，鼓勵他們當熱心培育屬乎和平的藝術，盡速治愈他們所帶給他們自己的創傷。
其他方麵，他使亞曆山大利亞的猶太人獲得希臘居民所享受的權利。羅馬占領軍換防，原先服從埃及王（至少名分上如此）的羅馬軍由正式的衛戍部隊替換，此衛戍部隊由被圍攻的兩個軍團主力，另加稍後由敘利亞調至的一個軍團，而司令則由他親自選任。他有意選擇了一個名叫魯菲歐的人，他是能幹的戰士，他的父親是由奴隸得釋的自由人，由於這個牛身關係，他不可能辱沒了凱撒對他的重托。克麗佩特拉和她的小弟弟得到羅馬保護下的埃及王權。阿欣諾艾公主遣往意大利，以免成為埃及人再度叛變的口實——埃及人以他們東方的慣性，忠心於王朝，但對國王個人卻可漠然。塞浦路斯成為羅馬行省西裏西亞的一部分。
同羅馬國內震驚世界的事件相比，亞曆山大利亞的變亂似乎微不足道，然而它的影響卻相當大，因為它迫使凱撒延擱了他的本務，而從公元前48年10月至47年3月，同猶太人與貝度英人並肩作戰，驅散城市暴民。而這時的凱撒卻已是一切，一切的事務都必須由他決定。個人統治實已開始。君主政體已臨，但君主卻未至，因此處處狂亂。就以這段時期而言，凱撒派和龐培派一樣，群龍無首。處處事務均由幹練的軍官在決定，然而決定得最多的則是偶然。
確實，由於自內戰開始，立憲派即絕對統治埃及，此處的事態相當嚴重。直至法薩拉斯之戰，朱巴王均係埃及“事實上”的統治者。他消滅了丘比歐，他的飛騎兵與無數的弓箭手則係軍隊主力。龐培派任的總督扮演的角色是如此無足輕重，以致丘利歐軍被俘的羅馬官兵也得交予朱巴王，坐視彼等遭誅或發遣內陸。
法薩拉斯之戰以後，情勢有所改變。除龐培以外，敗部領袖沒有一個想要逃往帕提亞。他們也很少思及以聯合力量來製禦海洋。馬卡斯·奧大維在伊利利亞水域孤立，沒有長遠的戰績。共和派與龐培派大量流向非洲，因為隻有這裏仍可能發動對謀位者的光榮合法戰爭。慢慢的，這裏聚集了法薩拉斯之戰的殘部，德拉丘姆，科西拉與比羅奔尼撒的衛戍部隊，以及伊利利亞艦隊的殘餘。第二總司令麥特拉斯·西比奧，龐培的兩個兒子奈阿斯和塞克西塔斯，共和派政治領袖馬卡斯·伽圖，幹練的軍官賴賓納斯，阿夫蘭尼阿斯，佩特裏阿斯和奧大維也在此會合。
設若移民者的力量已經減少，則他們的狂熱寧可說更為增加了。在休戰的旗幟掩護下，他們繼續謀殺俘虜，甚至凱撒的軍官。不僅如此，那黨派偏執與蠻性未改的朱巴王甚至發下聖旨，凡有同情敵人之可疑性的城池一律焚毀，居民老少不留——有些城鎮真正毀於這狂妄的理論。事實上繁榮的省府尤提卡如果不是伽圖極力幹預，也已遭同樣命運，因這個城市自古以來即像迦太基一樣，成為紐米底亞王嫉妒的珠寶，何況該城的公民確實有偏袒凱撒一邊的傾向。
由於凱撒及其副將沒有一個有攻擊埃及的任何動向，埃及與共和派的聯盟乃有充足的時間在政治與軍事上重加整備。首先，由龐培的死而留下的總司令空缺必須有人繼任。在法薩拉斯之戰以前一直在非洲擔任此職的朱巴王並無意不接此位。事實上，他已不再自認是羅馬的附庸，而是同盟，甚至是保護者，並自己鑄造羅馬銀幣，采用他的名號與設計。他甚至倡議他當是營中惟一穿紫袍的人，暗示羅馬諸司令當放下他們的官式紫袍。要求繼承這最高指揮權的還有麥特拉斯·西比奧，因為龐培曾把他視為同等地位——盡管龐培如此待他是因為他是龐培的嶽父，而非因為他的軍事能力。行省總督瓦羅——但這個總督是他自封的——也提出同樣要求，因為戰爭將要在他統轄的行省進行。軍隊則希望原軍事執政官馬卡斯·伽圖做他們的領袖。