1964年，1月30日，聖欽和尚圓寂。世壽95歲，臘戒79年。遺體荼毗後，葬於峨眉山接引殿前坡下，立碑為記。5月21日，自來水公司來檢修大慈寺光華牌水表。8月22日，成都市東城區紅星街建築修繕隊做《大慈寺銅神像遷移耗工概算》，工程地點，省佛協遷至後殿。工程項目分14項：拆除神盒（龕）、吊裝運起銅像、拆除花紋神座、運輸銅神像、修複花紋蓮台、神像後續刷白、吊裝銅神像、機械設備、拆除隔坪、修複隔坪、拆除修複板門、竹編拆修、改修神盒（龕）、前後繞拆機械架，共計花費459.36元。
1965年，1月21日上午11點，討論“我們怎樣過革命化的春節”，參加者有能潛、永建、寬霖、能靜、定超、永光等。永建發言內容摘錄：“我們也應該把陳規破出（除），真觀、大朗要點香蠟，每年春節要用20幾元。還有他們倒來催供佛的燈油，我說我們應當幹幹淨淨過革命化的春節，禮佛自己拜。”3月3日，大慈寺植棉小組給文殊院《挑戰書》，定下畝產皮棉150至180斤的產量，“今以此指標，僅向你組作出友誼的挑戰，請允諾為荷”。稍後文殊院植棉小組有回應，“做到在去年畝產原有的基礎上，再逼近達到政府指標的最高標準，僅此作友誼的應戰，並希互相促進爭取豐收。”年底，大慈寺生產組長真觀、大慈寺負責人永建同作《大慈寺種棉經驗總結》，分析了1965年種棉花不如1964年成績、減少37%的原因，如育苗時遭三次失敗、秋天雨水過多致棉桃漚壞等。是年玄奘頂骨移往文殊院供奉。
1966年，3月20日，成都市杜甫草堂管理處致大慈寺主持永建函：“大慈寺永建師：市文化局在你處存放的石碑，已指示交給我處作文物保護用，特介紹鍾大全同誌前來啟運，希接洽為荷。”4月15日，《大慈寺1965年清潔衛生情況彙報》。4月30日，成都市宗教界縫紉組（由成都基督教三自愛國運動委員會蓋章）借條：“茲借到大慈寺竹椅子二十把，木茶桌子四張，銅茶壺一把。為宗教界勞動生產方麵需用。”
同年，寺廟由成都紅衛兵成都部隊野鴨子戰鬥隊進駐。後軍隊亦進駐。
1967年，大慈寺成為成都警備司令部駐地。
1981年，大慈寺成為成都市文物保護單位，軍隊亦於次年全部撤出。
1982年，大慈寺成為成都市博物館辦公地。
2002年，成都市博物館從大慈寺撤離。
2004年，4月8日，大慈寺重新開放。
2005年，6月25日，大恩法師成為大慈寺重光後的第一任方丈。
2007年，4月創辦《大慈》雜誌，大恩法師任主編，向世山、馮修齊任副主編。
2008年，隨宋代道隆禪師東渡日本的行者西川人能雲之後西川弘及其女兒、女婿，於2008年四川大地震前於大慈寺訪祖尋根。5月12日，四川發生大地震，大慈寺成為市區避震民眾的暫住地，大慈寺僧眾隨即多方參與救災。