聯軍入都，各國劃界，分屯軍隊。美、日兩國兵均嚴守紀律，不擾居民。德軍憤使臣之被害，其出師時，德皇誓於軍，謂破都城時，當以入野蠻國之法待之，故德兵淫掠殊甚。其他國軍隊亦略同焉。聯軍既占北京，分兵追駕，至保定而還。聯軍舉德大將瓦德西為統帥，入居儀鸞殿，整隊入宮，見穆宗瑜妃猶致敬禮，殿宇器物，戒勿毀掠，逮回鑾時尚無恙也。城內外民居則恣意搜括，廟、觀曾設拳匪壇者則焚之。拳匪亂時，積屍於道，聯軍則驅華人負屍出城；有達官貴族被驅遣負屍，不順則鞭之。其掠人筐篋，則奪大車載之行；牲口不足，則執華人於道，以代騾馬。陳璧方官禦史，亦被執使負纖焉。侍郎李昭煒所居，有小童擲石傷洋兵，則入執昭煒至營痛撻之，複驅出，暈墮於玉河橋下；於式枚方居賢良寺，趨救始獲甦。
聯軍以非李鴻章來不能言和，乃命鴻章與奕劻同為議和全權大臣；至於京師，奕劻一以讓鴻章，不敢置一詞。聯軍索罪魁載漪、載勳、載瀾、剛毅、趙舒翹等數十人，鴻章屢與辯護。瓦德西曰：“吾等所列罪魁，皆其從者；為全中國體麵，其首罪名尚未提出也。此而不允，則吾將索其為首者。”其意蓋指太後也。鴻章亟以電告，乃允以載勳等賜死，而特原載漪配新疆，並黜溥儁大阿哥使出宮焉。鴻章與各國磋議已曆數月，心力交瘁。行在政府屢傳電諭，授意駁辯；鴻章謂樞臣不明敵情，徒亂意，閱竟旋毀之，幕僚不及見也。鄂督張之洞亦迭電幹議，鴻章笑曰：“張某作官數十年，猶書生也。”之洞深恨之。各國持之緊，久未定議，而鴻章積勞病深，卒不起。瀕危，猶口授計畫，秩然不紊。各國聞鴻章逝，皆感愴，乃悉如鴻章議，卒簽約，而鴻章不及見矣。先逝一日，口授於式枚草遺疏，保項城袁公繼直督任，謂環顧宇內人才，無出袁世凱右者；並力請回鑾，保外人無他。電達行在，太後及帝哭失聲，輟朝，立授袁公直督。